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- PDB-3g0s: Dihydrodipicolinate synthase from Salmonella typhimurium LT2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3g0s
タイトルDihydrodipicolinate synthase from Salmonella typhimurium LT2
要素Dihydrodipicolinate synthase
キーワードLYASE / structural genomics / IDP01004 / dihydrodipicolinate synthase / Amino-acid biosynthesis / Diaminopimelate biosynthesis / Lysine biosynthesis / Schiff base / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase activity / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / cytosol
類似検索 - 分子機能
4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase, DapA / Schiff base-forming aldolase, conserved site / Dihydrodipicolinate synthase signature 1. / Schiff base-forming aldolase, active site / Dihydrodipicolinate synthase signature 2. / DapA-like / Dihydrodipicolinate synthetase family / Dihydrodipicolinate synthetase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel ...4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase, DapA / Schiff base-forming aldolase, conserved site / Dihydrodipicolinate synthase signature 1. / Schiff base-forming aldolase, active site / Dihydrodipicolinate synthase signature 2. / DapA-like / Dihydrodipicolinate synthetase family / Dihydrodipicolinate synthetase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium LT2 (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Osipiuk, J. / Maltseva, N. / Stam, J. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: X-ray crystal structure of dihydrodipicolinate synthase from Salmonella typhimurium LT2.
著者: Osipiuk, J. / Maltseva, N. / Stam, J. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.
履歴
登録2009年1月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydrodipicolinate synthase
B: Dihydrodipicolinate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,51810
ポリマ－68,1442
非ポリマー3758
水9,800544
1
A: Dihydrodipicolinate synthase
B: Dihydrodipicolinate synthase
ヘテロ分子

A: Dihydrodipicolinate synthase
B: Dihydrodipicolinate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,03720
ポリマ－136,2884
非ポリマー74916
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area6940 Å2
ΔGint-51.2 kcal/mol
Surface area40580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)149.817, 56.273, 85.801
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 120.360, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細AUTHORS STATE THAT THE ASSEMBLY OF THE BIOLOGICAL UNIT THAT IS SHOWN IN REMARK 350 IS PUTATIVE AT THE TIME OF DEPOSITION.

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要素

#1: タンパク質 Dihydrodipicolinate synthase / DHDPS


分子量: 34071.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium LT2 (サルモネラ菌)
株: LT2 / SGSC1412 / 遺伝子: dapA, STM2489 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8ZN71, dihydrodipicolinate synthase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 544 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.28 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M Magnesium chloride, 0.1 M Cacodylate buffer, 10% PEG 3000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月23日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→32.4 Å / Num. all: 50958 / Num. obs: 50958 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 34.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Χ2: 0.631 / Net I/σ(I): 22.332
反射 シェル解像度: 1.85→1.89 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.581 / Mean I/σ(I) obs: 1.99 / Num. unique all: 2482 / Χ2: 0.656 / % possible all: 96.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.5.0054精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
MOLREP位相決定
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2PUR

2pur


解像度: 1.85→32.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU B: 5.342 / SU ML: 0.073 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.118 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. U VALUES: RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19 2597 5.1 %RANDOM
Rwork0.155 ---
all0.157 50899 --
obs0.157 50899 96.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 64.83 Å2 / Biso mean: 18.496 Å2 / Biso min: 8.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.35 Å20 Å20.63 Å2
2---0.31 Å20 Å2
3---0.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→32.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4414 0 18 544 4976
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0224665
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023090
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.551.9716362
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.99837626
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3445631
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.65524.479192
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.97215814
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.0841530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2758
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0215251
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02869
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8221.53003
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2751.51222
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.37924867
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.40831662
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8824.51475
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.9 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 201 -
Rwork0.309 3350 -
all-3551 -
obs-3551 92.55 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4448-0.4062-0.96970.87590.25691.59290.01960.3898-0.0109-0.2041-0.0682-0.02330.0126-0.0870.04870.11160.00360.01980.09530.01430.011657.712510.19433.4531
21.56180.6586-0.25321.0204-0.29050.8613-0.05070.2332-0.0482-0.23210.06640.04360.126-0.0533-0.01580.08660.0047-0.01220.0396-0.01180.01751.0921-6.90510.2945
31.3070.20510.27740.959-0.4090.74170.03550.0307-0.1329-0.1212-0.0314-0.05390.12260.0975-0.00410.05440.02040.01230.0254-0.010.031461.4834-8.796616.5494
41.5454-0.76280.35291.1631-0.19080.66620.00580.04250.1685-0.0699-0.0377-0.1606-0.07380.12470.03190.0529-0.00970.0360.03990.01240.054966.701812.282117.9792
51.72140.294-0.43441.36360.22991.41690.0291-0.03360.3269-0.1230.028-0.111-0.18650.1722-0.05710.08590.00050.01870.03160.00180.098554.803922.306220.1287
62.6228-0.3956-0.52991.340.06751.66610.05490.33960.1092-0.1739-0.04120.14670.0817-0.3551-0.01360.061-0.0289-0.05470.13410.00020.105326.3117-12.199619.8598
79.9536-0.3516-1.94412.233-1.07171.30290.17341.19650.1555-0.4777-0.2430.14110.1331-0.21780.06960.14130.03-0.10120.32640.02930.174822.3808-7.300513.8177
81.34170.0906-0.57371.4274-0.36931.2449-0.00190.14960.0579-0.20670.0550.2389-0.0506-0.2366-0.05310.05220.0202-0.0420.06050.01790.070932.90027.416418.2739
90.46660.0626-0.29181.21250.25780.99340.0152-0.01250.00630.0328-0.02650.15290.0378-0.14530.01130.0066-0.0062-0.00970.0514-0.00170.072831.4743-4.708933.8208
102.66880.4157-0.78261.6876-0.6382.4881-0.1132-0.1578-0.24140.05470.06070.1310.2251-0.12550.05250.0881-0.00250.00310.0339-0.00390.102839.5144-22.710927.1338
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-2 - 72
2X-RAY DIFFRACTION2A73 - 118
3X-RAY DIFFRACTION3A119 - 182
4X-RAY DIFFRACTION4A183 - 267
5X-RAY DIFFRACTION5A268 - 292
6X-RAY DIFFRACTION6B-1 - 52
7X-RAY DIFFRACTION7B53 - 73
8X-RAY DIFFRACTION8B74 - 133
9X-RAY DIFFRACTION9B134 - 267
10X-RAY DIFFRACTION10B268 - 292

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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