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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3fvj | ||||||
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タイトル | Crystal structure of phospholipase A2 1B crystallized in the presence of octyl sulfate | ||||||
要素 | Phospholipase A2, major isoenzyme | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Phospholipase A2 / Pla2-1B / octyl sulfate binding / Lipid degradation / Lipoprotein / Metal-binding / Palmitate / Pyrrolidone carboxylic acid / Secreted | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of podocyte apoptotic process / regulation of glucose import / phosphatidylglycerol metabolic process / phosphatidylcholine metabolic process / phospholipase A2 activity / leukotriene biosynthetic process / neutrophil mediated immunity / calcium-dependent phospholipase A2 activity / phospholipase A2 / bile acid binding ...positive regulation of podocyte apoptotic process / regulation of glucose import / phosphatidylglycerol metabolic process / phosphatidylcholine metabolic process / phospholipase A2 activity / leukotriene biosynthetic process / neutrophil mediated immunity / calcium-dependent phospholipase A2 activity / phospholipase A2 / bile acid binding / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / phospholipid metabolic process / lipid catabolic process / neutrophil chemotaxis / positive regulation of interleukin-8 production / positive regulation of MAP kinase activity / phospholipid binding / fatty acid biosynthetic process / cellular response to insulin stimulus / positive regulation of immune response / positive regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / intracellular signal transduction / signaling receptor binding / calcium ion binding / positive regulation of cell population proliferation / cell surface / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Sus scrofa (ブタ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Pan, Y.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2010 タイトル: Structure of a premicellar complex of alkyl sulfates with the interfacial binding surfaces of four subunits of phospholipase A2. 著者: Pan, Y.H. / Bahnson, B.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3fvj.cif.gz | 39.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3fvj.ent.gz | 26.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3fvj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fv/3fvj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fv/3fvj | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14009.714 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00592, phospholipase A2 | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CL / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | CRYSTALLIZATION SOLUTION CONTAINS OCTYL SULFATE, BUT NO ORDERED OCTYLE SULFATE IS FOUND IN THE ...CRYSTALLIZ | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.64 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.1 M sodium citrate, 20% v/v iso-propanol, 20% w/v PEG 4000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年4月29日 / 詳細: Morrors |
放射 | モノクロメーター: Ni mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→30.9 Å / Num. all: 8777 / Num. obs: 8664 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11 % / Biso Wilson estimate: 43.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 46.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 11 % / Rmerge(I) obs: 0.522 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Rsym value: 0.469 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1FXF 解像度: 2.3→30.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Data cutoff high absF: 501455.78 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 39.5291 Å2 / ksol: 0.347594 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 44.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→30.87 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.032 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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