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万見
- PDB-3fvb: Crystal structure of ferritin (bacterioferritin) from Brucella me... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fvb
タイトルCrystal structure of ferritin (bacterioferritin) from Brucella melitensis
要素Bacterioferritin
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / NIAID / SSGCID / deCODE / ferritin / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


ferroxidase / ferroxidase activity / ferric iron binding / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis
類似検索 - 分子機能
Bacterioferritin signature. / Bacterioferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily ...Bacterioferritin signature. / Bacterioferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / IMIDAZOLE / Bacterioferritin
類似検索 - 構成要素
生物種Brucella melitensis biovar Abortus 2308 (ウシ流産菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.806 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of ferritin from Brucella melitensis
著者: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
履歴
登録2009年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacterioferritin
B: Bacterioferritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,96018
ポリマ－41,7632
非ポリマー1,19716
水6,612367
1
A: Bacterioferritin
B: Bacterioferritin
ヘテロ分子
x 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)515,522216
ポリマ－501,15424
非ポリマー14,368192
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555-z,-x,y1
crystal symmetry operation10_555-y,z,-x1
crystal symmetry operation16_544x,-y-1/2,-z-1/21
crystal symmetry operation20_544-z,x-1/2,-y-1/21
crystal symmetry operation24_544-y,-z-1/2,x-1/21
crystal symmetry operation27_554-x+1/2,y,-z-1/21
crystal symmetry operation30_554z+1/2,-x,-y-1/21
crystal symmetry operation33_554y+1/2,z,x-1/21
crystal symmetry operation38_545-x+1/2,-y-1/2,z1
crystal symmetry operation41_545z+1/2,x-1/2,y1
crystal symmetry operation47_545y+1/2,-z-1/2,-x1
Buried area105640 Å2
ΔGint-1033 kcal/mol
Surface area128340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)174.810, 174.810, 174.810
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number196
Space group name H-MF23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-167-

MG

21A-168-

NA

31A-169-

CL

41A-170-

CL

51B-166-

CL

61A-242-

HOH

71A-291-

HOH

81B-267-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Bacterioferritin


分子量: 20881.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Expressed as a N-terminal hexahis tag with 3C protease cleavage site. Fusion tag was not cleaved prior to crystallization.
由来: (組換発現) Brucella melitensis biovar Abortus 2308 (ウシ流産菌)
株: biovar Abortus 2308 / 遺伝子: bfr, BAB2_0675 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2YKI4

-
非ポリマー , 7種, 383分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 367 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.84 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 12.4 mg/mL protein, 30% PEG 400, 0.2 M MGCl2, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.1 M imidazole; Crystal ID 200992h8. Original crystal hit was in JCSG+ D2, which was optimized using the Emerald Biosystems ...詳細: 12.4 mg/mL protein, 30% PEG 400, 0.2 M MGCl2, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.1 M imidazole; Crystal ID 200992h8. Original crystal hit was in JCSG+ D2, which was optimized using the Emerald Biosystems ADDit Additive Screen. , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03322 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03322 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 40564 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Χ2: 1.151 / Net I/σ(I): 26.769
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.8-1.868.20.84340640.76399.8
1.86-1.948.40.59940040.803100
1.94-2.038.30.41840270.879100
2.03-2.138.30.27740281.045100
2.13-2.278.30.20340351.175100
2.27-2.448.50.15440481.324100
2.44-2.699.10.11940421.403100
2.69-3.0810.20.09140641.7100
3.08-3.8811.20.05940841.326100
3.88-5011.10.03941680.93199.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMACrefmac_5.5.0053精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1JGC, molecule A

1jgc


解像度: 1.806→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / WRfactor Rfree: 0.21 / WRfactor Rwork: 0.176 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / SU B: 2.149 / SU ML: 0.068 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.111 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY; CHLORIDE IONS MIGHT BE OTHER NEGATIVELY CHARGED IONS SUCH AS PHOSPHATE OR SULFATE, BUT CHLORIDE IONS ARE ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY; CHLORIDE IONS MIGHT BE OTHER NEGATIVELY CHARGED IONS SUCH AS PHOSPHATE OR SULFATE, BUT CHLORIDE IONS ARE MOST LIKELY GIVEN CRYSTALLANT COMPOSITION
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.215 2028 5 %RANDOM
Rwork0.181 ---
obs0.183 40464 99.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 65.17 Å2 / Biso mean: 25.375 Å2 / Biso min: 16.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.806→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2592 0 65 367 3024
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0222700
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2191.9993641
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.2155320
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.68424.965143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.54515484
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.2221518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2380
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022082
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.661.51592
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.34922531
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.78131108
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.9664.51110
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.806-1.8530.291460.2362796295099.729
1.853-1.9030.2511500.19927852935100
1.903-1.9590.2331450.2042664281099.964
1.959-2.0190.2451440.19526072751100
2.019-2.0850.2241320.1882491262499.962
2.085-2.1580.2231250.1712471259999.885
2.158-2.240.2141180.1772355247699.879
2.24-2.3310.251230.1772294241899.959
2.331-2.4350.2181120.1782158228199.518
2.435-2.5530.211020.1862087219599.727
2.553-2.6910.2391050.1841985209499.809
2.691-2.8550.246970.1861877198499.496
2.855-3.0510.228950.1821764186399.785
3.051-3.2960.204800.1911656174099.77
3.296-3.610.181670.1571524159399.874
3.61-4.0350.18810.1551379146399.795
4.035-4.6580.166690.151226129799.846
4.658-5.7020.199530.1910371090100
5.702-8.0510.281640.231803867100
8.051-101.0150.165200.2147750698.221

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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