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- PDB-3foo: A Triangular Cytochrome b562 Superstructure Mediated by Ni Coordi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3foo
タイトルA Triangular Cytochrome b562 Superstructure Mediated by Ni Coordination - Monoclinic Form
要素Soluble cytochrome b562
キーワードELECTRON TRANSPORT / Four Helix Bundle / Heme / Iron / Metal-binding / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transport chain / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c/b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / NICKEL (II) ION / N-1,10-phenanthrolin-5-ylacetamide / Soluble cytochrome b562
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Radford, R.J. / Tezcan, F.A.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / : 2009
タイトル: A superprotein triangle driven by nickel(II) coordination: exploiting non-natural metal ligands in protein self-assembly
著者: Radford, R.J. / Tezcan, F.A.
履歴
登録2008年12月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Soluble cytochrome b562
B: Soluble cytochrome b562
C: Soluble cytochrome b562
D: Soluble cytochrome b562
E: Soluble cytochrome b562
F: Soluble cytochrome b562
G: Soluble cytochrome b562
H: Soluble cytochrome b562
I: Soluble cytochrome b562
J: Soluble cytochrome b562
K: Soluble cytochrome b562
L: Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,10960
ポリマ-138,45612
非ポリマー11,65448
2,144119
1
A: Soluble cytochrome b562
B: Soluble cytochrome b562
C: Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,52715
ポリマ-34,6143
非ポリマー2,91312
543
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Soluble cytochrome b562
E: Soluble cytochrome b562
F: Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,52715
ポリマ-34,6143
非ポリマー2,91312
543
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
G: Soluble cytochrome b562
H: Soluble cytochrome b562
I: Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,52715
ポリマ-34,6143
非ポリマー2,91312
543
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
J: Soluble cytochrome b562
K: Soluble cytochrome b562
L: Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,52715
ポリマ-34,6143
非ポリマー2,91312
543
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.339, 107.396, 102.051
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.52, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G
81H
91I
101J
111K
121L

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 1 - 106 / Label seq-ID: 1 - 106

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD
5EE
6FF
7GG
8HH
9II
10JJ
11KK
12LL

-
要素

#1: タンパク質
Soluble cytochrome b562 / Cytochrome b-562


分子量: 11537.963 Da / 分子数: 12 / 変異: K59C, R62A, H63A, K77H, R98C, Y101C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: cybC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ABE7
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / : C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-PXX / N-1,10-phenanthrolin-5-ylacetamide / N-(1,10-フェナントロリン-5-イル)アセトアミド


分子量: 237.257 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / : C14H11N3O
#4: 化合物...
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / : Ni
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 25% PEG2000, 0.2 M NaCl, 0.1 M TRIS, 3.3 mM NiCl2, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.97607 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月4日
詳細: Vertical focusing mirror; single crystal Si(311) bent monochromator (horizontal focusing)
放射モノクロメーター: Side-scattering cuberoot I-beam bent single crystal; asymmetric cut 12.2 degs.
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97607 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→98.533 Å / Num. all: 56311 / Num. obs: 55485 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rsym value: 0.096 / Net I/σ(I): 6.464
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.552 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. measured all: 21402 / Num. unique all: 8079 / Rsym value: 0.552 / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.2.25データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
精密化開始モデル: PDB entry 2QLA
解像度: 2.4→98.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.817 / SU B: 18.152 / SU ML: 0.238 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.562 / ESU R Free: 0.303 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.268 3980 7.2 %RANDOM
Rwork0.209 ---
all0.213 57214 --
obs0.213 55103 96.31 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 76.47 Å2 / Biso mean: 41.455 Å2 / Biso min: 14.49 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1 Å20 Å20.11 Å2
2---0.15 Å20 Å2
3---0.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→98.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9648 0 756 119 10523
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.02210684
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2462.14614484
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.31732
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0651260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg43.2527.436468
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.263151800
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.4671524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.21524
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.028139
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1990.24830
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.0930.22
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2780.27207
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.3240.22
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.140.2229
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0180.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2230.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2150.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.371.56543
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0461.51
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.63210116
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.14235036
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.7144.54344
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / : 804 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1AMEDIUM POSITIONAL0.380.5
2BMEDIUM POSITIONAL0.380.5
3CMEDIUM POSITIONAL0.390.5
4DMEDIUM POSITIONAL0.420.5
5EMEDIUM POSITIONAL0.390.5
6FMEDIUM POSITIONAL0.330.5
7GMEDIUM POSITIONAL0.410.5
8HMEDIUM POSITIONAL0.40.5
9IMEDIUM POSITIONAL0.340.5
10JMEDIUM POSITIONAL0.370.5
11KMEDIUM POSITIONAL0.340.5
12LMEDIUM POSITIONAL0.370.5
1AMEDIUM THERMAL0.342
2BMEDIUM THERMAL0.42
3CMEDIUM THERMAL0.372
4DMEDIUM THERMAL0.372
5EMEDIUM THERMAL0.42
6FMEDIUM THERMAL0.412
7GMEDIUM THERMAL0.392
8HMEDIUM THERMAL0.362
9IMEDIUM THERMAL0.332
10JMEDIUM THERMAL0.42
11KMEDIUM THERMAL0.382
12LMEDIUM THERMAL0.412
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.332 271 -
Rwork0.271 3718 -
all-3989 -
obs--94.55 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
110.04822.2940.35511.46930.13861.96230.0707-0.23160.43070.0180.01730.1059-0.4738-0.1837-0.0879-0.05260.12540.0275-0.07670.0334-0.1671-35.36115.524-7.821
20.9061-0.14130.7717.7607-3.06544.6560.04120.062-0.0146-0.5264-0.2413-0.3330.08060.30190.2001-0.23730.0080.0445-0.1058-0.0147-0.2011-7.32.977-19.924
32.0653-2.6801-1.55394.39962.33624.76910.1427-0.1256-0.3092-0.1017-0.00810.38120.4989-0.5615-0.1347-0.0869-0.141-0.1439-0.06580.0824-0.0995-31.163-16.985-9.534
44.36843.61711.97464.18531.12362.1177-0.0775-0.27560.40390.1323-0.14690.3511-0.5055-0.47550.22440.01820.1808-0.0741-0.0807-0.0531-0.1531-21.49617.82215.04
53.6129-0.7946-3.16621.02741.42276.5818-0.0621-0.0472-0.27540.06830.01750.04350.4039-0.25520.0446-0.2002-0.0677-0.0456-0.10230.0793-0.1221-23.758-14.95816.027
61.7517-2.63381.53546.7566-2.09313.7193-0.07140.26940.11980.0077-0.0796-0.3657-0.11680.28050.1511-0.2834-0.04880.0312-0.0433-0.0171-0.17633.353-0.5353.995
73.9639-4.10781.44026.6689-1.05562.5636-0.00040.28690.2758-0.2044-0.1415-0.3396-0.32850.30360.142-0.1117-0.1372-0.0403-0.12420.0554-0.19877.79215.56731.284
86.4714-0.2272-4.89430.8159-0.02677.2519-0.28380.0429-0.36520.12790.0936-0.02120.92170.00950.19020.0133-0.0065-0.0621-0.2558-0.0161-0.14832.381-16.77533.202
94.27684.73451.5396.36251.36092.57280.0386-0.18080.33980.0772-0.14670.3242-0.0719-0.41010.108-0.24320.00870.03150.00640.0108-0.1697-20.5844.3243.336
1012.3161-0.94220.26480.90370.09622.2125-0.0702-0.06570.54760.03120.035-0.0666-0.32330.08490.0352-0.0792-0.0261-0.0283-0.2297-0.0083-0.208212.60318.58559.499
111.38791.5295-0.35156.6122-3.80684.21570.00910.1235-0.23320.0515-0.0644-0.50990.23240.39970.0554-0.22430.0953-0.0516-0.1104-0.0209-0.108919.39-13.46456.268
120.9964-1.4556-0.27355.22842.6944.5227-0.0079-0.1458-0.13710.09370.01920.33010.1752-0.2675-0.0113-0.2695-0.00060.0458-0.03660.0916-0.1437-9.242-3.87268.886
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 106
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 106
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 106
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 106
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 106
6X-RAY DIFFRACTION6F1 - 106
7X-RAY DIFFRACTION7G1 - 106
8X-RAY DIFFRACTION8H1 - 106
9X-RAY DIFFRACTION9I1 - 106
10X-RAY DIFFRACTION10J1 - 106
11X-RAY DIFFRACTION11K1 - 106
12X-RAY DIFFRACTION12L1 - 106

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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