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万見
- PDB-3ft1: Crystal structure of pollen allergen Phl p 3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ft1
タイトルCrystal structure of pollen allergen Phl p 3
要素Phl p 3 allergen
キーワードALLERGEN / BETA-BARREL
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region
類似検索 - 分子機能
Pollen allergen Lol p2 / Expansin, Cellulose-binding-like domain profile. / Expansin, cellulose-binding-like domain / Expansin C-terminal domain / Expansin, cellulose-binding-like domain / Expansin, cellulose-binding-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Phleum pratense (オオアワガエリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.79 Å
データ登録者Keller, W. / Devanaboyina, S.C.
引用ジャーナル: Allergy / 年: 2014
タイトル: High-resolution crystal structure and IgE recognition of the major grass pollen allergen Phl p 3.
著者: Devanaboyina, S.C. / Cornelius, C. / Lupinek, C. / Fauland, K. / Dall'Antonia, F. / Nandy, A. / Hagen, S. / Flicker, S. / Valenta, R. / Keller, W.
履歴
登録2009年1月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年4月12日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / diffrn_source / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phl p 3 allergen
B: Phl p 3 allergen
C: Phl p 3 allergen
D: Phl p 3 allergen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,87014
ポリマ－45,5164
非ポリマー35510
水10,287571
1
A: Phl p 3 allergen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4854
ポリマ－11,3791
非ポリマー1063
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Phl p 3 allergen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4854
ポリマ－11,3791
非ポリマー1063
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Phl p 3 allergen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4503
ポリマ－11,3791
非ポリマー712
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Phl p 3 allergen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4503
ポリマ－11,3791
非ポリマー712
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.068, 74.447, 56.693
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.59, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Phl p 3 allergen


分子量: 11378.952 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Phleum pratense (オオアワガエリ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q69B42
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 571 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 25% PEG 3350, 0.1 M Bis-tris, 0.1 M NaCl, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12 / 波長: 0.8148 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月2日
放射モノクロメーター: Double crystal Si[111], horizontally focussing
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8148 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→30 Å / Num. all: 34582 / Num. obs: 34582 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 18.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 149.7
反射 シェル最高解像度: 1.79 Å

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1WHO

1who


解像度: 1.79→30 Å / σ(F): 2 / σ(I): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 1730 -RANDOM
Rwork0.17 ---
obs0.17 34582 99.8 %-
all-34582 --
原子変位パラメータBiso mean: 18.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.79→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3215 0 10 571 3796
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d1.55
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.014
LS精密化 シェル最高解像度: 1.79 Å / Num. reflection obs: 206729

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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