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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3g1d | ||||||
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タイトル | Crystal structure of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from Methanobacterium thermoautotrophicum complexed with uridine 5'-monophosphate | ||||||
![]() | Orotidine 5'-phosphate decarboxylase | ||||||
![]() | LYASE / orotidine 5'-monophosphate decarboxylase / UMP / Decarboxylase / Pyrimidine biosynthesis | ||||||
機能・相同性 | ![]() orotidine-5'-phosphate decarboxylase / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Chan, K.K. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Mechanism of the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase-catalyzed reaction: evidence for substrate destabilization. 著者: Chan, K.K. / Wood, B.M. / Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Imker, H.J. / Amyes, T.L. / Richard, J.P. / Almo, S.C. / Gerlt, J.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 99.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 74.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 29 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3g18SC ![]() 3g1aC ![]() 3g1fC ![]() 3g1hC ![]() 3g1sC ![]() 3g1vC ![]() 3g1xC ![]() 3g1yC ![]() 3g22C ![]() 3g24C ![]() 3gdkC ![]() 3gdlC ![]() 3gdrC ![]() 3gdtC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24884.697 Da / 分子数: 2 / 変異: R101P / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: pyrF, MTH_129 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: O26232, orotidine-5'-phosphate decarboxylase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.69 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 30% 4000, 0.1M sodium citrate, 0.2M ammonium acetate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月19日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97915 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→25 Å / Num. all: 65391 / Num. obs: 65391 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.071 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3G18 解像度: 1.5→25 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→25 Å
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拘束条件 |
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