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- PDB-3fsi: Crystal structure of a trypanocidal 4,4'-Bis(imidazolinylamino)di... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fsi
タイトルCrystal structure of a trypanocidal 4,4'-Bis(imidazolinylamino)diphenylamine bound to DNA
要素
  • 5'-D(*CP*TP*TP*AP*AP*TP*TP*C)-3'
  • 5'-D(P*GP*AP*AP*TP*TP*AP*AP*G)-3'
  • Reverse transcriptase domain
キーワードTRANSFERASE/DNA / TRANSFERASE/DNA MMLV RT / PROTEIN-DNA COMPLEX / DRUG-DNA COMPLEX / CD27 / antitrypanosomal / DNA integration / DNA recombination / Nucleotidyltransferase / Transferase / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Antitermination protein Q / Antitermination protein Q superfamily / Antitermination protein / Heat shock protein DnaJ, cysteine-rich domain superfamily / HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Alpha-Beta Plaits / Roll ...Antitermination protein Q / Antitermination protein Q superfamily / Antitermination protein / Heat shock protein DnaJ, cysteine-rich domain superfamily / HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Alpha-Beta Plaits / Roll / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-MWB / DNA / Antitermination protein
類似検索 - 構成要素
生物種Moloney murine leukemia virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Glass, L.S. / Georgiadis, M.M. / Goodwin, K.D.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of a trypanocidal 4,4'-bis(imidazolinylamino)diphenylamine bound to DNA.
著者: Glass, L.S. / Nguyen, B. / Goodwin, K.D. / Dardonville, C. / Wilson, W.D. / Long, E.C. / Georgiadis, M.M.
履歴
登録2009年1月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Reverse transcriptase domain
G: 5'-D(*CP*TP*TP*AP*AP*TP*TP*C)-3'
B: 5'-D(P*GP*AP*AP*TP*TP*AP*AP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4169
ポリマ－33,7863
非ポリマー6316
水4,107228
1
A: Reverse transcriptase domain
G: 5'-D(*CP*TP*TP*AP*AP*TP*TP*C)-3'
B: 5'-D(P*GP*AP*AP*TP*TP*AP*AP*G)-3'
ヘテロ分子

A: Reverse transcriptase domain
G: 5'-D(*CP*TP*TP*AP*AP*TP*TP*C)-3'
B: 5'-D(P*GP*AP*AP*TP*TP*AP*AP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,83218
ポリマ－67,5716
非ポリマー1,26112
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_765-x+2,-y+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.743, 145.592, 46.570
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細Two protein molecules joined by a 16mer-bp double strand of DNA, with CD27 bound to both 5'-AATT sites. One asymmetric unit retains one half of the 16mer-bp, one protein and one bound ligand.

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Reverse transcriptase domain / RT


分子量: 28934.287 Da / 分子数: 1 / 断片: Reverse transcriptase domain: UNP residues 144-398 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Moloney murine leukemia virus (ウイルス)
遺伝子: MoMLV, pol / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Rosetta / 参照: UniProt: P03355, RNA-directed DNA polymerase

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DNA鎖 , 2種, 2分子 GB

#2: DNA鎖 5'-D(*CP*TP*TP*AP*AP*TP*TP*C)-3'


分子量: 2376.591 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 5'-D(P*GP*AP*AP*TP*TP*AP*AP*G)-3'


分子量: 2474.667 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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非ポリマー , 3種, 234分子

#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-MWB / N1-(4,5-dihydro-1H-imidazol-2-yl)-N4-(4-((4,5-dihydro-1H-imidazol-2-yl)amino)phenyl)benzene-1,4-diamine / CD27 / 2,2′,2,2′-[イミノビス(p-フェニレンニトリロ)]ビス(イミダゾリジン)


分子量: 335.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H21N7 / コメント: 抗がん剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 228 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 4000, Magnesium acetate, ADA pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 400011
2Magnesium acetate11
3ADA11
4PEG 400012
5Magnesium acetate12
6ADA12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.008001 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月20日
詳細: Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror, LN2 cooled first crystal, sagital focusing 2nd crystal
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.008001 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 35935 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Χ2: 1.037 / Net I/σ(I): 24.677
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.75-1.813.90.35535100.99194.6
1.81-1.894.70.29135701.077195.4
1.89-1.974.80.19135611.172195.7
1.97-2.074.80.12335951.098196.4
2.07-2.24.80.08836151.083197
2.2-2.384.80.06736381.082196.9
2.38-2.614.80.05636540.989197
2.61-2.994.70.05236650.973196.3
2.99-3.774.40.03835380.897192.3
3.77-504.70.0335890.983188.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1ZTW

1ztw


解像度: 1.75→50 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.838 / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.254 1727 4.6 %
Rwork0.231 --
obs-34619 91.6 %
溶媒の処理Bsol: 52.54 Å2
原子変位パラメータBiso max: 69.37 Å2 / Biso mean: 32.116 Å2 / Biso min: 13.89 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.807 Å20 Å20 Å2
2--3.138 Å20 Å2
3---2.669 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1982 325 45 228 2580
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.263
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.3691.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.8662
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.1772
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.8492.5
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.8 Å / Num. reflection obs: 3510
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.paramCNS_TOPPAR:protein.top
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.paramCNS_TOPPAR:dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.paramCNS_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION4act.paract.top
X-RAY DIFFRACTION5cdx.parcdx.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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