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- PDB-3fyz: OXA-24 beta-lactamase complex with SA4-17 inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fyz
タイトルOXA-24 beta-lactamase complex with SA4-17 inhibitor
要素Beta-lactamase OXA-24
キーワードHYDROLASE / B-LACTAMASES / ENZYME MECHANISM / CARBAPENEM / INHIBITORS
機能・相同性
機能・相同性情報


penicillin binding / cell wall organization / beta-lactamase activity / beta-lactamase
類似検索 - 分子機能
: / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MXC / beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Romero, A. / Santillana, E.
引用
ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2010
タイトル: Design, synthesis, and crystal structures of 6-alkylidene-2'-substituted penicillanic acid sulfones as potent inhibitors of Acinetobacter baumannii OXA-24 carbapenemase.
著者: Bou, G. / Santillana, E. / Sheri, A. / Beceiro, A. / Sampson, J.M. / Kalp, M. / Bethel, C.R. / Distler, A.M. / Drawz, S.M. / Pagadala, S.R. / van den Akker, F. / Bonomo, R.A. / Romero, A. / Buynak, J.D.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of the carbapenemase OXA-24 reveals insights into the mechanism of carbapenem hydrolysis.
著者: Santillana, E. / Beceiro, A. / Bou, G. / Romero, A.
履歴
登録2009年1月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase OXA-24
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2073
ポリマ－27,5871
非ポリマー6212
水1,42379
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.760, 102.760, 83.160
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase OXA-24 / Beta-lactamase OXA-33 / Oxa40 / Carbapenem-hydrolyzing beta-lactamase OXA-40 / Beta-lactamase


分子量: 27586.660 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 32-275 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: blaOXA-33, bla-OXA-40, oxa-24, oxa40 / プラスミド: PGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q8RLA6, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-MXC / (2S,3R)-2-[(7-aminocarbonyl-2-methanoyl-indolizin-3-yl)amino]-4-aminocarbonyloxy-3-methyl-3-sulfino-butanoic acid


分子量: 426.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H18N4O8S
#3: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M SODIUM ACETATE, 28% PEG 2000 MME, 0.1M HEPES (PH 7.5), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月19日
放射モノクロメーター: SINGLE SILICON (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→72.7 Å / Num. all: 26542 / Num. obs: 26313 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 28.45 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.616 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 3534 / % possible all: 93.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
DNAデータ収集
CNS精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2JC7

2jc7


解像度: 2.1→54.72 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 1271 -RANDOM
Rwork0.232 ---
obs0.232 26265 98.7 %-
all-26313 --
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.48 Å0.43 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→54.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1939 0 42 79 2060
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.86
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.026
Rfactor反射数%反射
Rfree0.38 206 -
Rwork0.373 --
obs-3861 93.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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