PDB-3fnm: Crystal structure of acivicin-inhibited gamma-glutamyltranspeptid...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3fnm

タイトル

Crystal structure of acivicin-inhibited gamma-glutamyltranspeptidase reveals critical roles for its C-terminus in autoprocessing and catalysis

要素

Gamma-glutamyltranspeptidase (Ggt) Large subunit
Gamma-glutamyltranspeptidase (Ggt) Small subunit

キーワード

TRANSFERASE / NTN-HYDROLASE / GLUTAMYLTRANSPEPTIDASE

機能・相同性

機能・相同性情報

gamma-glutamyl-peptidase activity / gamma-glutamyltransferase / glutathione gamma-glutamate hydrolase / glutathione gamma-glutamate hydrolase / : / glutathione catabolic process / negative regulation of cell cycle G1/S phase transition / glutathione biosynthetic process / negative regulation of T cell proliferation / positive regulation of interleukin-8 production
類似検索 - 分子機能

生物種

Helicobacter pylori (ピロリ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Williams, K. / Cullati, S. / Sand, A. / Biterova, E.I. / Barycki, J.J.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Crystal Structure of Acivicin-Inhibited gamma-Glutamyltranspeptidase Reveals Critical Roles for Its C-Terminus in Autoprocessing and Catalysis.
著者: Williams, K. / Cullati, S. / Sand, A. / Biterova, E.I. / Barycki, J.J.

履歴

登録	2008年12月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年5月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2012年5月9日	Group: Other
改定 1.3	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2024年11月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3fnm.cif.gz	223.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3fnm.ent.gz	177.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3fnm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fn/3fnm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fn/3fnm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2nqo 2qmg
類似構造データ	2z8k-1 5bpk-1 2z8i-2 5veu-5 2e0x-1 2e0y-2 2e0x-2 2z8i-1 2nqo-3 7kvj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (1) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Gamma-glutamyltranspeptidase (Ggt) Large subunit

B: Gamma-glutamyltranspeptidase (Ggt) Small subunit

C: Gamma-glutamyltranspeptidase (Ggt) Large subunit

D: Gamma-glutamyltranspeptidase (Ggt) Small subunit

ヘテロ分子

122 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Gamma-glutamyltranspeptidase (Ggt) Large subunit

B: Gamma-glutamyltranspeptidase (Ggt) Small subunit

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
61.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Gamma-glutamyltranspeptidase (Ggt) Large subunit

D: Gamma-glutamyltranspeptidase (Ggt) Small subunit

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
61.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.711, 105.376, 91.927
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.69, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

The enzyme is a heterotetramer generated by the autocatalytic cleavage of the proenzyme.

#1: タンパク質	Gamma-glutamyltranspeptidase (Ggt) Large subunit 分子量: 40577.379 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 25-379 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 遺伝子: HP_1118 / プラスミド: PET28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA2 / 参照: UniProt: O25743, gamma-glutamyltransferase
#2: タンパク質	Gamma-glutamyltranspeptidase (Ggt) Small subunit 分子量: 20410.186 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 380-567 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 遺伝子: HP_1118 / プラスミド: PET28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA2 / 参照: UniProt: O25743, gamma-glutamyltransferase
#3: 化合物	ChemComp-AVN / (2S)-AMINO[(5S)-3-CHLORO-4,5-DIHYDROISOXAZOL-5-YL]ACETIC ACID / ACIVICIN タイプ: L-peptide linking / 分子量: 178.574 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₇ClN₂O₃ / コメント: 阻害剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 534 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.36 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 200 MM HEPES, 25% PEG MME2000, 5 MG/ML PROTEIN, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 110177 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 23.306
反射シェル	解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.641 / % possible all: 95.1

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	26.47 Å
Translation	2.5 Å	26.47 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
SOLOMON		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→29.2 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 4.588 / SU ML: 0.077 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.116 / ESU R Free: 0.111 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21087	10906	9.9 %	RANDOM
R_work	0.17789	-	-	-
obs	0.18116	99222	96.43 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.176 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.69 Å²	0 Å²	1.11 Å²
2-	-	-1.35 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.73 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→29.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8086	0	20	534	8640

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	8310
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.5	1.971	11236
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.339	5	1074
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.691	25.285	333
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.591	15	1449
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.767	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	1256
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	6214
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.201	0.2	4181
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.305	0.2	5811
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.115	0.2	595
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.165	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.167	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.794	1.5	5453
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.162	2	8522
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.066	3	3228
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.051	4.5	2714
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.278	720	-
R_work	0.236	7106	-
obs	-	-	93.53 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1878	-0.1282	0.5036	1.2153	-0.3361	1.5811	0.0364	0.0309	-0.2859	-0.1485	0.0976	0.0871	0.2896	-0.2733	-0.134	0.0062	-0.0667	-0.055	0.1654	-0.0353	-0.0034	35.283	-14.881	30.949
2	0.7225	-0.5865	-0.0306	1.3828	0.2835	1.8699	-0.0461	-0.0675	-0.0837	-0.0443	0.1494	-0.1951	0.0991	0.23	-0.1034	-0.006	-0.0167	-0.0404	0.1746	-0.0417	0.0199	50.421	-12.993	39.623
3	0.5417	-0.1581	0.0422	0.8262	-0.2766	1.2302	-0.0524	-0.0522	-0.0707	0.072	0.0988	-0.0085	-0.0531	-0.0301	-0.0465	-0.0106	-0.0151	-0.0598	0.1643	-0.0231	-0.0599	42.274	-3.939	39.555
4	2.0723	1.5822	-1.1287	3.6179	0.5146	4.9675	-0.0674	0.0317	0.3312	-0.0769	0.0155	0.2937	-0.8891	-0.4993	0.0519	0.2722	0.0361	-0.1047	0.1936	-0.041	0.0237	39.875	24.402	37.586
5	0.2313	-0.4527	-0.147	0.9593	-0.0795	1.9351	0.0009	-0.1443	-0.1358	0.0233	0.0918	-0.0971	0.0407	0.0185	-0.0928	0.0122	-0.0177	-0.0385	0.1871	-0.0416	0.0316	45.013	-9.443	38.072
6	0.6152	0.0299	0.083	0.7511	-0.4767	1.3336	-0.0595	0.0491	-0.0257	0.0284	0.0832	-0.0011	-0.204	-0.0956	-0.0238	0.0606	-0.0185	-0.0443	0.1824	-0.0284	-0.0442	40.415	6.275	29.581
7	1.6366	2.5958	-0.2108	4.8881	1.9018	6.5144	-0.2331	0.9392	-0.1691	-0.1871	0.4874	0.2283	0.157	-0.2946	-0.2544	0.1948	-0.009	-0.0648	0.1799	-0.0069	0.1584	32.585	-6.367	20.657
8	1.0935	0.2971	-0.2787	1.336	-0.1548	1.4676	-0.0437	0.0631	-0.1666	-0.1501	0.0104	-0.0281	0.1088	0.1327	0.0333	0.0256	0.0158	-0.0274	0.1346	0.0082	0.0068	40.646	-8.601	-14.89
9	1.3692	0.5937	-0.6592	2.2398	-0.5201	2.3834	-0.0994	0.1319	-0.0891	-0.197	0.1148	0.2201	0.2866	-0.2479	-0.0154	0.0078	-0.0403	-0.0735	0.0973	-0.0083	0.0135	26.093	-15.157	-14.914
10	0.632	0.0417	-0.1457	1.0356	0.208	0.9137	0.0025	-0.0071	0.0715	-0.1697	0.0713	-0.151	-0.2326	0.209	-0.0737	0.0281	-0.0443	-0.0265	0.1611	0.0113	-0.0326	47.771	15.336	-11.232
11	17.4662	7.6837	8.2747	8.0942	-13.1145	63.4707	-0.7914	0.5271	0.6178	-0.9442	0.0523	0.2635	2.6617	-1.2779	0.739	0.2579	-0.0021	-0.0004	0.2588	0.005	0.2607	47.325	24.583	-26.389
12	0.8068	0.3033	-0.3066	1.2045	-0.0864	1.1028	-0.0294	0.0521	-0.0572	-0.174	0.0333	0.0204	-0.068	0.0075	-0.0039	0.0306	0.0075	-0.0513	0.1306	0.0087	-0.0262	36.688	-0.173	-16.068
13	0.9681	-0.2016	-0.1507	1.4189	0.3115	0.8247	-0.0142	-0.1007	-0.0379	0.0892	0.0444	-0.0492	-0.0814	0.1513	-0.0302	0.0186	-0.0098	-0.0521	0.195	0.0222	-0.031	43.204	9.289	1.477
14	9.6917	-4.7338	-0.0253	2.9537	-0.3962	3.1739	-0.2354	-0.6927	-0.2617	0.066	0.2634	-0.0926	0.1565	0.2861	-0.028	0.0452	-0.0044	-0.0434	0.1908	0.0842	0.1567	46.97	-4.87	2.937

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	31 - 104
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	105 - 188
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	189 - 354
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	355 - 372
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	381 - 428
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	429 - 548
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	549 - 567
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	32 - 162
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	163 - 256
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	257 - 372
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	373 - 379
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	381 - 458
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	459 - 551
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	552 - 567

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)