PDB-3fvk: Crystal structure of the human glutamate receptor, GluR5, ligand-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3fvk

タイトル

Crystal structure of the human glutamate receptor, GluR5, ligand-binding core in complex with 8-deoxy-neodysiherbaine A in space group P1

要素

Glutamate receptor, ionotropic kainate 1

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / glutamate receptor / ligand-binding core / 8-deoxy-neodysiherbaine

機能・相同性

機能・相同性情報

Activation of Na-permeable kainate receptors / kainate selective glutamate receptor complex / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / glutamate receptor signaling pathway / kainate selective glutamate receptor activity / glutamate-gated receptor activity / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / glutamate-gated calcium ion channel activity / central nervous system development / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Unno, M. / Sasaki, M. / Ikeda-Saito, M.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Binding and Selectivity of the Marine Toxin Neodysiherbaine A and Its Synthetic Analogues to GluK1 and GluK2 Kainate Receptors.
著者: Unno, M. / Shinohara, M. / Takayama, K. / Tanaka, H. / Teruya, K. / Doh-Ura, K. / Sakai, R. / Sasaki, M. / Ikeda-Saito, M.

履歴

登録	2009年1月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年1月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年10月26日	Group: Database references
改定 1.3	2017年8月16日	Group: Data collection / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: diffrn_detector / entity_src_gen / software / Item: _diffrn_detector.detector / _software.classification
改定 1.4	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3fvk.cif.gz	224.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3fvk.ent.gz	180 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3fvk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fv/3fvk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fv/3fvk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2znsC 2zntC 2znuC 3fuzC 3fv1C 3fv2C 3fvgC 3fvnSC 3qxmC 3fvo C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3fvn-2 3fuz-1 3fvo-1 3fv2-1 4nwc-d 3fuz-2 3u94-5 3fv1-2 3a1u-1 3u94-4 3dtc-d 3fvg-1 3fvn-1 3b6t-d 3fvg-2 3ejx-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (9) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (2) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glutamate receptor, ionotropic kainate 1

B: Glutamate receptor, ionotropic kainate 1

ヘテロ分子

59.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glutamate receptor, ionotropic kainate 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Glutamate receptor, ionotropic kainate 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.508, 50.787, 62.644
Angle α, β, γ (deg.)	80.43, 84.41, 62.10
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Glutamate receptor, ionotropic kainate 1 / Glutamate receptor 5 / GluR-5 / GluR5 / Excitatory amino acid receptor 3 / EAA3 分子量: 29093.441 Da / 分子数: 2 断片: ligand-binding domain, UNP residues 445-559, 682-820 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 属: GRIK1, GLUR5 / プラスミド: pCold-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P39086
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-8DX / (2R,3aR,6S,7aR)-2-[(2S)-2-amino-3-hydroxy-3-oxo-propyl]-6-hydroxy-3,3a,5,6,7,7a-hexahydrofuro[4,5-b]pyran-2-carboxylic acid / 8-デオキシネオジシヘルバインA 分子量: 275.255 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₇NO₇
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 371 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.65 %
結晶化	温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 35% PEG3350, 0.3M LiSO4, 5mM 8-deoxy-neodysiherbaine, pH5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 303K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年11月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 78332 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 3.8 % / R_sym value: 0.036 / Net I/σ(I): 35.9
反射シェル	解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 7117 / R_sym value: 0.261 / % possible all: 87.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
CNS		精密化
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3FVN

3fvn

解像度: 1.5→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / SU B: 2.296 / SU ML: 0.044 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.074 / ESU R Free: 0.074 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19148	3918	5 %	RANDOM
R_work	0.16594	-	-	-
obs	0.16727	74370	95.86 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.303 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.22 Å²	0.15 Å²	-0.01 Å²
2-	-	-0.54 Å²	0.14 Å²
3-	-	-	0.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4035	0	101	371	4507

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	4316
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.242	1.999	5837
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.476	5	524
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.101	24.208	183
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.129	15	797
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.829	15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	653
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3136
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.196	0.2	2056
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.308	0.2	3041
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.11	0.2	382
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.181	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.124	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.781	1.5	2659
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.188	2	4184
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.85	3	1899
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.777	4.5	1647
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.243	255	-
R_work	0.205	4860	-
obs	-	-	84.77 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6239	-0.0721	-0.0513	1.0511	0.1189	0.9673	-0.0683	-0.0774	0.0237	0.0083	0.0409	-0.0363	0.0479	0.0659	0.0274	-0.041	0.0189	0.004	-0.031	0.01	-0.0163	0.697	4.834	18.297
2	0.7096	0.1997	0.0751	1.067	0.3015	0.7687	-0.0698	0.0911	0.0165	-0.0263	0.0487	0.0092	-0.0642	0.0881	0.0211	-0.0359	-0.0218	0.0094	-0.0295	0.0194	-0.0125	0.771	13.878	-10.736
3	1.8341	-0.0092	-0.2806	1.9301	-0.0623	0.6264	0.0074	-0.1408	0.0635	0.0877	0.0377	0.0765	-0.0965	-0.1126	-0.0451	-0.0339	0.0413	-0.0007	-0.0229	0.0141	-0.0309	-16.282	21.751	21.237
4	1.1315	-0.0438	0.0463	1.6609	0.0047	0.8867	0.0151	0.0507	-0.0147	-0.0773	0.0108	0.0709	0.0997	-0.1443	-0.0259	-0.0326	-0.0355	0.0159	-0.0158	0.0127	-0.0266	-16.253	-3.096	-13.795
5	0.1714	-0.641	-0.0536	5.2301	1.5669	0.6757	-0.1008	-0.1799	-0.1108	0.2538	0.0555	0.3156	-0.0203	-0.1669	0.0453	-0.0133	0.018	0.014	-0.0108	0.0103	0.0161	-7.595	9.595	11.052
6	0.6867	2.2788	0.6252	7.6137	2.1252	0.6188	-0.1336	0.2133	0.0005	-0.239	0.0328	0.2098	0.0033	-0.1071	0.1008	-0.0241	-0.0108	0.0079	-0.003	0.0079	0.0081	-7.585	9.181	-3.535
7	58.3475	2.2779	-4.6887	10.0683	-0.9637	14.1036	-0.2264	-0.9951	-0.3422	-0.0604	0.1562	0.1555	0.0716	-0.2354	0.0703	-0.0524	0.0226	-0.0135	-0.0242	0.0195	-0.0182	-7.66	14.911	19.946
8	41.3889	-9.5473	1.0788	4.7706	-0.5194	7.6604	0.3553	0.732	0.0824	0.1229	-0.2092	0.1269	0.1161	-0.1615	-0.1461	-0.0431	-0.0146	0.0304	-0.0181	0.0188	0.0063	-7.63	3.889	-12.361

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	415 - 517
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	750 - 790
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	415 - 517
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	750 - 790
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	522 - 746
6	X-RAY DIFFRACTION	4	B	522 - 746
7	X-RAY DIFFRACTION	5	A	518 - 521
8	X-RAY DIFFRACTION	5	A	747 - 749
9	X-RAY DIFFRACTION	6	B	518 - 521
10	X-RAY DIFFRACTION	6	B	747 - 749
11	X-RAY DIFFRACTION	7	A	1
12	X-RAY DIFFRACTION	8	B	2

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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