PDB-3fvg: Crystal structure of the human glutamate receptor, GluR5, ligand-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3fvg

タイトル

Crystal structure of the human glutamate receptor, GluR5, ligand-binding core in complex with MSVIII-19 in space group P1

要素

Glutamate receptor, ionotropic kainate 1

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / glutamate receptor / dysiherbaine analogue / ligand-binding domain

機能・相同性

機能・相同性情報

Activation of Na-permeable kainate receptors / kainate selective glutamate receptor complex / glutamate receptor signaling pathway / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / kainate selective glutamate receptor activity / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / synaptic transmission, glutamatergic / central nervous system development / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / postsynaptic density membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Unno, M. / Sasaki, M. / Ikeda-Saito, M.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Binding and Selectivity of the Marine Toxin Neodysiherbaine A and Its Synthetic Analogues to GluK1 and GluK2 Kainate Receptors.
著者: Unno, M. / Shinohara, M. / Takayama, K. / Tanaka, H. / Teruya, K. / Doh-Ura, K. / Sakai, R. / Sasaki, M. / Ikeda-Saito, M.

履歴

登録	2009年1月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年1月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年10月26日	Group: Database references
改定 1.3	2017年8月16日	Group: Data collection / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: diffrn_detector / entity_src_gen / software / Item: _diffrn_detector.detector / _software.classification
改定 1.4	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3fvg.cif.gz	222.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3fvg.ent.gz	176.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3fvg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3fvg_validation.pdf.gz	476.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3fvg_full_validation.pdf.gz	482.3 KB	表示
XML形式データ	3fvg_validation.xml.gz	24.5 KB	表示
CIF形式データ	3fvg_validation.cif.gz	35.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fv/3fvg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fv/3fvg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2znsC 2zntC 2znuC 3fuzC 3fv1C 3fv2C 3fvkC 3fvnSC 3qxmC 3fvo C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4nwc-d 3fuz-2 3fvk-1 3fuz-1 3qxm-2 5h2u-1 4igr-d 3gba-3 4u00-d 5m47-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (9) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (2) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glutamate receptor, ionotropic kainate 1

B: Glutamate receptor, ionotropic kainate 1

ヘテロ分子

59.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glutamate receptor, ionotropic kainate 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Glutamate receptor, ionotropic kainate 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
30 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.627, 50.860, 62.931
Angle α, β, γ (deg.)	80.41, 84.16, 62.06
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Glutamate receptor, ionotropic kainate 1 / Glutamate receptor 5 / GluR-5 / GluR5 / Excitatory amino acid receptor 3 / EAA3 分子量: 29093.441 Da / 分子数: 2 断片: ligand-binding domain, UNP residues 445-559, 682-820 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 属: GRIK1, GLUR5 / プラスミド: pCold-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P39086
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-MS8 / (2R,3aR,7aR)-2-[(2S)-2-amino-3-hydroxy-3-oxo-propyl]-3,3a,5,6,7,7a-hexahydrofuro[4,5-b]pyran-2-carboxylic acid / MSVIII-19 分子量: 259.256 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₇NO₆
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 371 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.08 %
結晶化	温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 35% PEG3350, 0.3M LiSO4, 5mM MSVIII-19, pH5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 303K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年11月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 79952 / Num. obs: 79952 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 3.9 % / R_sym value: 0.04 / Net I/σ(I): 32
反射シェル	解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 4.54 / Num. unique all: 7699 / R_sym value: 0.265 / % possible all: 93.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CNS		精密化
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3FVN

3fvn

解像度: 1.5→27.24 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 2.16 / SU ML: 0.042 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.073 / ESU R Free: 0.073 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19184	4002	5 %	RANDOM
R_work	0.16802	-	-	-
obs	0.16925	75825	96.95 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.632 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.05 Å²	-0.02 Å²	0.1 Å²
2-	-	-0.31 Å²	-0.07 Å²
3-	-	-	0.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→27.24 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4103	0	104	371	4578

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	4293
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.266	1.998	5829
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.562	5	541
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.093	24.35	177
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.372	15	767
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.931	15	23
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	655
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3141
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.197	0.2	1980
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.308	0.2	3037
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.104	0.2	368
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.173	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.123	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.765	1.5	2675
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.117	2	4207
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.793	3	1861
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.702	4.5	1606
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.239	303	-
R_work	0.198	5408	-
obs	-	-	93.49 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.566	0.0983	0.0444	0.875	0.0924	0.7033	-0.0551	-0.0548	0.0196	0.0124	0.0276	-0.0327	0.0286	0.0467	0.0275	-0.0329	0.0232	-0.0013	-0.028	-0.0018	-0.0148	0.766	4.773	18.227
2	0.5766	0.1191	0.0252	0.8758	0.2537	0.6889	-0.0685	0.0718	0.0049	-0.0329	0.0368	0.0193	-0.0536	0.0698	0.0317	-0.0303	-0.0182	-0.0024	-0.0258	0.0077	-0.0101	0.759	13.813	-10.774
3	1.5411	-0.0997	-0.1737	1.6474	-0.0792	0.5489	-0.0222	-0.1065	0.0533	0.072	0.0564	0.051	-0.0855	-0.0843	-0.0342	-0.0276	0.0453	-0.0077	-0.0243	-0.0046	-0.0215	-16.374	21.783	21.099
4	0.9129	-0.0381	0.0411	1.2968	-0.0549	0.5913	0.0123	0.0278	-0.0037	-0.0518	0.005	0.0696	0.0931	-0.1075	-0.0173	-0.0212	-0.0327	0.0086	-0.015	-0.0034	-0.0169	-16.271	-3.19	-13.888
5	0.251	-0.2613	0.1613	3.8937	1.5558	0.924	-0.0766	-0.1313	-0.0236	0.2272	0.0216	0.1971	-0.0393	-0.1349	0.0549	-0.0135	0.0213	0.0002	-0.0088	-0.0022	0.004	-7.569	9.588	11.039
6	0.4129	0.6632	0.358	1.9234	1.451	1.2046	-0.1167	0.1615	-0.0049	-0.2047	0.0647	0.1661	0.0438	-0.0944	0.0521	-0.0186	-0.0107	0.0023	-0.0129	-0.0043	0.0083	-7.6	9.122	-3.652
7	21.2008	2.8554	-6.9265	5.8428	3.4527	5.7868	-0.0622	-0.0509	-0.1659	-0.0593	-0.0458	0.0949	0.0529	0.0243	0.1079	-0.0209	0.0218	-0.0227	-0.0146	-0.0013	0.0047	-7.313	14.7533	19.7361
8	13.6462	-4.7551	6.9649	3.4775	-0.0937	6.5452	0.0262	0.0216	-0.0092	0.0643	-0.0887	0.0716	-0.1138	-0.0057	0.0625	-0.0149	-0.011	0.0197	-0.0204	-0.0033	0.0134	-7.3243	3.96	-12.3182

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	415 - 517
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	750 - 790
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	415 - 517
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	750 - 790
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	522 - 746
6	X-RAY DIFFRACTION	4	B	522 - 746
7	X-RAY DIFFRACTION	5	A	518 - 521
8	X-RAY DIFFRACTION	5	A	747 - 749
9	X-RAY DIFFRACTION	6	B	518 - 521
10	X-RAY DIFFRACTION	6	B	747 - 749
11	X-RAY DIFFRACTION	7	A	901
12	X-RAY DIFFRACTION	8	B	902

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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