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- PDB-3fow: Plasmodium Purine Nucleoside Phosphorylase V66I-V73I-Y160F Mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fow
タイトルPlasmodium Purine Nucleoside Phosphorylase V66I-V73I-Y160F Mutant
要素Uridine phosphorylase, putative
キーワードTRANSFERASE / PROTEIN-inhibitor COMPLEX / phosphorylase / Glycosyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


Pyrimidine salvage / Pyrimidine catabolism / S-methyl-5'-thioinosine phosphorylase / purine nucleotide catabolic process / uridine catabolic process / inosine catabolic process / S-methyl-5-thioadenosine phosphorylase activity / uridine phosphorylase activity / guanosine phosphorylase activity / purine-nucleoside phosphorylase ...Pyrimidine salvage / Pyrimidine catabolism / S-methyl-5'-thioinosine phosphorylase / purine nucleotide catabolic process / uridine catabolic process / inosine catabolic process / S-methyl-5-thioadenosine phosphorylase activity / uridine phosphorylase activity / guanosine phosphorylase activity / purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity / purine ribonucleoside salvage / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-IMH / PHOSPHATE ION / Purine nucleoside phosphorylase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Donaldson, T. / Zhan, C.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Structural determinants of the 5'-methylthioinosine specificity of Plasmodium purine nucleoside phosphorylase.
著者: Donaldson, T.M. / Ting, L.M. / Zhan, C. / Shi, W. / Zheng, R. / Almo, S.C. / Kim, K.
履歴
登録2009年1月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22014年3月5日Group: Database references
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02022年10月5日Group: Atomic model / Structure summary / カテゴリ: atom_site / chem_comp
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _chem_comp.pdbx_synonyms
改定 2.12023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uridine phosphorylase, putative
B: Uridine phosphorylase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,9418
ポリマ－61,0282
非ポリマー9126
水1,38777
1
A: Uridine phosphorylase, putative
B: Uridine phosphorylase, putative
ヘテロ分子

A: Uridine phosphorylase, putative
B: Uridine phosphorylase, putative
ヘテロ分子

A: Uridine phosphorylase, putative
B: Uridine phosphorylase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)185,82224
ポリマ－183,0856
非ポリマー2,73718
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area26210 Å2
ΔGint-166 kcal/mol
Surface area46230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)234.969, 234.969, 234.969
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number214
Space group name H-MI4132

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要素

#1: タンパク質 Uridine phosphorylase, putative


分子量: 30514.094 Da / 分子数: 2 / 変異: V66I,V73I,Y160F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 遺伝子: PFE0660c, PNP / プラスミド: ptrchis 2 topo / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP 10 / 参照: UniProt: Q8I3X4, uridine phosphorylase
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-IMH / 1,4-DIDEOXY-4-AZA-1-(S)-(9-DEAZAHYPOXANTHIN-9-YL)-D-RIBITOL / Forodesine / Immucillin H / インムシリンH


分子量: 266.253 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H14N4O4 / コメント: 阻害剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.23 %
結晶化温度: 292.15 K / pH: 7.5
詳細: 0.2 M Magnesium chloride, 0.1 M HEPES sodium pH 7.5, 30% v/v 2-Propanol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 27430 / 冗長度: 13.3 % / Biso Wilson estimate: 59.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.117
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 3.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.3.0034精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1NW4

1nw4


解像度: 2.8→35.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 7.086 / SU ML: 0.141 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.271 / ESU R Free: 0.217 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.202 1376 5 %RANDOM
Rwork0.165 ---
obs0.167 25982 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→35.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3559 0 58 77 3694
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0223673
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.51.9964969
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2575463
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.29224.507142
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.61115650
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9961518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2581
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022662
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1940.31571
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3180.52515
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1460.5304
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1810.348
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0970.57
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.94822360
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.71633732
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.54331452
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.92641237
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.875 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 108 -
Rwork0.255 1859 -
obs--99.85 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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