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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3fz4 | ||||||
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タイトル | The crystal structure of a possible arsenate reductase from Streptococcus mutans UA159 | ||||||
要素 | Putative arsenate reductase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / APC61768 / arsenate reductase / Streptococcus mutans UA159 / structural genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Transcriptional regulator Spx/MgsR / Arsenate reductase-like / ArsC family / ArsC family profile. / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Streptococcus mutans UA159 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.38 Å | ||||||
データ登録者 | Tan, K. / Hatzos, C. / Shackelford, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: The crystal structure of a possible arsenate reductase from Streptococcus mutans UA159. 著者: Tan, K. / Hatzos, C. / Shackelford, G. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3fz4.cif.gz | 68.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3fz4.ent.gz | 54.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3fz4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fz/3fz4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fz/3fz4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT IS EXPERIMENTALLY UNKNOWN. IT IS PREDICTED TO BE A MONOMERIC. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13745.392 Da / 分子数: 1 / 変異: D101G / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus mutans UA159 (バクテリア) 株: UA159, serotype c. / 遺伝子: SMU_1651 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8DSV8 | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-NA / | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-EDO / | ||||
#4: 化合物 | ChemComp-FMT / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | D101G IS A PCR MUTATION. | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.16 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 0.2M Zn(OAc)2, 0.1M Acetate, 10% w/v PEG 3000, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97857 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月8日 / 詳細: mirror |
放射 | モノクロメーター: Si(111) crystal / プロトコル: SAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97857 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.38→24.51 Å / Num. all: 21569 / Num. obs: 21569 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 41 |
反射 シェル | 解像度: 1.38→1.4 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.625 / Mean I/σ(I) obs: 2.62 / Num. unique all: 1034 / % possible all: 99.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.38→24.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 2.168 / SU ML: 0.041 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.085 / ESU R Free: 0.072 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.487 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.38→24.51 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.38→1.41 Å / Total num. of bins used: 20
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