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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3fpf | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of MtNAS in complex with MTA and tNA | ||||||
要素 | Putative uncharacterized protein | ||||||
キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN / TRANSFERASE / thermonicotianamine / nicotianamine | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nicotianamine synthase activity / nicotianamine biosynthetic process / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.66 Å | ||||||
データ登録者 | Dreyfus, C. / Pignol, D. / Arnoux, P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009 タイトル: Crystallographic snapshots of iterative substrate translocations during nicotianamine synthesis in Archaea 著者: Dreyfus, C. / Lemaire, D. / Mari, S. / Pignol, D. / Arnoux, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3fpf.cif.gz | 134.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3fpf.ent.gz | 101.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3fpf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3fpf_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3fpf_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3fpf_validation.xml.gz | 27.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3fpf_validation.cif.gz | 41.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fp/3fpf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fp/3fpf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33850.719 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌) 遺伝子: MTH675 / プラスミド: pET101 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O26771 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.58 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 22% PEG 3350, 400mM NaBr, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月21日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.66→44.766 Å / Num. all: 77390 / Num. obs: 76848 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 7.034 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3FPE 解像度: 1.66→44.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 1.807 / SU ML: 0.063 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.1 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 61 Å2 / Biso mean: 18.002 Å2 / Biso min: 6.11 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.66→44.75 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.66→1.703 Å / Total num. of bins used: 20
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