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- PDB-3fvw: Crystal structure of the Q8DWD8_STRMU protein from Streptococcus ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fvw
タイトルCrystal structure of the Q8DWD8_STRMU protein from Streptococcus mutans. Northeast Structural Genomics Consortium target SmR99.
要素Putative NAD(P)H-dependent FMN reductase
キーワードstructural genomics / unknown function / Q8DWD8_STRMU / putative NAD(P)H-dependent FMN reductase / SmR99 / NESG / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
: / NADPH-dependent FMN reductase-like / NADPH-dependent FMN reductase / Flavodoxin domain / Flavoprotein-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADPH-dependent FMN reductase-like domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus mutans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Vorobiev, S.M. / Abashidze, M. / Belote, R.L. / Foote, E.L. / Ciccosanti, C. / Janjua, H. / Xiao, R. / Acton, T. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. ...Vorobiev, S.M. / Abashidze, M. / Belote, R.L. / Foote, E.L. / Ciccosanti, C. / Janjua, H. / Xiao, R. / Acton, T. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the Q8DWD8_STRMU protein from Streptococcus mutans.
著者: Vorobiev, S.M. / Abashidze, M. / Belote, R.L. / Foote, E.L. / Ciccosanti, C. / Janjua, H. / Xiao, R. / Acton, T. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L.
履歴
登録2009年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative NAD(P)H-dependent FMN reductase
B: Putative NAD(P)H-dependent FMN reductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0162
ポリマ－43,0162
非ポリマー00
水2,018112
1
A: Putative NAD(P)H-dependent FMN reductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5081
ポリマ－21,5081
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Putative NAD(P)H-dependent FMN reductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5081
ポリマ－21,5081
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)99.297, 99.297, 90.114
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
詳細authors claim that the biological unit is monomer according to aggregation screening

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要素

#1: タンパク質 Putative NAD(P)H-dependent FMN reductase


分子量: 21507.816 Da / 分子数: 2 / 変異: V182I / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus mutans (バクテリア)
株: ATCC 700610/UA159/Serotype c / 遺伝子: SMU_125 / プラスミド: pET 21-23C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) +Magic / 参照: UniProt: Q8DWD8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.74 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 18-20% PEG 3350, 0.2M DL-Malic acid, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97862, 0.97922, 0.91837,
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年1月10日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978621
20.979221
30.918371
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 44160 / Num. obs: 44160 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.134 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.786 / Mean I/σ(I) obs: 2.03 / Num. unique all: 4404 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
Web-Iceデータ収集
SHELXD/Eモデル構築
RESOLVEモデル構築
CNS1.2 (using xtal_twin utilities)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXD/E位相決定
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Crystal has partial merohedral twinning; twinning operator= -h,-k,l twinning fraction= 0.25 (detected by CNS 1.2 detect_twinning.inp)
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2167 1970 -RANDOM
Rwork0.188 ---
all-44195 --
obs-42245 95.6 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.062 Å20 Å20 Å2
2--8.062 Å20 Å2
3----16.124 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2789 0 0 112 2901
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007315
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.30511
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.88483
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.83797
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.38 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3074 177 -
Rwork0.3227 --
obs-3799 86.14 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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