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万見
- PDB-3fzw: Crystal Structure of Ketosteroid Isomerase D40N-D103N from Pseudo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fzw
タイトルCrystal Structure of Ketosteroid Isomerase D40N-D103N from Pseudomonas putida (pKSI) with bound equilenin
要素Steroid Delta-isomerase
キーワードISOMERASE / KSI / enzyme catalysis / hydrogen bond / transition state / oxyanion hole / Lipid metabolism / Steroid metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


steroid Delta-isomerase / steroid delta-isomerase activity / steroid metabolic process
類似検索 - 分子機能
Ketosteroid isomerase / SnoaL-like domain / SnoaL-like domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
EQUILENIN / ISOPROPYL ALCOHOL / Steroid Delta-isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.32 Å
データ登録者Caaveiro, J.M.M. / Ringe, D. / Petsko, G.A.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Hydrogen bond coupling in the ketosteroid isomerase active site.
著者: Sigala, P.A. / Caaveiro, J.M. / Ringe, D. / Petsko, G.A. / Herschlag, D.
#1: ジャーナル: PLOS Biol. / 年: 2006
タイトル: Testing Electrostatic Complementarity in Enzyme Catalysis: Hydrogen Bonding in the Ketosteroid Isomerase Oxyanion Hole
著者: Kraut, D. / Sigala, P. / Pybus, B. / Liu, C.W. / Ringe, D. / Petsko, G.A. / Herschlag, D.
#2: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2008
タイトル: Testing Geometrical Discrimination within an Enzyme Active Site: Constrained Hydrogen Bonding in the Ketosteroid Isomerase Oxyanion Hole
著者: Sigala, P. / Kraut, D. / Caaveiro, J.M.M. / Pybus, B. / Ruben, E.A. / Ringe, D. / Petsko, G.A. / Herschlag, D.
履歴
登録2009年1月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Steroid Delta-isomerase
B: Steroid Delta-isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8707
ポリマ－29,0932
非ポリマー7775
水4,306239
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2900 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area13040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.876, 71.196, 50.452
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 89.920, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-222-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Steroid Delta-isomerase / Delta(5)-3-ketosteroid isomerase


分子量: 14546.530 Da / 分子数: 2 / 変異: D40N, D103N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: ksi / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P07445, steroid Delta-isomerase
#2: 化合物 ChemComp-EQU / EQUILENIN / エキレニン


分子量: 266.334 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H18O2
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 239 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.13 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Ammonium sulphate 1.4 M, 2-propanol 6.5%, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.979462 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月24日
放射モノクロメーター: Si(311) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979462 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.32→50 Å / Num. all: 68149 / Num. obs: 68149 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 11.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Χ2: 1.006 / Net I/σ(I): 10.337
反射 シェル解像度: 1.32→1.37 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.373 / Num. unique all: 5090 / Χ2: 1.011 / % possible all: 70.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2INX

2inx


解像度: 1.32→55.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / WRfactor Rfree: 0.206 / WRfactor Rwork: 0.171 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.88 / SU B: 1.816 / SU ML: 0.033 / SU R Cruickshank DPI: 0.048 / SU Rfree: 0.048 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.048 / ESU R Free: 0.048 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.183 3452 5.1 %RANDOM
Rwork0.149 ---
all0.151 68136 --
obs0.151 68136 93.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 45.06 Å2 / Biso mean: 19.12 Å2 / Biso min: 10.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.56 Å20 Å20.51 Å2
2---0.24 Å20 Å2
3----1.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.32→55.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1971 0 56 239 2266
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0222229
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1261.9733060
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.85299
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.72823.805113
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.93115372
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.7911522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1530.2321
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.021768
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2210.31066
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3250.51561
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1650.5395
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3150.358
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1950.540
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.01621379
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.68532171
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.35521009
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4863865
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.66232388
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free8.9793245
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded5.08932159
LS精密化 シェル解像度: 1.316→1.351 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 171 -
Rwork0.235 3282 -
all-3453 -
obs-3282 64.19 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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