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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3fxe | ||||||
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タイトル | Crystal structure of interacting domains of IcmR and IcmQ (seleno-derivative) | ||||||
要素 |
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キーワード | UNKNOWN FUNCTION / 4 helix bundle / helix-turn-helix / Se-Met | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / IcmR, middle region / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #90 / Immunoglobulin FC, subunit C / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Legionella pneumophila (バクテリア) Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Raychaudhury, S. / Akey, C.W. / Head, J.F. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2009 タイトル: Structure and Function of Interacting IcmR-IcmQ Domains from a Type IVb Secretion System in Legionella pneumophila. 著者: Raychaudhury, S. / Farelli, J.D. / Montminy, T.P. / Matthews, M. / Menetret, J.F. / Dumenil, G. / Roy, C.R. / Head, J.F. / Isberg, R.R. / Akey, C.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3fxe.cif.gz | 28.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3fxe.ent.gz | 22 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3fxe.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3fxe_validation.pdf.gz | 417.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3fxe_full_validation.pdf.gz | 419.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3fxe_validation.xml.gz | 6.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3fxe_validation.cif.gz | 8.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fx/3fxe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fx/3fxe | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 6557.525 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-57 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア) 株: Corby / 遺伝子: icmQ, LPC_2899 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL-1 blue / 参照: UniProt: A5IHF0 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 7859.662 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 23-95 / Mutation: L84M / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (バクテリア) 株: Philadelphia-1 / DSM 7513 / 遺伝子: icmR, lpg0443 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Xl-1 blue / 参照: UniProt: Q5ZYC9 |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.64 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.7 詳細: 100 mM Na acetate pH 4.7, 30% PEG 1500, 100 mM L-cysteine, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.97950, 0.97976, 0.95003 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月10日 | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 10087 / Num. obs: 10087 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 23.9 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Mean I/σ(I) obs: 18 / Num. unique all: 541 / % possible all: 99.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.2→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
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拘束条件 |
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