PDB-3foo: A Triangular Cytochrome b562 Superstructure Mediated by Ni Coordi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3foo

タイトル

A Triangular Cytochrome b562 Superstructure Mediated by Ni Coordination - Monoclinic Form

要素

Soluble cytochrome b562

キーワード

ELECTRON TRANSPORT / Four Helix Bundle / Heme / Iron / Metal-binding / Transport

機能・相同性

機能・相同性情報

electron transport chain / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Radford, R.J. / Tezcan, F.A.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2009
タイトル: A superprotein triangle driven by nickel(II) coordination: exploiting non-natural metal ligands in protein self-assembly
著者: Radford, R.J. / Tezcan, F.A.

履歴

登録	2008年12月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年7月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id
改定 1.4	2024年12月25日	Group: Derived calculations / Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / struct_conn / struct_conn_type

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3foo.cif.gz	267.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3foo.ent.gz	220.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3foo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3foo_validation.pdf.gz	4.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3foo_full_validation.pdf.gz	4.2 MB	表示
XML形式データ	3foo_validation.xml.gz	61.6 KB	表示
CIF形式データ	3foo_validation.cif.gz	71.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/3foo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/3foo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3fopC 2qlaS 256b S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2bcm-d 2jkn-4 1ut2-1 1ut2-3 2w5p-d 2jkn-1 2jkn-5 2jkn-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (4) #165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (4) #184 - 2015年4月グルカゴン (Glucagon) 類似性 (4) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (4) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (4) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (4)

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「今月の分子」の関連する項目

#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (4)
#165 - 2013年9月
人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages)
類似性 (4)
#184 - 2015年4月
グルカゴン (Glucagon)
類似性 (4)
#199 - 2016年7月
モネリン (Monellin)
類似性 (4)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (4)
#255 - 2021年3月
シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA)
類似性 (4)

登録構造単位

A: Soluble cytochrome b562

B: Soluble cytochrome b562

C: Soluble cytochrome b562

D: Soluble cytochrome b562

E: Soluble cytochrome b562

F: Soluble cytochrome b562

G: Soluble cytochrome b562

H: Soluble cytochrome b562

I: Soluble cytochrome b562

J: Soluble cytochrome b562

K: Soluble cytochrome b562

L: Soluble cytochrome b562

ヘテロ分子

150 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Soluble cytochrome b562

B: Soluble cytochrome b562

C: Soluble cytochrome b562

ヘテロ分子

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2

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E: Soluble cytochrome b562

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ヘテロ分子

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3

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4

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ヘテロ分子

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単位格子

Length a, b, c (Å)	70.339, 107.396, 102.051
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 105.52, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
7	1	G
8	1	H
9	1	I
10	1	J
11	1	K
12	1	L

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 1 - 106 / Label seq-ID: 1 - 106

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C
4	D	D
5	E	E
6	F	F
7	G	G
8	H	H
9	I	I
10	J	J
11	K	K
12	L	L

#1: タンパク質	Soluble cytochrome b562 / Cytochrome b-562 分子量: 11537.963 Da / 分子数: 12 / 変異: K59C, R62A, H63A, K77H, R98C, Y101C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: cybC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ABE7
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-PXX / N-1,10-phenanthrolin-5-ylacetamide 分子量: 237.257 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₁N₃O
#4: 化合物	... ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.15 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 25% PEG2000, 0.2 M NaCl, 0.1 M TRIS, 3.3 mM NiCl2, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.97607 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月4日詳細: Vertical focusing mirror; single crystal Si(311) bent monochromator (horizontal focusing)
放射	モノクロメーター: Side-scattering cuberoot I-beam bent single crystal; asymmetric cut 12.2 degs. プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97607 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→98.533 Å / Num. all: 56311 / Num. obs: 55485 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.096 / R_sym value: 0.096 / Net I/σ(I): 6.464
反射シェル	解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.552 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. measured all: 21402 / Num. unique all: 8079 / R_sym value: 0.552 / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	3.2.25	データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
MOLREP		位相決定

精密化

開始モデル: PDB entry 2QLA

2qla

解像度: 2.4→98.53 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.93 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.893 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.817 / SU B: 18.152 / SU ML: 0.238 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.562 / ESU R Free: 0.303 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.268	3980	7.2 %	RANDOM
R_work	0.209	-	-	-
all	0.213	57214	-	-
obs	0.213	55103	96.31 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 76.47 Å² / B_iso mean: 41.455 Å² / B_iso min: 14.49 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.1 Å²	0 Å²	0.11 Å²
2-	-	-0.15 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→98.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9648	0	756	119	10523

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	10684
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.246	2.146	14484
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.317	3	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.06	5	1260
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	43.25	27.436	468
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.263	15	1800
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.467	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	1524
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	8139
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.199	0.2	4830
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.093	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.278	0.2	7207
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.324	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.14	0.2	229
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.018	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.223	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.215	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.37	1.5	6543
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.046	1.5	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.63	2	10116
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.142	3	5036
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.714	4.5	4344

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 804 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	MEDIUM POSITIONAL	0.38	0.5
2	B	MEDIUM POSITIONAL	0.38	0.5
3	C	MEDIUM POSITIONAL	0.39	0.5
4	D	MEDIUM POSITIONAL	0.42	0.5
5	E	MEDIUM POSITIONAL	0.39	0.5
6	F	MEDIUM POSITIONAL	0.33	0.5
7	G	MEDIUM POSITIONAL	0.41	0.5
8	H	MEDIUM POSITIONAL	0.4	0.5
9	I	MEDIUM POSITIONAL	0.34	0.5
10	J	MEDIUM POSITIONAL	0.37	0.5
11	K	MEDIUM POSITIONAL	0.34	0.5
12	L	MEDIUM POSITIONAL	0.37	0.5
1	A	MEDIUM THERMAL	0.34	2
2	B	MEDIUM THERMAL	0.4	2
3	C	MEDIUM THERMAL	0.37	2
4	D	MEDIUM THERMAL	0.37	2
5	E	MEDIUM THERMAL	0.4	2
6	F	MEDIUM THERMAL	0.41	2
7	G	MEDIUM THERMAL	0.39	2
8	H	MEDIUM THERMAL	0.36	2
9	I	MEDIUM THERMAL	0.33	2
10	J	MEDIUM THERMAL	0.4	2
11	K	MEDIUM THERMAL	0.38	2
12	L	MEDIUM THERMAL	0.41	2

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.332	271	-
R_work	0.271	3718	-
all	-	3989	-
obs	-	-	94.55 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	10.0482	2.294	0.3551	1.4693	0.1386	1.9623	0.0707	-0.2316	0.4307	0.018	0.0173	0.1059	-0.4738	-0.1837	-0.0879	-0.0526	0.1254	0.0275	-0.0767	0.0334	-0.1671	-35.361	15.524	-7.821
2	0.9061	-0.1413	0.771	7.7607	-3.0654	4.656	0.0412	0.062	-0.0146	-0.5264	-0.2413	-0.333	0.0806	0.3019	0.2001	-0.2373	0.008	0.0445	-0.1058	-0.0147	-0.2011	-7.3	2.977	-19.924
3	2.0653	-2.6801	-1.5539	4.3996	2.3362	4.7691	0.1427	-0.1256	-0.3092	-0.1017	-0.0081	0.3812	0.4989	-0.5615	-0.1347	-0.0869	-0.141	-0.1439	-0.0658	0.0824	-0.0995	-31.163	-16.985	-9.534
4	4.3684	3.6171	1.9746	4.1853	1.1236	2.1177	-0.0775	-0.2756	0.4039	0.1323	-0.1469	0.3511	-0.5055	-0.4755	0.2244	0.0182	0.1808	-0.0741	-0.0807	-0.0531	-0.1531	-21.496	17.822	15.04
5	3.6129	-0.7946	-3.1662	1.0274	1.4227	6.5818	-0.0621	-0.0472	-0.2754	0.0683	0.0175	0.0435	0.4039	-0.2552	0.0446	-0.2002	-0.0677	-0.0456	-0.1023	0.0793	-0.1221	-23.758	-14.958	16.027
6	1.7517	-2.6338	1.5354	6.7566	-2.0931	3.7193	-0.0714	0.2694	0.1198	0.0077	-0.0796	-0.3657	-0.1168	0.2805	0.1511	-0.2834	-0.0488	0.0312	-0.0433	-0.0171	-0.1763	3.353	-0.535	3.995
7	3.9639	-4.1078	1.4402	6.6689	-1.0556	2.5636	-0.0004	0.2869	0.2758	-0.2044	-0.1415	-0.3396	-0.3285	0.3036	0.142	-0.1117	-0.1372	-0.0403	-0.1242	0.0554	-0.1987	7.792	15.567	31.284
8	6.4714	-0.2272	-4.8943	0.8159	-0.0267	7.2519	-0.2838	0.0429	-0.3652	0.1279	0.0936	-0.0212	0.9217	0.0095	0.1902	0.0133	-0.0065	-0.0621	-0.2558	-0.0161	-0.1483	2.381	-16.775	33.202
9	4.2768	4.7345	1.539	6.3625	1.3609	2.5728	0.0386	-0.1808	0.3398	0.0772	-0.1467	0.3242	-0.0719	-0.4101	0.108	-0.2432	0.0087	0.0315	0.0064	0.0108	-0.1697	-20.584	4.32	43.336
10	12.3161	-0.9422	0.2648	0.9037	0.0962	2.2125	-0.0702	-0.0657	0.5476	0.0312	0.035	-0.0666	-0.3233	0.0849	0.0352	-0.0792	-0.0261	-0.0283	-0.2297	-0.0083	-0.2082	12.603	18.585	59.499
11	1.3879	1.5295	-0.3515	6.6122	-3.8068	4.2157	0.0091	0.1235	-0.2332	0.0515	-0.0644	-0.5099	0.2324	0.3997	0.0554	-0.2243	0.0953	-0.0516	-0.1104	-0.0209	-0.1089	19.39	-13.464	56.268
12	0.9964	-1.4556	-0.2735	5.2284	2.694	4.5227	-0.0079	-0.1458	-0.1371	0.0937	0.0192	0.3301	0.1752	-0.2675	-0.0113	-0.2695	-0.0006	0.0458	-0.0366	0.0916	-0.1437	-9.242	-3.872	68.886

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 106
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 106
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 106
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 106
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 106
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1 - 106
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	1 - 106
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	1 - 106
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	1 - 106
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	1 - 106
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	1 - 106
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	1 - 106

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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