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- PDB-3fth: NFLVHSS segment from Islet Amyloid Polypeptide (IAPP or Amylin) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fth
タイトルNFLVHSS segment from Islet Amyloid Polypeptide (IAPP or Amylin)
要素NFLVHSS heptapeptide from Islet Amyloid Polypeptide
キーワードPROTEIN FIBRIL / amyloid-like protofibril
機能・相同性
機能・相同性情報


: / amylin receptor signaling pathway / Calcitonin-like ligand receptors / negative regulation of amyloid fibril formation / negative regulation of bone resorption / eating behavior / negative regulation of osteoclast differentiation / positive regulation of protein kinase A signaling / Regulation of gene expression in beta cells / negative regulation of protein-containing complex assembly ...: / amylin receptor signaling pathway / Calcitonin-like ligand receptors / negative regulation of amyloid fibril formation / negative regulation of bone resorption / eating behavior / negative regulation of osteoclast differentiation / positive regulation of protein kinase A signaling / Regulation of gene expression in beta cells / negative regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of calcium-mediated signaling / bone resorption / sensory perception of pain / osteoclast differentiation / hormone activity / cell-cell signaling / amyloid-beta binding / G alpha (s) signalling events / positive regulation of MAPK cascade / receptor ligand activity / positive regulation of apoptotic process / Amyloid fiber formation / signaling receptor binding / lipid binding / apoptotic process / signal transduction / extracellular space / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Islet amyloid polypeptide / Calcitonin-like / Calcitonin peptide-like / Calcitonin, conserved site / Calcitonin / CGRP / IAPP family signature. / calcitonin / Calcitonin/adrenomedullin / Calcitonin / CGRP / IAPP family
類似検索 - ドメイン・相同性
Islet amyloid polypeptide
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Wiltzius, J.J.W. / Sawaya, M.R. / Eisenberg, D.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Molecular mechanisms for protein-encoded inheritance
著者: Wiltzius, J.J. / Landau, M. / Nelson, R. / Sawaya, M.R. / Apostol, M.I. / Goldschmidt, L. / Soriaga, A.B. / Cascio, D. / Rajashankar, K. / Eisenberg, D.
履歴
登録2009年1月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: pdbx_entity_src_syn / software
Item: _pdbx_entity_src_syn.details / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id ..._pdbx_entity_src_syn.details / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NFLVHSS heptapeptide from Islet Amyloid Polypeptide
B: NFLVHSS heptapeptide from Islet Amyloid Polypeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,7043
ポリマ－1,6082
非ポリマー961
水1086
1
A: NFLVHSS heptapeptide from Islet Amyloid Polypeptide
ヘテロ分子

B: NFLVHSS heptapeptide from Islet Amyloid Polypeptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,7043
ポリマ－1,6082
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
Buried area660 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area1660 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area660 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area1660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)9.725, 21.600, 26.086
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.560, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細THE AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT IS A INDEFINITELY LONG PAIR OF SHEETS (A PROTOFIBRIL). ONE SHEET FORMED BY CHAINS A AND B AND THEIR CRYSTALLOGRAPHIC TRANSLATIONS ALONG THE "A" CELL DIMENSION (E.G. X,Y,Z AND X+1,Y,Z). THE SECOND SHEET IS CONSTRUCTED FROM -X, Y+1/2,-Z AND THEIR CRYSTALLOGRAPHIC TRANSLATIONS ALONG THE "A" CELL DIMENSION (E.G. -X+1, Y+1/2,-Z).

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要素

#1: タンパク質・ペプチド NFLVHSS heptapeptide from Islet Amyloid Polypeptide


分子量: 803.883 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P10997*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 27.5 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 1.5M Ammonium Sulfate, 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→90 Å / Num. all: 932 / Num. obs: 932 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.189 / Χ2: 1.054
反射 シェル解像度: 1.8→1.94 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 180 / Χ2: 1.122 / % possible all: 89.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.84→16.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / WRfactor Rfree: 0.29 / WRfactor Rwork: 0.235 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.837 / SU B: 3.396 / SU ML: 0.108 / SU R Cruickshank DPI: 0.318 / SU Rfree: 0.224 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.322 / ESU R Free: 0.223 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.282 101 10.9 %RANDOM
Rwork0.238 ---
obs0.242 926 95.07 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 38.59 Å2 / Biso mean: 8.193 Å2 / Biso min: 0 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.19 Å20 Å20.1 Å2
2--0.71 Å20 Å2
3----0.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.84→16.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数124 0 5 7 136
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.021132
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0276
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5561.981182
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1653190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.686516
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.22523.3336
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.6711520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.222
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02140
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.0228
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.18276
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.581228
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.2463124
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.367256
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.044356
LS精密化 シェル解像度: 1.84→1.892 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.216 5 -
Rwork0.255 64 -
all-69 -
obs--89.61 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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