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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3fnn | ||||||
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タイトル | Biochemical and structural analysis of an atypical ThyX: Corynebacterium glutamicum NCHU 87078 depends on ThyA for thymidine biosynthesis | ||||||
![]() | Thymidylate synthase thyX | ||||||
![]() | TRANSFERASE / ThyX / thymidylate synthase / FAD / Flavoprotein / Methyltransferase / Nucleotide biosynthesis | ||||||
機能・相同性 | ![]() thymidylate synthase (FAD) / thymidylate synthase (FAD) activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / flavin adenine dinucleotide binding / methylation 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wang, W.-C. / Liu, J.-S. / Chang, C.-M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Biochemical and structural analysis of an atypical ThyX: Corynebacterium glutamicum NCHU 87078 depends on ThyA for thymidine biosynthesis 著者: Wang, W.-C. / Liu, J.-S. / Chang, C.-M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 62.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 43.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 759.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 766.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2af6S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine code: 1 / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28928.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: 87078 / プラスミド: PQE30 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-FAD / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.02 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 123 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 13929 / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.045 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.492 / Mean I/σ(I) obs: 3.61 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2AF6 解像度: 2.3→27.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 6.614 / SU ML: 0.164 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.308 / ESU R Free: 0.232 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 47.685 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→27.43 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 244 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rms dev position: 0 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
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