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- PDB-3ftf: Crystal structure of A. aeolicus KsgA in complex with RNA and SAH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ftf
タイトルCrystal structure of A. aeolicus KsgA in complex with RNA and SAH
要素
  • 5'-R(P*AP*AP*CP*CP*GP*UP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*AP*CP*CP*UP*GP*CP*GP*GP*UP*U)-3'
  • Dimethyladenosine transferase
キーワードTRANSFERASE/RNA / KsgA / Rossmann-like fold / RNA Methyltransferase / MTase / RNA / Antibiotic resistance / Methyltransferase / RNA-binding / rRNA processing / S-adenosyl-L-methionine / Transferase / TRANSFERASE-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


16S rRNA (adenine1518-N6/adenine1519-N6)-dimethyltransferase / 16S rRNA (adenine(1518)-N(6)/adenine(1519)-N(6))-dimethyltransferase activity / rRNA (adenine-N6,N6-)-dimethyltransferase activity / rRNA methylation / RNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
rRNA adenine dimethylase, C-terminal domain / rRNA adenine dimethylase-like, C-terminal / Ribosomal RNA adenine dimethylase / Ribosomal RNA adenine methylase transferase, conserved site / Ribosomal RNA adenine methylase transferase, N-terminal / Ribosomal RNA adenine dimethylases signature. / Ribosomal RNA adenine dimethylases / Ribosomal RNA adenine methyltransferase KsgA/Erm / Ribosomal RNA adenine dimethylase / rRNA adenine N(6)-methyltransferase family profile. ...rRNA adenine dimethylase, C-terminal domain / rRNA adenine dimethylase-like, C-terminal / Ribosomal RNA adenine dimethylase / Ribosomal RNA adenine methylase transferase, conserved site / Ribosomal RNA adenine methylase transferase, N-terminal / Ribosomal RNA adenine dimethylases signature. / Ribosomal RNA adenine dimethylases / Ribosomal RNA adenine methyltransferase KsgA/Erm / Ribosomal RNA adenine dimethylase / rRNA adenine N(6)-methyltransferase family profile. / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / RNA / RNA (> 10) / Ribosomal RNA small subunit methyltransferase A
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Tu, C. / Ji, X.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2009
タイトル: Structural Basis for Binding of RNA and Cofactor by a KsgA Methyltransferase.
著者: Tu, C. / Tropea, J.E. / Austin, B.P. / Court, D.L. / Waugh, D.S. / Ji, X.
履歴
登録2009年1月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / chem_comp_atom ...audit_author / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation_author / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月6日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年11月27日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dimethyladenosine transferase
C: 5'-R(P*AP*AP*CP*CP*GP*UP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*AP*CP*CP*UP*GP*CP*GP*GP*UP*U)-3'
D: 5'-R(P*AP*AP*CP*CP*GP*UP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*AP*CP*CP*UP*GP*CP*GP*GP*UP*U)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1345
ポリマ－42,7113
非ポリマー4242
水64936
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4180 Å2
ΔGint-23.6 kcal/mol
Surface area18340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.130, 58.074, 68.981
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 109.82, 90.0
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly corresponds to the content of the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質 Dimethyladenosine transferase / S-adenosylmethionine-6-N' / N'-adenosyl(rRNA) dimethyltransferase / 16S rRNA dimethylase / High ...S-adenosylmethionine-6-N' / N'-adenosyl(rRNA) dimethyltransferase / 16S rRNA dimethylase / High level kasugamycin resistance protein ksgA / Kasugamycin dimethyltransferase


分子量: 28484.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: genomic DNA / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 株: VF5 / 遺伝子: aq_1816, ksgA / プラスミド: pBA1939 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL
参照: UniProt: O67680, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: RNA鎖 5'-R(P*AP*AP*CP*CP*GP*UP*AP*GP*GP*GP*GP*AP*AP*CP*CP*UP*GP*CP*GP*GP*UP*U)-3'


分子量: 7113.291 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 16S rRNA
#3: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.36 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 0.2 M KF, 40% MPD, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1KF11
2MPD11
3KF12
4MPD12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月6日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) Rosenbaum-Rock double crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.78→30 Å / Num. all: 6848 / Num. obs: 6848 / % possible obs: 84.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 33.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.144 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 2.78→2.88 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.397 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 410 / Rsym value: 0.342 / % possible all: 49.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3FTC

3ftc


解像度: 2.8→28.33 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: 1. THE EFFECTIVE RESOLUTION FOR THIS STRUCTURE IS 3.05 ANGSTROM, AT WHICH THE COMPLETENESS OF X-RAY DATA > 93% AND THE OBSERVABLE DATA > 70% FOR HIGHEST RESOLUTION SHELL. 2. HYDROGENS HAVE ...詳細: 1. THE EFFECTIVE RESOLUTION FOR THIS STRUCTURE IS 3.05 ANGSTROM, AT WHICH THE COMPLETENESS OF X-RAY DATA > 93% AND THE OBSERVABLE DATA > 70% FOR HIGHEST RESOLUTION SHELL. 2. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28795 307 4.5 %RANDOM
Rwork0.23885 ---
obs0.2411 6491 85.1 %-
all-6776 --
原子変位パラメータBiso mean: 28.678 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati sigma a obs: 0.43 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→28.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1985 948 27 36 2996
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.171
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.005
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.8-3.01620.3554870.22180056
3.0162-3.31930.31021160.1844107875
3.3193-3.79870.25681460.1725134194
3.7987-4.78220.23661580.1615144799
4.7822-28.32670.25081640.1934145699

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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