+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3fyr | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of the sporulation histidine kinase inhibitor Sda from Bacillus subtilis | ||||||
![]() | Sporulation inhibitor sda | ||||||
![]() | Transferase inhibitor / helical hairpin / histidine kinase inhibitor / sporulation regulation / Alternative initiation / Protein kinase inhibitor / Sporulation | ||||||
機能・相同性 | Sporulation inhibitor A / Sporulation inhibitor A superfamily / Sporulation inhibitor A / sporulation resulting in formation of a cellular spore / protein kinase inhibitor activity / Sporulation inhibitor sda![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Jacques, D.A. / Streamer, M. / King, G.F. / Guss, J.M. / Trewhella, J. / Langley, D.B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the sporulation histidine kinase inhibitor Sda from Bacillus subtilis and insights into its solution state 著者: Jacques, D.A. / Streamer, M. / Rowland, S.L. / King, G.F. / Guss, J.M. / Trewhella, J. / Langley, D.B. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 31.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 24.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 430.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 430.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
詳細 | THE DEPOSITORS HAVE IN DEPENDANT DATA WHICH SUGGESTS THAT IN SOLUTION THE OLIGOMERIC STATE OF THE ASU (IE AN ODD-LOOKING TRIMER) BEST FITS SAXS DATA OF THE PROTEIN IN SOLUTION. |
-
要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5686.198 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE FIRST 6 RESIDUES, MNWVPS, ARE MISSING IN NATURAL ACCORDING TO REFERENCE 2, SDA_BACSU IN UNIPROT. ...THE FIRST 6 RESIDUES, MNWVPS, ARE MISSING IN NATURAL ACCORDING TO REFERENCE 2, SDA_BACSU IN UNIPROT. THERE IS AN ALTERNATE START CODON WHICH THE DEPOSITORS | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.718006 Å3/Da / 溶媒含有率: 28.405363 % / Mosaicity: 0.639 ° |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3 詳細: equal volumes of protein solution (7.5 mg/ml) and well solution (0.1M MES, pH 6.3, 15% (w/v) PEG 5000MME) were combined., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月20日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | 冗長度: 3.6 % / Av σ(I) over netI: 14.87 / 数: 56720 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Χ2: 1 / D res high: 1.97 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 15638 / % possible obs: 99.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.97→50 Å / Num. obs: 8936 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Χ2: 1.005 / Net I/σ(I): 14.873 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.97→2.04 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.564 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 1577 / Χ2: 1.029 / % possible all: 99.9 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Phasing set |
| ||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set |
| ||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set site |
|
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 77.98 Å2 / Biso mean: 37.902 Å2 / Biso min: 21.37 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.97→27.69 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.971→2.022 Å / Total num. of bins used: 20
|