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- PDB-3fxr: Crystal structure of TsaR in complex with sulfate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fxr
タイトルCrystal structure of TsaR in complex with sulfate
要素LysR type regulator of tsaMBCD
キーワードTranscription regulator / LysR-type / transcriptional regulator / LTTR / TsaR / wHTH / DNA-binding / Transcription / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / LysR, substrate-binding / LysR substrate binding domain / LysR-type HTH domain profile. / Transcription regulator HTH, LysR / Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family / Periplasmic binding protein-like II / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Arc Repressor Mutant, subunit A ...: / LysR, substrate-binding / LysR substrate binding domain / LysR-type HTH domain profile. / Transcription regulator HTH, LysR / Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family / Periplasmic binding protein-like II / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ASCORBIC ACID / HTH-type transcriptional regulator TsaR
類似検索 - 構成要素
生物種Comamonas testosteroni (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Monferrer, D. / Tralau, T. / Kertesz, M.A. / Kikhney, A. / Svergun, D. / Uson, I.
引用
ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2010
タイトル: Structural studies on the full-length LysR-type regulator TsaR from Comamonas testosteroni T-2 reveal a novel open conformation of the tetrameric LTTR fold
著者: Monferrer, D. / Tralau, T. / Kertesz, M.A. / Dix, I. / Sola, M. / Uson, I.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2008
タイトル: High crystallizability under air-exclusion conditions of the full-length LysR-type transcriptional regulator TsaR from Comamonas testosteroni T-2 and data-set analysis for a MIRAS ...タイトル: High crystallizability under air-exclusion conditions of the full-length LysR-type transcriptional regulator TsaR from Comamonas testosteroni T-2 and data-set analysis for a MIRAS structure-solution approach
著者: Monferrer, D. / Tralau, T. / Kertesz, M.A. / Panjikar, S. / Uson, I.
履歴
登録2009年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp / struct_ref_seq_dif ...chem_comp / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.type / _struct_ref_seq_dif.details / 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LysR type regulator of tsaMBCD
B: LysR type regulator of tsaMBCD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,70016
ポリマ－67,2872
非ポリマー1,41314
水4,522251
1
A: LysR type regulator of tsaMBCD
B: LysR type regulator of tsaMBCD
ヘテロ分子

A: LysR type regulator of tsaMBCD
B: LysR type regulator of tsaMBCD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,40132
ポリマ－134,5754
非ポリマー2,82628
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area18410 Å2
ΔGint-392 kcal/mol
Surface area51640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.110, 51.830, 107.990
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.520, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 LysR type regulator of tsaMBCD / LysR-type transcriptional regulator TsaR


分子量: 33643.727 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Comamonas testosteroni (バクテリア)
株: T-2 / 遺伝子: tsaR / プラスミド: PQE-70 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M10 / 参照: UniProt: P94678
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 糖 ChemComp-ASC / ASCORBIC ACID / Vitamin C / (5R)-3,4-ジヒドロキシ-5β-[(S)-1,2-ジヒドロキシエチル]-2,5-ジヒドロフラン-2-オン


タイプ: L-saccharide / 分子量: 176.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O6 / コメント: 薬剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 251 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE SEQUENCE OF DATABASE UNIPROTKB/TREMBL P94678 (P94678_COMTE) HAS A SEQUENCING ERROR.THE ...THE SEQUENCE OF DATABASE UNIPROTKB/TREMBL P94678 (P94678_COMTE) HAS A SEQUENCING ERROR.THE ADDITIONAL LEU (RESIDUE 2) AT THE N-TERMINUS OF THE STRUCTURE IS CORRECT.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.26 %
結晶化温度: 298 K / 手法: microbatch under oil / pH: 4.6
詳細: 0.2M Ammonium sulfate, 25% w/v PEG 4000, 0.1M Na acetate pH 4.6, microbatch under oil, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.9326 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9326 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→19.9 Å / Num. all: 24580 / Num. obs: 24481 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 1 % / Rsym value: 0.00648 / Net I/σ(I): 15.92
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 2499 / Rsym value: 0.267 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0046精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
DNAデータ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHARP位相決定
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3FXQ

3fxq


解像度: 2.5→19.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.858 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 22.678 / SU ML: 0.231 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: TLS parameterization / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.607 / ESU R Free: 0.315 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.269 1251 5.1 %RANDOM
Rwork0.204 ---
all0.207 24515 --
obs0.207 24479 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 90.45 Å2 / Biso mean: 17.605 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.82 Å20 Å20.53 Å2
2--0.18 Å20 Å2
3----0.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4572 0 80 251 4903
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0224744
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3361.9886462
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.825590
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.58522.723202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.85915767
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6481546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2741
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213563
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.391.52969
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.76624774
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.34431775
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3014.51688
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325 82 -
Rwork0.235 1704 -
all-1786 -
obs--99.89 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.21780.2379-0.11550.67640.08851.3672-0.03790.0825-0.0420.04460.057-0.0821-0.06840.0193-0.01910.01990.0105-0.01060.083-0.01240.02095.42455.03515.543
20.96270.11960.05332.3451-0.98762.8892-0.02410.05880.0405-0.3390.1020.23360.1572-0.0398-0.07780.1082-0.022-0.02810.02370.00920.0250.84443.90362.123
31.7013-0.2514-0.18541.742-0.42260.4743-0.0334-0.103-0.06950.12370.0140.0873-0.01090.05540.01940.0570.00630.02390.02930.010.0148-1.04138.06887.704
40.9610.6784-0.59362.9602-2.19112.9056-0.130.0885-0.0613-0.55680.16950.0520.5345-0.0913-0.03940.194-0.0066-0.01090.0389-0.02160.02813.98438.72760.862
53.2864-1.07030.97592.5630.10476.37790.0943-0.3144-0.36230.1099-0.03760.28690.8345-0.2792-0.05680.1258-0.02610.01250.06840.04020.0643-5.97442.39432.436
61.94510.1473-0.26590.46240.04430.90590.00720.02450.0840.05550.02860.00270.01870.0108-0.03580.01930.01210.00640.0312-0.00090.0361-21.61956.74116.588
70.5627-0.4202-0.20990.36040.17550.44960.02970.02640.05740.0177-0.0064-0.0127-0.0351-0.0282-0.02320.05270.0170.01080.03230.00380.0542-41.10564.76426.015
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 86
2X-RAY DIFFRACTION2A87 - 168
3X-RAY DIFFRACTION3A169 - 263
4X-RAY DIFFRACTION4A264 - 296
5X-RAY DIFFRACTION5B1 - 73
6X-RAY DIFFRACTION6B74 - 161
7X-RAY DIFFRACTION7B162 - 296

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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