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- PDB-3fyo: Crystal structure of the triple mutant (N23C/D247E/P249A) of 3-de... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fyo
タイトルCrystal structure of the triple mutant (N23C/D247E/P249A) of 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate synthase (KDO8PS) from Neisseria meningitidis
要素3-deoxy-D-manno-octulosonic acid 8-phosphate synthetase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / MANNO-OCTULOSONATE / SYNTHASE / LIPOPOLYSACCHARIDE (リポ多糖) / KDOP / KDO8 KDOPS / KDO8PS / TIM BARREL (TIMバレル) / BIOSYNTHESIS (生合成) / LYASE (リアーゼ) / Lipopolysaccharide biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase / 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase activity / keto-3-deoxy-D-manno-octulosonic acid biosynthetic process / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase / DAHP synthetase I/KDSA / DAHP synthetase I family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PHOSPHOENOLPYRUVATE / 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria meningitidis serogroup B (髄膜炎菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Jameson, G.B. / Parker, E.J. / Cochrane, F.P. / Patchett, M.L.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Reversing evolution: re-establishing obligate metal ion dependence in a metal-independent KDO8P synthase
著者: Cochrane, F.C. / Cookson, T.V. / Jameson, G.B. / Parker, E.J.
履歴
登録2009年1月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-deoxy-D-manno-octulosonic acid 8-phosphate synthetase
B: 3-deoxy-D-manno-octulosonic acid 8-phosphate synthetase
C: 3-deoxy-D-manno-octulosonic acid 8-phosphate synthetase
D: 3-deoxy-D-manno-octulosonic acid 8-phosphate synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,3029
ポリマ－121,9854
非ポリマー3175
水8,161453
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12360 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area35520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.740, 86.197, 163.891
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 5

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPILEILEAA2 - 502 - 50
21ASPASPILEILEBB2 - 502 - 50
31ASPASPILEILECC2 - 502 - 50
41ASPASPILEILEDD2 - 502 - 50
12GLYGLYHISHISAA70 - 19970 - 199
22GLYGLYHISHISBB70 - 19970 - 199
32GLYGLYHISHISCC70 - 19970 - 199
42GLYGLYHISHISDD70 - 19970 - 199
13ASPASPPHEPHEAA220 - 234220 - 234
23ASPASPPHEPHEBB220 - 234220 - 234
33ASPASPPHEPHECC220 - 234220 - 234
43ASPASPPHEPHEDD220 - 234220 - 234
14GLUGLUPROPROAA258 - 275258 - 275
24GLUGLUPROPROBB258 - 275258 - 275
34GLUGLUPROPROCC258 - 275258 - 275
44GLUGLUPROPRODD258 - 275258 - 275

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
3-deoxy-D-manno-octulosonic acid 8-phosphate synthetase / 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase / Phospho-2-dehydro-3-deoxyoctonate aldolase / KDO-8- ...2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase / Phospho-2-dehydro-3-deoxyoctonate aldolase / KDO-8-phosphate synthetase / KDO 8-P synthase / KDOPS


分子量: 30496.354 Da / 分子数: 4 / 変異: N23C, D247E, P249A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria meningitidis serogroup B (髄膜炎菌)
遺伝子: kdsA, NMB1283 / プラスミド: pT7-7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9JZ55, 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase

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非ポリマー , 5種, 458分子

#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-PEP / PHOSPHOENOLPYRUVATE / ホスホエノ-ルピルビン酸 / ホスホエノールピルビン酸


分子量: 168.042 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5O6P
#5: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 453 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.65 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 21.0 mg/mL protein mixed 1:1 with reservoir liquor containing 100 mM NaOAc (pH 5.0), 2 mM PEP, 200 microM MnSO4 and 2.0 M NaCl. Immediately prior to data collection, crystal were harvested ...詳細: 21.0 mg/mL protein mixed 1:1 with reservoir liquor containing 100 mM NaOAc (pH 5.0), 2 mM PEP, 200 microM MnSO4 and 2.0 M NaCl. Immediately prior to data collection, crystal were harvested and soaked briefly in cryoprotectant solution, comprising 20% glycerol and 100 mM NaOAc (pH 5.0) and 2.0 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年11月15日 / 詳細: Osmic blue optic
放射モノクロメーター: Osmic blue optic / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→33.95 Å / Num. all: 108582 / Num. obs: 108582 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.15 % / Biso Wilson estimate: 32.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Χ2: 0.94 / Net I/σ(I): 9 / Scaling rejects: 12568
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 4.09 % / Rmerge(I) obs: 0.472 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. measured all: 44603 / Num. unique all: 10737 / Χ2: 1.09 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 0.344 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.75 / Cor.coef. Io to Ic: 0.748
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å15 Å
Translation3 Å15 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREKデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
CrystalClearデータ収集
d*TREKデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2QKF

2qkf


解像度: 1.9→33.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / WRfactor Rfree: 0.264 / WRfactor Rwork: 0.225 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / FOM work R set: 0.815 / SU B: 7.818 / SU ML: 0.103 / SU R Cruickshank DPI: 0.172 / SU Rfree: 0.157 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.156 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES RESIDUAL ONLY. CLOSE CONTACTS ARE A CONSEQUENCE OF UNRESOLVED DISORDER IN SIDE CHAINS AND/OR WATER MOLECULES. CLOSE WATER-WATER ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES RESIDUAL ONLY. CLOSE CONTACTS ARE A CONSEQUENCE OF UNRESOLVED DISORDER IN SIDE CHAINS AND/OR WATER MOLECULES. CLOSE WATER-WATER CONTACTS MAY BE ASCRIBED TO POORLY DEFINED GLYCEROL (CRYOPROTECTANT) SPECIES. PHI/PSI VALUES FOR RESIDUES 6 AND 229 ARE HIGHLY CONSERVED IN KDO8PS AND ARE LOCATED IN WELL-DEFINED ELECTRON DENSITY. RESIDES 56 AND 172 (CHAINS B AND C) LIE IN WELL-DEFINED ELECTRON DENSITY. OTHER RESIDUES WITH POOR PHI/PSI VALUES LIE IN REGIONS OF POOR DENSITY IN ILL-DEFINED LOOPS OR AT FRAYED BEGINNINGS AND ENDS OF MISSING LOOPS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.257 4644 5 %RANDOM
Rwork0.216 ---
all0.218 92429 --
obs0.218 92429 99.42 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 67.84 Å2 / Biso mean: 27.845 Å2 / Biso min: 8.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.6 Å20 Å20 Å2
2--0.25 Å20 Å2
3----0.85 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.156 Å0.168 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→33.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7886 0 14 453 8353
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0228335
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.025586
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0751.97711333
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.946313794
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.74351096
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.12724.794340
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.356151476
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.3891534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1390.21334
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0219278
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021584
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3061.55288
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5021.52147
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.16728573
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.26533047
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.1024.52737
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
A1145MEDIUM POSITIONAL0.190.5
B1145MEDIUM POSITIONAL0.390.5
C1145MEDIUM POSITIONAL0.230.5
D1145MEDIUM POSITIONAL0.330.5
A1205LOOSE POSITIONAL0.585
B1205LOOSE POSITIONAL0.775
C1205LOOSE POSITIONAL0.575
D1205LOOSE POSITIONAL0.745
A1145MEDIUM THERMAL2.482
B1145MEDIUM THERMAL1.952
C1145MEDIUM THERMAL1.952
D1145MEDIUM THERMAL1.492
A1205LOOSE THERMAL2.110
B1205LOOSE THERMAL1.8710
C1205LOOSE THERMAL1.7810
D1205LOOSE THERMAL1.6410
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.409 355 -
Rwork0.353 6424 -
all-6779 -
obs-6424 99.97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8407-0.0795-0.3280.2454-0.02410.5315-0.01460.2088-0.0109-0.0421-0.00020.0203-0.0095-0.14970.01480.04140.0146-0.00160.12360.00610.04148.51520.79848.654
20.2347-0.17420.0310.27090.02240.3641-0.0219-0.01430.0344-0.00310.02790.0040.026-0.0135-0.00610.0298-0.00480.01050.0629-0.00520.048916.26113.82684.142
30.0548-0.0739-0.00950.13560.01680.5126-0.0042-0.0471-0.0045-0.03330.0048-0.0126-0.0002-0.0408-0.00070.0586-0.0040.01570.0487-0.00960.043733.812-1.56938.195
40.175-0.2828-0.2010.99580.28730.4123-0.07980.0360.01020.20050.03460.02320.12820.04980.04530.11050.0390.00450.0155-0.00650.039537.91-11.58273.378
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 276
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 279
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 280
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 277

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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