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万見
- PDB-3fzb: Crystal structure of the tail terminator protein from phage lambd... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fzb
タイトルCrystal structure of the tail terminator protein from phage lambda (gpU-WT)
要素Minor tail protein U
キーワードVIRAL PROTEIN / Mixed Alpha-Beta fold
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont genome ejection through host cell envelope, long flexible tail mechanism / viral tail assembly / virus tail / host cell cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phage minor tail protein U / Minor tail protein U-like / GpU-like superfamily / Phage minor tail protein U / Phage tail protein-like superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tail tube terminator protein
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage lambda (λファージ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Pell, L.G. / Liu, A. / Edmonds, E. / Donaldson, L.W. / Howell, P.L. / Davidson, A.R.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: The X-ray crystal structure of the phage lambda tail terminator protein reveals the biologically relevant hexameric ring structure and demonstrates a conserved mechanism of tail ...タイトル: The X-ray crystal structure of the phage lambda tail terminator protein reveals the biologically relevant hexameric ring structure and demonstrates a conserved mechanism of tail termination among diverse long-tailed phages.
著者: Pell, L.G. / Liu, A. / Edmonds, L. / Donaldson, L.W. / Howell, P.L. / Davidson, A.R.
履歴
登録2009年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年1月22日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_biol / struct_ref_seq_dif
Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年2月21日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Minor tail protein U
B: Minor tail protein U
C: Minor tail protein U
D: Minor tail protein U
E: Minor tail protein U
F: Minor tail protein U
G: Minor tail protein U
H: Minor tail protein U
I: Minor tail protein U
J: Minor tail protein U
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,70213
ポリマ－149,41410
非ポリマー2883
水1,964109
1
A: Minor tail protein U
B: Minor tail protein U
F: Minor tail protein U
H: Minor tail protein U
I: Minor tail protein U
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,8997
ポリマ－74,7075
非ポリマー1922
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6050 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area27390 Å2
手法PISA
2
C: Minor tail protein U
D: Minor tail protein U
E: Minor tail protein U
G: Minor tail protein U
J: Minor tail protein U
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,8036
ポリマ－74,7075
非ポリマー961
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6060 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area27790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.100, 127.990, 82.910
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.92, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Minor tail protein U


分子量: 14941.400 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage lambda (λファージ)
遺伝子: U / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 CodonPlus / 参照: UniProt: P03732
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.59 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M Tri-sodium citrate, 2.2M Ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年9月18日
放射モノクロメーター: Osmic optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→70.1 Å / Num. all: 36045 / Num. obs: 36045 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.93 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 3.93 % / Rmerge(I) obs: 0.312 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
CNS1.1精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→70.1 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.309 1788 5 %Random
Rwork0.236 ---
all0.236 36045 --
obs0.236 36045 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→70.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9625 0 15 109 9749
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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