PDB-3fv2: Crystal structure of the human glutamate receptor, GluR5, ligand-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3fv2

タイトル

Crystal structure of the human glutamate receptor, GluR5, ligand-binding core in complex with neodysiherbaine A in space group P1

要素

Glutamate receptor, ionotropic kainate 1

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Natural compound / glutamate receptor / ligand-binding core

機能・相同性

機能・相同性情報

Activation of Na-permeable kainate receptors / kainate selective glutamate receptor complex / glutamate receptor signaling pathway / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / kainate selective glutamate receptor activity / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / synaptic transmission, glutamatergic / central nervous system development / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / postsynaptic density membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Unno, M. / Sasaki, M. / Ikeda-Saito, M.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Binding and Selectivity of the Marine Toxin Neodysiherbaine A and Its Synthetic Analogues to GluK1 and GluK2 Kainate Receptors.
著者: Unno, M. / Shinohara, M. / Takayama, K. / Tanaka, H. / Teruya, K. / Doh-Ura, K. / Sakai, R. / Sasaki, M. / Ikeda-Saito, M.

履歴

登録	2009年1月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年1月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年10月26日	Group: Database references
改定 1.3	2017年8月16日	Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software / Item: _software.classification
改定 1.4	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3fv2.cif.gz	225.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3fv2.ent.gz	178.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3fv2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3fv2_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3fv2_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	3fv2_validation.xml.gz	25.9 KB	表示
CIF形式データ	3fv2_validation.cif.gz	37.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fv/3fv2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fv/3fv2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2znsC 2zntSC 2znuC 3fuzC 3fv1C 3fvgC 3fvkC 3fvnC 3qxmC 3fvo C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3fv1-2 3fuz-1 3fvk-1 3u94-4 5neb-1 3gba-1 3fvn-2 3fuz-2 3u94-5 4mh5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (9) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (2) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glutamate receptor, ionotropic kainate 1

B: Glutamate receptor, ionotropic kainate 1

ヘテロ分子

60 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glutamate receptor, ionotropic kainate 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
30.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Glutamate receptor, ionotropic kainate 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.579, 50.712, 63.144
Angle α, β, γ (deg.)	85.72, 95.79, 62.08
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Glutamate receptor, ionotropic kainate 1 / Glutamate receptor 5 / GluR-5 / GluR5 / Excitatory amino acid receptor 3 / EAA3 分子量: 29093.441 Da / 分子数: 2 断片: ligand-binding domain, UNP residues 445-559, 682-820 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 属: GRIK1, GLUR5 / プラスミド: pCold-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P39086
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-NDZ / (2R,3aR,6R,7R,7aR)-2-[(2S)-2-amino-2-carboxyethyl]-6,7-dihydroxyhexahydro-2H-furo[3,2-b]pyran-2-carboxylic acid / ネオジシヘルバインA 分子量: 291.255 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₇NO₈
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 471 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.04 %
結晶化	温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 35% PEG3350, 0.3M LiSO4, 5mM neodysiherbaine A, pH5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 303K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 79267 / Num. obs: 79267 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 3.8 % / R_sym value: 0.042 / Net I/σ(I): 32.2
反射シェル	解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / Num. unique all: 7731 / R_sym value: 0.157 / % possible all: 95.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CNS		精密化
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2ZNT

2znt

解像度: 1.5→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 2.112 / SU ML: 0.041 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.075 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19456	3999	5 %	RANDOM
R_work	0.17016	-	-	-
obs	0.1714	75263	96.73 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 9.024 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.23 Å²	0.22 Å²	-0.04 Å²
2-	-	-0.32 Å²	-0.01 Å²
3-	-	-	0.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4133	0	115	471	4719

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	4326
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.251	2.001	5852
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.692	5	528
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.4	24.286	182
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.649	15	795
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.196	15	25
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	656
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3135
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.193	0.2	2080
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.307	0.2	3045
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.112	0.2	449
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.172	0.2	69
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.119	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.737	1.5	2665
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.052	2	4187
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.74	3	1905
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.558	4.5	1656
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.502→1.541 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.207	270	-
R_work	0.182	5286	-
obs	-	-	91.76 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6357	-0.2253	0.0568	0.8981	0.2224	0.6822	-0.0458	-0.0598	-0.0294	0.0098	0.0198	0.0237	0.0636	0.0539	0.026	-0.0288	0.0126	0.0019	-0.0256	0.0055	-0.0278	0.737	4.7129	18.2628
2	0.5006	-0.0585	-0.0147	0.8653	0.0746	0.7398	-0.0324	0.0279	0.012	0.0176	0.0124	-0.0187	-0.0348	0.0604	0.02	-0.0364	-0.0145	0.0012	-0.0296	0.0002	-0.0313	0.867	13.6194	-11.1371
3	0.824	-0.1261	-0.0827	1.2887	0.0053	0.6767	0.0112	-0.0247	-0.0116	0.0605	-0.0006	0.0616	-0.0649	-0.1132	-0.0106	-0.019	0.0266	-0.01	-0.0099	-0.0015	-0.031	-16.1454	21.7572	21.2578
4	1.3186	0.2437	0.1787	1.3994	0.0633	0.5142	0.0098	0.0776	-0.0343	-0.0681	0.0049	0.0112	0.0608	-0.079	-0.0147	-0.0159	-0.0297	0.0069	-0.012	-0.0007	-0.0277	-16.1094	-3.4031	-14.1015
5	0.8737	-1.2651	-0.4479	1.8324	0.6858	2.9817	-0.0697	-0.0333	-0.0847	0.0692	0.0348	0.2235	-0.012	-0.2176	0.035	-0.026	0.013	-0.0083	-0.0231	-0.0153	-0.0198	-7.502	9.4153	10.9859
6	0.1065	0.4299	0.1921	2.1718	0.8659	1.2083	-0.0148	0.0235	0.086	-0.0905	0.0242	0.2037	0.0133	-0.1409	-0.0094	-0.0288	-0.0219	0.0081	-0.0282	-0.008	-0.0213	-7.4222	8.9663	-3.8764
7	30.3208	5.2573	-4.522	3.8471	1.297	4.3388	0.1652	-0.3694	-0.0706	0.0477	-0.096	0.0725	-0.0976	-0.0749	-0.0692	-0.0462	0.0166	-0.0183	-0.0424	-0.0049	-0.0444	-7.661	14.623	19.7516
8	21.1926	-2.2358	0.1706	6.4136	-1.3082	6.4464	0.0373	0.4096	0.2077	0.0018	0.0627	0.2658	0.1587	-0.1085	-0.1	-0.0508	-0.0197	0.022	-0.0508	0.0055	-0.0342	-7.5931	3.6686	-12.6764

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	415 - 517
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	750 - 790
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	415 - 517
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	750 - 790
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	522 - 746
6	X-RAY DIFFRACTION	4	B	522 - 746
7	X-RAY DIFFRACTION	5	A	518 - 521
8	X-RAY DIFFRACTION	5	A	747 - 749
9	X-RAY DIFFRACTION	6	B	518 - 521
10	X-RAY DIFFRACTION	6	B	747 - 749
11	X-RAY DIFFRACTION	7	A	1 - 791
12	X-RAY DIFFRACTION	8	B	2 - 791

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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