PDB-3fz5: Crystal structure of possible 2-hydroxychromene-2-carboxylate iso...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3fz5

タイトル

Crystal structure of possible 2-hydroxychromene-2-carboxylate isomerase from Rhodobacter sphaeroides

要素

Possible 2-hydroxychromene-2-carboxylate isomerase

キーワード

ISOMERASE / Rhodobacter sphaeroides / 2-hydroxychromene-2-carboxylate isomerase / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

2-hydroxychromene-2-carboxylate isomerase / 2-hydroxychromene-2-carboxylate isomerase activity / naphthalene catabolic process / glutathione peroxidase activity / glutathione transferase activity / glutathione metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodobacter sphaeroides 2.4.1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Chang, C. / Hatzos, C. / Freeman, L. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of possible 2-hydroxychromene-2-carboxylate isomerase from Rhodobacter sphaeroides
著者: Chang, C. / Hatzos, C. / Freeman, L. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2009年1月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年2月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2025年3月26日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3fz5.cif.gz	317.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3fz5.ent.gz	260.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3fz5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fz/3fz5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fz/3fz5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6tak-d 3wpq-d 5cml-d 5d6s-4 3b39-1 5d0b-2 3uss-d 6mgy-5 4f11-d 1vr0-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC61725

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Possible 2-hydroxychromene-2-carboxylate isomerase

B: Possible 2-hydroxychromene-2-carboxylate isomerase

C: Possible 2-hydroxychromene-2-carboxylate isomerase

D: Possible 2-hydroxychromene-2-carboxylate isomerase

ヘテロ分子

92.5 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Possible 2-hydroxychromene-2-carboxylate isomerase

B: Possible 2-hydroxychromene-2-carboxylate isomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.3 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Possible 2-hydroxychromene-2-carboxylate isomerase

D: Possible 2-hydroxychromene-2-carboxylate isomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.769, 48.724, 95.206
Angle α, β, γ (deg.)	94.61, 100.46, 90.10
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Possible 2-hydroxychromene-2-carboxylate isomerase 分子量: 22826.943 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides 2.4.1 (バクテリア) 株: 2.4.1 / NCIB 8253 / DSM 158 / 遺伝子: RHOS4_04980, RSP_1916 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) magic / 参照: UniProt: Q3J568

#1: タンパク質

Possible 2-hydroxychromene-2-carboxylate isomerase

分子量: 22826.943 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Rhodobacter sphaeroides 2.4.1 (バクテリア)
株: 2.4.1 / NCIB 8253 / DSM 158 / 遺伝子: RHOS4_04980, RSP_1916 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) magic / 参照: UniProt: Q3J568

-
非ポリマー , 5種, 428分子

#2: 化合物	ChemComp-GSH / GLUTATHIONE 分子量: 307.323 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₃O₆S
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL 分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 421 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.29 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 20% PEG 8000, 0.1 M MES pH 6.0, 0.2 M Ca(OAc)2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97920, 0.97940

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月15日

放射

モノクロメーター: double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9792	1
2	0.9794	1

反射

解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 34133 / Num. obs: 32314 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 32.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.138 / Net I/σ(I): 13.61

反射シェル

解像度: 2.4→2.42 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.632 / Mean I/σ(I) obs: 3.03 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
SHELXD		位相決定
RESOLVE		モデル構築
Coot		モデル構築
REFMAC	5.5.0054	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
直接法		位相決定
RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.4→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.926 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.873 / SU B: 18.892 / SU ML: 0.214 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.656 / ESU R Free: 0.299 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26003	1625	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20414	-	-	-
obs	0.20696	31955	97.05 %	-
all	-	31955	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.089 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.21 Å²	-0.5 Å²	-0.11 Å²
2-	-	-0.11 Å²	-0.37 Å²
3-	-	-	1.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5988	0	76	421	6485

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	6390
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.554	1.944	8717
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.217	5	778
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.585	22.025	316
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.833	15	904
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.444	15	68
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	882
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	5156
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.406	1.5	3854
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.77	2	6139
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.247	3	2536
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.038	4.5	2573
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.362	99	-
R_work	0.249	2065	-
obs	-	-	91.19 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3721	0.5376	0.3233	1.3639	1.9298	2.9267	-0.0328	0.5101	-0.1123	-0.0868	-0.0888	0.1238	-0.2247	-0.1342	0.1216	0.0931	0.0147	0.0312	0.2452	-0.0768	0.0517	-17.5893	6.5451	40.1134
2	9.8304	-4.1128	3.4643	2.5484	-2.3175	8.1238	0.3871	0.413	-0.5476	0.231	-0.1507	0.1787	0.1436	-0.0302	-0.2364	0.2364	-0.0133	-0.0303	0.0858	-0.0765	0.0861	-23.2809	7.7992	59.2665
3	2.9871	0.3853	0.5886	3.4609	0.8981	4.6161	0.0343	0.2925	-0.1572	-0.0041	-0.122	0.3453	0.2967	-0.282	0.0877	0.0221	-0.0219	0.0043	0.1429	-0.0944	0.0903	-28.5693	-4.8183	39.7009
4	6.1892	-2.5015	3.3415	2.5598	-1.3665	3.583	-0.1087	-0.1279	-0.139	0.2034	0.0198	0.1989	-0.0225	-0.3488	0.089	0.0955	-0.0265	0.0435	0.0524	-0.0327	0.1339	-12.4032	13.5873	69.192
5	5.5211	-0.6908	0.4902	1.6126	0.8649	2.5217	0.0196	0.2124	0.2898	-0.0611	-0.0548	0.223	-0.1306	-0.0671	0.0352	0.0388	0.0148	0.0056	0.0154	0.0073	0.1026	-6.0309	18.9876	67.4122
6	9.9745	3.153	2.8665	1.7476	2.5797	4.8618	0.1144	0.3468	0.1395	-0.0202	-0.0195	-0.0336	0.1397	-0.0569	-0.0949	0.1989	0.0641	0.0295	0.2502	0.0189	0.0524	1.7849	11.4301	51.2533
7	2.1571	-0.1902	-0.8346	4.7959	0.6832	2.2456	-0.0063	0.042	0.2532	0.3578	0.0406	-0.4031	-0.0705	0.1946	-0.0343	0.0703	-0.0068	-0.0322	0.0262	0.0063	0.1002	8.0461	15.0312	73.5606
8	4.906	-1.2747	-0.1598	1.2056	-0.8411	1.4664	0.1644	-0.4271	-0.1052	0.0734	-0.0966	-0.115	-0.0644	-0.1462	-0.0678	0.1262	-0.082	-0.0151	0.3102	0.1345	0.1139	28.1933	-16.9826	112.2002
9	4.5035	1.3589	5.5226	2.9345	1.7622	10.7043	0.2787	-0.2804	-0.257	-0.0624	-0.0567	-0.0794	0.3686	0.0914	-0.222	0.0305	-0.0147	-0.0022	0.0686	0.0273	0.0542	33.8972	-16.7698	93.0788
10	2.515	0.0138	0.0175	4.5797	-0.7571	5.7682	0.1382	-0.2465	-0.2565	0.0523	-0.0322	-0.3598	0.4472	0.1659	-0.106	0.0524	0.0228	-0.0236	0.1026	0.047	0.0669	39.0621	-29.0931	112.6178
11	4.6535	-4.4879	0.6409	4.9242	-0.1508	1.4031	0.0794	-0.4188	-0.3263	0.0706	-0.0203	0.4434	0.0948	-0.4483	-0.0591	0.1196	-0.1078	0.0191	0.3723	-0.0288	0.0835	20.4893	-19.5683	110.0159
12	5.8518	0.9724	0.7815	0.7074	-0.4189	1.5246	-0.0531	0.0382	0.2803	0.2048	0.0843	-0.1311	-0.2919	-0.0264	-0.0312	0.1096	0.0256	-0.0322	0.0276	-0.0307	0.1654	16.5536	-5.8432	84.8482
13	9.5705	-1.2083	5.1862	0.8368	-1.2622	5.5902	0.1955	-0.5329	-0.1759	0.084	0.0499	0.074	0.1423	-0.171	-0.2454	0.0696	-0.049	0.0008	0.2274	0.0129	0.013	8.9073	-13.203	100.5198
14	1.8753	0.2562	-0.4641	3.2734	-0.5795	2.9041	0.0075	0.0717	0.1233	-0.2133	0.1097	0.3126	-0.0373	-0.2997	-0.1171	0.0538	0.0025	0.0066	0.0322	0.0213	0.0943	2.6991	-9.3237	78.43
15	5.5202	1.0124	2.7275	1.4892	0.7876	2.1215	-0.1845	0.2706	0.0602	-0.2944	0.0567	-0.1289	0.0071	0.2824	0.1278	0.1282	0.008	0.0468	0.049	0.0336	0.1085	23.0089	-10.839	82.9911

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 41
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	52 - 78
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	79 - 148
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	149 - 199
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	1 - 40
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	54 - 78
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	79 - 148
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	-2 - 41
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	52 - 78
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	79 - 148
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	149 - 199
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	1 - 40
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	54 - 78
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	79 - 148
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	149 - 199

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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