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- PDB-3fyr: Crystal structure of the sporulation histidine kinase inhibitor S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fyr
タイトルCrystal structure of the sporulation histidine kinase inhibitor Sda from Bacillus subtilis
要素Sporulation inhibitor sda
キーワードTransferase inhibitor / helical hairpin / histidine kinase inhibitor / sporulation regulation / Alternative initiation / Protein kinase inhibitor / Sporulation
機能・相同性Sporulation inhibitor A / Sporulation inhibitor A superfamily / Sporulation inhibitor A / sporulation resulting in formation of a cellular spore / protein kinase inhibitor activity / Sporulation inhibitor sda
機能・相同性情報
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Jacques, D.A. / Streamer, M. / King, G.F. / Guss, J.M. / Trewhella, J. / Langley, D.B.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2009
タイトル: Structure of the sporulation histidine kinase inhibitor Sda from Bacillus subtilis and insights into its solution state
著者: Jacques, D.A. / Streamer, M. / Rowland, S.L. / King, G.F. / Guss, J.M. / Trewhella, J. / Langley, D.B.
履歴
登録2009年1月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sporulation inhibitor sda
B: Sporulation inhibitor sda
C: Sporulation inhibitor sda


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0593
ポリマ－17,0593
非ポリマー00
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2270 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area6430 Å2
手法PISA
2
A: Sporulation inhibitor sda
B: Sporulation inhibitor sda
C: Sporulation inhibitor sda

A: Sporulation inhibitor sda
B: Sporulation inhibitor sda
C: Sporulation inhibitor sda


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1176
ポリマ－34,1176
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
Buried area6360 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area11030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.972, 36.972, 167.173
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
詳細THE DEPOSITORS HAVE IN DEPENDANT DATA WHICH SUGGESTS THAT IN SOLUTION THE OLIGOMERIC STATE OF THE ASU (IE AN ODD-LOOKING TRIMER) BEST FITS SAXS DATA OF THE PROTEIN IN SOLUTION.

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Sporulation inhibitor sda / sda / Histidine kinase kinA inhibitor


分子量: 5686.198 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: subtilis str. 168 / 遺伝子: BSU25690, sda / プラスミド: pSLR65 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 (DE3) / 参照: UniProt: Q7WY62
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE FIRST 6 RESIDUES, MNWVPS, ARE MISSING IN NATURAL ACCORDING TO REFERENCE 2, SDA_BACSU IN UNIPROT. ...THE FIRST 6 RESIDUES, MNWVPS, ARE MISSING IN NATURAL ACCORDING TO REFERENCE 2, SDA_BACSU IN UNIPROT. THERE IS AN ALTERNATE START CODON WHICH THE DEPOSITORS BELIEVE IS SELDOM USED, HENCE THE NUMBERING THEY HAVE EMPLOYED.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.718006 Å3/Da / 溶媒含有率: 28.405363 % / Mosaicity: 0.639 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: equal volumes of protein solution (7.5 mg/ml) and well solution (0.1M MES, pH 6.3, 15% (w/v) PEG 5000MME) were combined., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97945, 0.97959, 0.94945
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月20日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979451
20.979591
30.949451
Reflection冗長度: 3.6 % / Av σ(I) over netI: 14.87 / 数: 56720 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Χ2: 1 / D res high: 1.97 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 15638 / % possible obs: 99.5
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
1.972.0499.910.5641.0293.1
2.042.1299.910.4151.0183.7
2.122.2299.910.2931.0243.6
2.222.3499.810.2020.9993.6
2.342.4899.910.1321.0093.5
2.482.6799.810.10.9823.5
2.672.9499.510.0750.9833.5
2.943.3799.210.0540.9993.5
3.374.2498.810.0490.9343.7
4.245098.410.0351.0564.6
反射解像度: 1.97→50 Å / Num. obs: 8936 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Χ2: 1.005 / Net I/σ(I): 14.873
反射 シェル解像度: 1.97→2.04 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.564 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 1577 / Χ2: 1.029 / % possible all: 99.9

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing set
ID
1
2
3
Phasing MAD set
Clust-IDExpt-IDSet-ID波長 (Å)F double prime refinedF prime refined
13 wavelength10.97946.18-7.71
13 wavelength20.97963.68-9.86
13 wavelength30.94953.32-4.15
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Se23.9340.7530.5810.0420.622
2Se50.4150.3460.8950.0210.37
3Se56.1150.0360.6340.0650.488

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE2.1位相決定
RESOLVE位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.97→27.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / WRfactor Rfree: 0.325 / WRfactor Rwork: 0.265 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.796 / SU B: 4.771 / SU ML: 0.136 / SU R Cruickshank DPI: 0.201 / SU Rfree: 0.198 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.201 / ESU R Free: 0.198 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.304 420 4.7 %RANDOM
Rwork0.234 ---
obs0.238 8860 99.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 77.98 Å2 / Biso mean: 37.902 Å2 / Biso min: 21.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.69 Å20 Å20 Å2
2--0.69 Å20 Å2
3----1.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.97→27.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数880 0 0 8 888
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.022887
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02596
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0741.9861190
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.86631448
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.155111
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.58423.33339
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.84815163
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.248158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.2143
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.02973
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02187
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0412566
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6012226
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.2823889
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.0524321
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.6996301
LS精密化 シェル解像度: 1.971→2.022 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 31 -
Rwork0.294 596 -
all-627 -
obs--99.52 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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