PDB-3fo2: Crystal structure of hapten complex of catalytic elimination anti...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3fo2

タイトル

Crystal structure of hapten complex of catalytic elimination antibody 13G5 (Glu(L39)Gln mutant)

要素

Catalytic antibody Fab 13G5 IgG2b heavy chain chimera
Catalytic antibody Fab 13G5 kappa light chain chimera

キーワード

IMMUNE SYSTEM (免疫系) /

IMMUNOGLOBULIN (抗体) /

CATALYTIC ANTIBODY (抗体酵素) / CHIMERIC FAB /

HAPTEN COMPLEX (ハプテン) /

ACID BASE CATALYSIS / PROTON TRANSFER /

Immunoglobulin domain (免疫グロブリンフォールド)

機能・相同性

抗体 /

Immunoglobulin-like /

サンドイッチ / Mainly Beta / Chem-BZH

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.18 Å

データ登録者

Debler, E.W. / Wilson, I.A.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: An aspartate and a water molecule mediate efficient acid-base catalysis in a tailored antibody pocket.
著者: Debler, E.W. / Muller, R. / Hilvert, D. / Wilson, I.A.

履歴

登録	2008年12月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年11月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年9月6日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3fo2.cif.gz	176.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3fo2.ent.gz	139.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3fo2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/3fo2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/3fo2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3fo0C 3fo1C 2gjzS 2gk0 C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3fo1-d 5jw5-d 5mp6-d 4aof-d 3ixt-d 6azx-d 4fa6-d 6xwl-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: Catalytic antibody Fab 13G5 kappa light chain chimera

H: Catalytic antibody Fab 13G5 IgG2b heavy chain chimera

A: Catalytic antibody Fab 13G5 kappa light chain chimera

B: Catalytic antibody Fab 13G5 IgG2b heavy chain chimera

ヘテロ分子

97.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.116, 86.220, 113.643
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	L
2	1	A
1	2	L
2	2	A
1	3	H
2	3	B
1	4	H
2	4	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	6	L	1 - 107
2	1	1	6	A	1 - 107
1	1	2	6	L	108 - 211
2	1	2	6	A	108 - 211
1	1	3	6	H	1 - 113
2	1	3	6	B	1 - 113
1	1	4	6	H	114 - 227
2	1	4	6	B	114 - 227

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

#1: 抗体	Catalytic antibody Fab 13G5 kappa light chain chimera 分子量: 24001.811 Da / 分子数: 2 / 変異: E39Q / 由来タイプ: 組換発現詳細: The variable domain (residues 1-107) is from murine source and the constant domain (residues 108-214) is from human source 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / プラスミド: p4xH-M13 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOPP2
#2: 抗体	Catalytic antibody Fab 13G5 IgG2b heavy chain chimera 分子量: 24296.205 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: The variable domain (residues 1-113) is from murine source and the constant domain (residues 114-235) is from human source 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / プラスミド: p4xH-M13 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOPP2
#3: 化合物	ChemComp-BZH / 5-[(2-AMINO-1H-BENZIMIDAZOL-6-YL)AMINO]-5-OXOPENTANOIC ACID 分子量: 262.265 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₄N₄O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE SEQUENCES OF THE FAB COMPLEXES ARE NOT AVAILABLE IN ANY SEQUENCE DATABASES.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.62 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 25% PEG 3350, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月11日 / 詳細: ADJUSTABLE FOCUSING MIRRORS IN K-B GEOMETRY
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL CRYO-COOLED Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.18→50 Å / Num. obs: 39309 / % possible obs: 91.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.2 % / R_sym value: 0.093 / Net I/σ(I): 15.9
反射シェル	解像度: 2.18→2.25 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / R_sym value: 0.613 / % possible all: 87.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345	CCD	データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2GJZ

2gjz

解像度: 2.18→31.27 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / SU B: 14.166 / SU ML: 0.184 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.366 / ESU R Free: 0.248 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25583	1994	5 %	RANDOM
R_work	0.2014	-	-	-
obs	0.20404	37589	91.89 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.444 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.03 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.14 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.18→31.27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6538	0	38	162	6738

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	6746
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.008	0.02	4472
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.527	1.961	9192
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.867	3.004	10948
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.84	5	854
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.324	24.766	256
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.063	15	1068
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.337	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	1032
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	7476
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1282
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.192	0.2	1063
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.204	0.2	4314
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	3153
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.092	0.2	3779
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.141	0.2	249
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.24	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.222	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.283	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.461	1.5	5381
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.157	1.5	1736
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.249	2	6932
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.694	3	2971
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.486	4.5	2260
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	1469	loose positional	0.24	5
2	A	1359	loose positional	0.35	5
3	A	1538	loose positional	0.18	5
4	A	1128	loose positional	0.23	5
1	H	1469	loose thermal	1	10
2	B	1359	loose thermal	1.05	10
3	H	1538	loose thermal	0.82	10
4	B	1128	loose thermal	0.93	10

LS精密化シェル

解像度: 2.18→2.24 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.322	127	-
R_work	0.26	2392	-
obs	-	-	80.58 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4933	-0.7076	-0.0798	3.3984	1.0071	1.7625	0.0119	-0.0569	-0.0336	0.0765	-0.0968	0.032	0.0354	0.0309	0.0849	-0.2892	0.0021	0.0056	-0.1995	0.0047	-0.2313	-32.2295	-7.5074	37.0396
2	2.1187	-0.632	-0.1854	2.2174	-0.5169	8.16	0.2054	0.3054	-0.0327	-0.4174	-0.0681	-0.2058	0.0772	0.753	-0.1374	-0.2084	0.0352	0.0174	-0.1645	-0.0249	-0.1585	-17.1385	-26.6042	8.1054
3	2.4849	-0.4828	-2.0563	1.2986	-0.1285	3.8656	0.0068	0.0053	0.1376	-0.1851	0.0306	0.1136	-0.0505	0.0797	-0.0373	-0.2384	-0.0096	-0.0341	-0.2819	-0.0219	-0.2137	-39.7625	4.5364	20.7608
4	2.6963	1.0244	-1.2285	7.3183	-1.2503	2.3017	-0.0468	0.0515	-0.3195	-0.3383	0.0463	0.5248	0.1621	-0.1259	0.0005	-0.1323	0.036	-0.0797	-0.147	-0.042	-0.1736	-31.8509	-19.578	3.8921
5	2.0781	-0.8691	-0.7274	3.505	-0.1135	2.6792	0.12	0.0488	0.1475	-0.042	-0.1204	-0.0764	-0.2622	-0.195	0.0004	-0.2314	0.0023	0.0033	-0.2175	-0.0137	-0.236	-9.1401	11.3503	37.0343
6	1.7755	-0.1238	-0.6835	1.7932	0.5922	8.7897	0.0331	0.2814	0.1458	-0.2802	-0.0111	0.2033	0.0387	-0.6221	-0.022	-0.1942	0.0037	-0.0149	-0.1274	0.0438	-0.1045	-24.0228	29.7568	7.6378
7	2.148	-0.264	1.8261	1.3373	0.288	3.7719	-0.0007	0.081	-0.0647	-0.1291	0.0071	-0.155	0.0723	-0.075	-0.0063	-0.2158	-0.0213	0.0589	-0.2513	0.017	-0.2163	-1.4248	-0.8467	20.9329
8	2.5533	1.9087	0.8607	8.1162	0.705	1.3282	-0.0342	-0.0691	0.257	-0.2635	-0.067	-0.492	-0.0087	0.168	0.1012	-0.12	0.026	0.0616	-0.112	0.0564	-0.1822	-9.0207	23.1954	3.8464

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	L	1 - 107
2	X-RAY DIFFRACTION	2	L	108 - 211
3	X-RAY DIFFRACTION	3	H	1 - 113
4	X-RAY DIFFRACTION	4	H	114 - 221
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	1 - 107
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	108 - 211
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	1 - 113
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	114 - 221

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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