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- PDB-3fna: Crystal structure of the CBS pair of possible D-arabinose 5-phosp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fna
タイトルCrystal structure of the CBS pair of possible D-arabinose 5-phosphate isomerase yrbH from Escherichia coli CFT073
要素Possible arabinose 5-phosphate isomerase
キーワードISOMERASE / CBS pair / structural genomics / D-arabinose 5-phosphate isomerase / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / CBS domain / Lipopolysaccharide biosynthesis
機能・相同性CBS-domain / CBS-domain / Roll / Alpha Beta / ADENOSINE MONOPHOSPHATE
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Cuff, M.E. / Bigelow, L. / Buck, K. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: The CBS Pair of possible D-arabinose 5-phosphate isomerase yrbH from Escherichia coli CFT073
著者: Cuff, M.E. / Bigelow, L. / Buck, K. / Joachimiak, A.
履歴
登録2008年12月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Possible arabinose 5-phosphate isomerase
B: Possible arabinose 5-phosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2014
ポリマ－33,5062
非ポリマー6942
水1,18966
1
A: Possible arabinose 5-phosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1002
ポリマ－16,7531
非ポリマー3471
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Possible arabinose 5-phosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1002
ポリマ－16,7531
非ポリマー3471
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
A: Possible arabinose 5-phosphate isomerase
ヘテロ分子

B: Possible arabinose 5-phosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2014
ポリマ－33,5062
非ポリマー6942
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_455x-1/2,-y+1/2,-z1
Buried area2000 Å2
ΔGint-13.9 kcal/mol
Surface area11950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.109, 108.458, 104.849
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN.

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要素

#1: タンパク質 Possible arabinose 5-phosphate isomerase


分子量: 16753.100 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 187-332 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: CFT073 / 遺伝子: c3957 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT ...THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT THE TIME OF DEPOSITION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.14 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: 0.1M CHES pH 9.5, 20% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97937, 0.97923
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月13日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979371
20.979231
Reflection冗長度: 9.6 % / Av σ(I) over netI: 45.14 / 数: 180513 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Χ2: 2.69 / D res high: 2.03 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 18777 / % possible obs: 99.2
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.515091.910.10314.0338.5
4.375.519810.0768.179.2
3.824.3798.510.0695.7439.4
3.473.8299.210.0865.1169.5
3.223.4799.510.0833.5689.6
3.033.2299.710.0942.869.7
2.883.0399.810.1082.3569.8
2.762.8899.810.1251.9579.8
2.652.7699.910.1321.6789.8
2.562.6599.910.1491.389.9
2.482.5699.910.1721.059.8
2.412.4810010.1930.9669.8
2.342.4110010.2020.9449.9
2.292.3410010.2480.9229.8
2.232.2910010.2610.9059.8
2.192.2310010.3210.8429.8
2.142.1910010.3720.739.8
2.12.1410010.4490.769.7
2.072.199.910.5340.6799.4
2.032.0799.810.5870.7039.3
反射解像度: 2.03→50 Å / Num. all: 18777 / Num. obs: 18777 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 45.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Χ2: 2.688 / Net I/σ(I): 45.14
反射 シェル解像度: 2.03→2.07 Å / 冗長度: 9.3 % / Rmerge(I) obs: 0.587 / Num. unique all: 946 / Χ2: 0.703 / % possible all: 99.8

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing MADD res high: 2.03 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0.424 / FOM acentric: 0.441 / FOM centric: 0.285 / 反射: 18727 / Reflection acentric: 16730 / Reflection centric: 1997
Phasing MAD set

最高解像度: 2.03 Å / 最低解像度: 50 Å

IDR cullis acentricR cullis centricLoc acentricLoc centricPower acentricPower centricReflection acentricReflection centric
11.6210.30.300167301997
20.850.7811.416.40.840.77131281660
Phasing MAD set shell
ID解像度 (Å)R cullis acentricR cullis centricLoc acentricLoc centricPower acentricPower centricReflection acentricReflection centric
112.65-501.1711.30.9004532
17.24-12.651.1511.50.90024291
15.07-7.241.9311.40.800665151
13.9-5.071.0410.80.7001242215
13.17-3.91.2910.50.4002022276
12.67-3.172.0710.30.1002984359
12.31-2.673.4810.20004107397
12.03-2.319.8210.10005423476
212.65-500.920.6924.732.61.971.614532
27.24-12.650.70.7422.727.81.971.424186
25.07-7.240.650.6617.522.11.841.27665150
23.9-5.070.770.6617.521.61.210.951241213
23.17-3.90.850.7814.418.70.880.72019269
22.67-3.170.890.881013.50.70.52978353
22.31-2.670.960.988.410.90.420.274097394
22.03-2.310.990.988.711.60.250.181842163
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Se39.83596-0.225-0.126-0.0610
2Se42.47618-0.547-0.235-0.1020
3Se41.90104-0.513-0.129-0.0640
4Se57.7012-0.475-0.0920.0190
5Se42.06295-0.626-0.144-0.1530
6Se55.33124-0.585-0.283-0.0820
7Se42.52646-0.686-0.339-0.0480
8Se43.8018-0.651-0.057-0.080
9Se70.44505-0.498-0.033-0.1030
10Se56.92918-0.094-0.067-0.1120
11Se68.30847-0.119-0.161-0.0460
12Se47.27854-0.115-0.0630.0040
13Se58.82204-0.267-0.168-0.140
14Se46.7346-0.578-0.177-0.0450
15Se73.0979-0.65-0.297-0.0750
16Se67.17161-0.252-0.038-0.1170
17Se55.03701-0.623-0.164-0.0430
18Se63.19827-0.298-0.056-0.1460
19Se51.54322-0.449-0.021-0.0720
20Se44.18999-0.225-0.126-0.061-0.172
21Se47.73014-0.548-0.236-0.101-0.146
22Se46.87647-0.514-0.129-0.064-0.123
23Se65.73748-0.474-0.0920.019-0.107
24Se46.4326-0.627-0.143-0.154-0.098
25Se66.8315-0.585-0.283-0.082-0.152
26Se48.33464-0.685-0.339-0.047-0.135
27Se47.53928-0.651-0.059-0.08-0.126
28Se74.57764-0.497-0.033-0.103-0.095
29Se63.95687-0.092-0.067-0.112-0.135
30Se68.37031-0.12-0.161-0.047-0.096
31Se53.05678-0.115-0.0630.004-0.091
32Se61.79441-0.268-0.168-0.14-0.1
33Se66.63028-0.579-0.177-0.045-0.109
34Se71.60002-0.65-0.298-0.074-0.125
35Se66.88232-0.252-0.038-0.119-0.076
36Se70.19363-0.623-0.164-0.043-0.051
37Se89.027-0.298-0.054-0.145-0.065
38Se62.11614-0.451-0.021-0.073-0.037
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
12.65-500.6640.7480.546774532
7.24-12.650.6940.7710.48833324291
5.07-7.240.7760.8180.59816665151
3.9-5.070.7110.7390.54614571242215
3.17-3.90.6510.680.44522982022276
2.67-3.170.5510.580.3133432984359
2.31-2.670.3680.3910.12845044107397
2.03-2.310.1680.180.03458995423476
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 18727
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
6.76-10058.50.775513
5.38-6.7639.40.915513
4.72-5.3835.70.939503
4.28-4.7237.30.937511
3.97-4.2841.20.928512
3.74-3.9739.20.934506
3.54-3.7438.30.94540
3.37-3.5439.90.937571
3.22-3.3743.80.914603
3.09-3.2244.70.922613
2.98-3.09480.917645
2.87-2.9845.50.902663
2.78-2.8748.90.892687
2.69-2.7846.30.907708
2.62-2.6946.80.903737
2.55-2.6257.10.871761
2.48-2.5555.60.861754
2.42-2.4859.60.856788
2.36-2.4262.50.868817
2.31-2.3663.60.876823
2.26-2.3163.70.867825
2.22-2.2665.40.862865
2.17-2.2272.30.844879
2.13-2.17740.839889
2.09-2.1374.60.851903
2.03-2.0978.50.7631598

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
直接法6位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
ARP/wARPモデル構築
CCP4位相決定
Oモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / WRfactor Rfree: 0.252 / WRfactor Rwork: 0.219 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.881 / SU B: 10.769 / SU ML: 0.134 / SU R Cruickshank DPI: 0.236 / SU Rfree: 0.188 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.231 / ESU R Free: 0.186
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. U VALUES: RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.243 863 5.1 %RANDOM
Rwork0.211 ---
all0.213 16930 --
obs0.213 16930 99.08 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 77.2 Å2 / Biso mean: 37.11 Å2 / Biso min: 20.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.22 Å20 Å20 Å2
2---0.15 Å20 Å2
3---2.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1860 0 36 66 1962
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0212017
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021351
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5622.0072736
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8743.0013279
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5975258
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.61822.56182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.35515379
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1251522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2333
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022213
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02384
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8171.51256
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1691.5518
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.53122038
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3633761
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7764.5698
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 59 -
Rwork0.24 1179 -
all-1238 -
obs--99.44 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.759-0.29730.05362.8728-0.30913.83370.1702-0.1363-0.1704-0.102-0.0849-0.12760.0464-0.1808-0.08540.0194-0.0127-0.01230.06880.0750.104621.13817.35085.717
23.58971.5160.20156.01580.33752.76140.2262-0.292-0.73560.0835-0.13-0.8126-0.14510.0688-0.09620.026-0.0084-0.030.11370.16110.371942.213216.5934.5023
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 146
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 146

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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