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- PDB-3fpl: Chimera of alcohol dehydrogenase by exchange of the cofactor bind... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fpl
タイトルChimera of alcohol dehydrogenase by exchange of the cofactor binding domain res 153-295 of C. beijerinckii ADH by T. brockii ADH
要素NADP-dependent alcohol dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / oxydoreductase / bacterial alcohol dehydrogenase / domain exchange / chimera / Metal-binding / NADP
機能・相同性
機能・相同性情報


isopropanol dehydrogenase (NADP+) / isopropanol dehydrogenase (NADP+) activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase ...Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CACODYLATE ION / TRIETHYLENE GLYCOL / NADP-dependent isopropanol dehydrogenase / NADP-dependent isopropanol dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium beijerinckii (バクテリア)
Thermoanaerobacter brockii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Felix, F. / Goihberg, E. / Shimon, L. / Burstein, Y.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Biochemical and structural properties of chimeras constructed by exchange of cofactor-binding domains in alcohol dehydrogenases from thermophilic and mesophilic microorganisms
著者: Goihberg, E. / Peretz, M. / Tel-Or, S. / Dym, O. / Shimon, L. / Frolow, F. / Burstein, Y.
履歴
登録2009年1月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年1月29日Group: Database references
改定 1.32017年8月9日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.42017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.52023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADP-dependent alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1327
ポリマ－37,6471
非ポリマー4866
水7,422412
1
A: NADP-dependent alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子

A: NADP-dependent alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子

A: NADP-dependent alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子

A: NADP-dependent alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,52928
ポリマ－150,5874
非ポリマー1,94224
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area20280 Å2
ΔGint-313 kcal/mol
Surface area43580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.477, 129.477, 129.477
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 NADP-dependent alcohol dehydrogenase / CbADH


分子量: 37646.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Residues 153-295 inserted from alcohol dehydrogenase of ENTAMOEBA HISTOLOTICA
由来: (組換発現) Clostridium beijerinckii (バクテリア), (組換発現) Thermoanaerobacter brockii (バクテリア)
遺伝子: ADH1, ADH1 / プラスミド: BS-P58 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TG-I
参照: UniProt: P25984, UniProt: P14941, alcohol dehydrogenase (NADP+)

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非ポリマー , 6種, 418分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#6: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 412 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.8 %
結晶化温度: 298 K / pH: 5.6
詳細: Single crystals of apo-22(CTC) were obtained by the microbatch method under oil at 18 C, using the IMPAX 1-5 robot. The apo-22(CTC) (10mg/mL) was crystallized in a mixture containing 100mM ...詳細: Single crystals of apo-22(CTC) were obtained by the microbatch method under oil at 18 C, using the IMPAX 1-5 robot. The apo-22(CTC) (10mg/mL) was crystallized in a mixture containing 100mM ammonium acetate, 15% (w/v) PEG 4000, 25mM NaCl, 50mM DTT, 25mM ZnCl2 and 50mM tri-citrate dihydrate (pH sodium 5.6), Microbatch, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→91.67 Å / Num. obs: 28452 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12 % / Biso Wilson estimate: 17.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 30.2
反射 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 12 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 2004 / % possible all: 99.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 0.41 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.536
最高解像度最低解像度
Rotation4 Å19.98 Å
Translation4 Å19.98 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
ProDCデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1PED

1ped


解像度: 1.9→19.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / WRfactor Rfree: 0.178 / WRfactor Rwork: 0.128 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / FOM work R set: 0.922 / SU B: 4.521 / SU ML: 0.072 / SU R Cruickshank DPI: 0.111 / SU Rfree: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.109 / ESU R Free: 0.113 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGEN ATOMS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.172 1437 5.1 %RANDOM
Rwork0.122 ---
obs0.125 28452 99.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 85.83 Å2 / Biso mean: 24.753 Å2 / Biso min: 10.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2635 0 22 412 3069
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0222742
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021850
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5531.9733715
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.99834543
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8635362
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.60724.34106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.59315470
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5571514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2421
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023064
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02522
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2160.2544
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2020.22036
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1740.21322
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.21407
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2310.2290
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0290.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2560.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3760.276
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1360.243
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.14232245
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5673734
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.54252813
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.49771138
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.57910897
LS精密化 シェル解像度: 1.901→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.228 115 -
Rwork0.167 1929 -
all-2044 -
obs--99.08 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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