PDB-3foc: Tryptophanyl-tRNA synthetase from Giardia lamblia

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3foc

タイトル

Tryptophanyl-tRNA synthetase from Giardia lamblia

要素

Tryptophanyl-tRNA synthetase

キーワード

LIGASE / STRUCTURAL GENOMICS / tryptophanyl-tRNA synthetase / giardiasis / Aminoacyl-tRNA synthetase / Medical Structural Genomics of Pathogenic Protozoa / MSGPP

機能・相同性

機能・相同性情報

tryptophan-tRNA ligase / tryptophan-tRNA ligase activity / tryptophanyl-tRNA aminoacylation / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.09 Å

データ登録者

Arakaki, T.L. / Merritt, E.A. / Medical Structural Genomics of Pathogenic Protozoa (MSGPP)

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2010
タイトル: The structure of tryptophanyl-tRNA synthetase from Giardia lamblia reveals divergence from eukaryotic homologs.
著者: Arakaki, T.L. / Carter, M. / Napuli, A.J. / Verlinde, C.L. / Fan, E. / Zucker, F. / Buckner, F.S. / Van Voorhis, W.C. / Hol, W.G. / Merritt, E.A.

履歴

登録	2008年12月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年1月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3foc.cif.gz	180.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3foc.ent.gz	142.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3foc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/3foc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/3foc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ip1S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1ecf-1 1ecg-1 1ecj-d 6czf-d 6nn8-2 6nn8-1 5yhv-d 4gl2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: Gint003032AAAThe TargetDB id provided by authors for this protein did not exist in the Target database at the time of deposition.

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Tryptophanyl-tRNA synthetase

B: Tryptophanyl-tRNA synthetase

ヘテロ分子

102 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Tryptophanyl-tRNA synthetase

B: Tryptophanyl-tRNA synthetase

ヘテロ分子

A: Tryptophanyl-tRNA synthetase

B: Tryptophanyl-tRNA synthetase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
203 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	106.714, 140.147, 90.352
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Tryptophanyl-tRNA synthetase 分子量: 50721.727 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Gint003032AAA, GiardiaDB GL50803_3032 由来: (組換発現) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし) 遺伝子: GL50803_3032 / プラスミド: AVA421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A8B8N3, tryptophan-tRNA ligase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 365 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	AUTHORS STATE THAT THERE IS A THREONINE AT POSITION 384 AS DETERMINED BY SEQUENCING. THIS CONFLICT ...AUTHORS STATE THAT THERE IS A THREONINE AT POSITION 384 AS DETERMINED BY SEQUENCING. THIS CONFLICT MAY BE DUE TO STRAIN VARIATION.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.06 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.2 詳細: 2.7 M (NH4)2SO4, 0.1 M Citric acid pH 5.2, 5mM DTT, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.97945 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月30日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97945 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 6.2 % / Av σ(I) over netI: 20.92 / 数: 200381 / R_merge(I) obs: 0.127 / Χ²: 0.99 / D res high: 2.8 Å / D res low: 40 Å / Num. obs: 32421 / % possible obs: 93.5

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
6.03	40	100	1	0.068	0.995	7
4.79	6.03	99.8	1	0.101	0.981	6.9
4.18	4.79	99.9	1	0.12	1.094	7.1
3.8	4.18	99.9	1	0.149	0.939	7.2
3.53	3.8	99.9	1	0.219	1.031	7.2
3.32	3.53	100	1	0.235	0.996	6.9
3.15	3.32	99.9	1	0.282	1	6.2
3.02	3.15	96.8	1	0.347	0.905	4.9
2.9	3.02	81.7	1	0.444	0.864	3.6
2.8	2.9	56.5	1	0.48	0.833	2.4

反射

解像度: 2.09→40 Å / Num. obs: 77780 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.089 / Χ²: 1.021 / Net I/σ(I): 20.921

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.09-2.18	5.1	0.61	6455	0.909	1	82
2.18-2.26	5.8	0.452	7334	0.988	1	92.6
2.26-2.37	6.3	0.393	7738	1.022	1	98.2
2.37-2.49	6.9	0.297	7903	1.048	1	99.7
2.49-2.65	7.3	0.228	7938	1.019	1	100
2.65-2.85	7.4	0.161	7944	0.951	1	100
2.85-3.14	7.5	0.12	7992	0.965	1	100
3.14-3.59	7.5	0.095	8018	1.041	1	100
3.59-4.52	7.4	0.078	8092	1.088	1	100
4.52-40	7.2	0.051	8366	1.113	1	99.9

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3.19 Å	38.91 Å
Translation	3.19 Å	38.91 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2IP1

2ip1

解像度: 2.09→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / WR_factor R_free: 0.252 / WR_factor R_work: 0.214 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.84 / SU B: 9.773 / SU ML: 0.114 / SU R Cruickshank DPI: 0.17 / SU R_free: 0.158 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.165 / ESU R Free: 0.154 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. U VALUES: RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.234	3910	5 %	RANDOM
R_work	0.199	-	-	-
obs	0.2	77712	96.71 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 90.49 Å² / B_iso mean: 28.296 Å² / B_iso min: 10.43 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.84 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.65 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.09→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6371	0	16	365	6752

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	6688
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4679
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.003	1.976	9069
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.788	3	11362
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.532	5	840
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.307	23	310
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.77	15	1157
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.34	15	52
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.061	0.2	990
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	7439
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1453
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.45	1.5	4067
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.069	1.5	1635
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.853	2	6578
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.171	3	2621
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.973	4.5	2471

LS精密化シェル

解像度: 2.09→2.15 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.274	240	-
R_work	0.284	4031	-
all	-	4271	-
obs	-	-	72.75 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.8366	0.28	3.1328	0.9817	-0.3213	1.3011	-0.1274	-0.0501	0.1469	-0.0469	0.1045	0.1225	-0.0403	-0.1044	0.0229	0.1777	0.0418	0.0388	0.2308	-0.0598	0.1548	7.7343	34.5254	73.0015
2	0.2567	-0.1401	-0.1579	2.0397	-0.2124	0.8119	-0.0281	0.0393	-0.0151	-0.033	0.0342	0.0307	0.1715	-0.128	-0.0061	0.1786	-0.0201	0.0031	0.2063	-0.009	0.1926	22.6501	14.8186	71.3697
3	6.503	-1.75	-0.7983	4.5945	-0.2956	4.7194	-0.0558	0.4311	0.225	-0.3354	0.1287	0.5239	0.1507	-1.1931	-0.0729	0.1353	-0.1124	-0.0556	0.3856	0.056	0.0941	12.4352	33.093	45.1878
4	1.54	-1.0407	0.0619	2.8475	-1.6628	2.3619	-0.0155	0.0676	0.2392	-0.0665	0.0801	-0.1964	-0.0708	-0.2605	-0.0646	0.1388	-0.0532	0.0355	0.2132	-0.0004	0.2109	24.6425	32.7177	55.5344
5	6.6109	-1.5181	2.1186	1.4876	-0.3395	0.8606	-0.1848	0.114	0.183	-0.0412	0.1027	-0.0571	-0.2045	0.1919	0.0822	0.1811	-0.059	0.0353	0.2372	0.037	0.1631	-4.006	35.575	63.3184
6	0.8174	0.1797	0.1857	1.3794	0.8685	2.0626	-0.0257	-0.0432	0.1337	-0.0066	0.1153	0.018	0.0236	0.0977	-0.0896	0.1213	0.0012	-0.0087	0.2004	0.006	0.2308	-18.3483	31.384	68.3216
7	0.2265	0.2793	-0.1359	1.7461	-0.0049	1.1275	-0.0337	0.0145	-0.025	-0.0564	0.0276	-0.1438	0.2386	0.093	0.0061	0.1836	-0.0081	-0.0104	0.1917	0.0086	0.1886	-20.837	14.6065	66.1148
8	1.6642	0.8442	0.0918	2.1611	1.1052	2.4272	0.002	-0.0835	0.1117	0.1344	0.2222	-0.28	-0.0329	0.5059	-0.2241	0.1038	0.0239	0.0149	0.2388	-0.0771	0.2153	-14.1504	36.3839	86.0619

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 35
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	36 - 303
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	304 - 356
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	357 - 429
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	3 - 39
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	40 - 103
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	104 - 300
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	301 - 429

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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