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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3fma | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the GYF domain of Smy2 in complex with a proline-rich peptide from BBP/ScSF1 | ||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN BINDING / GYF domain / poly-proline binding / proline-rich peptide / domain swap / PRS / RAGNYA | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pre-mRNA branch point binding / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / commitment complex / spliceosomal complex assembly / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / mRNA splicing, via spliceosome / mRNA binding / endoplasmic reticulum membrane / zinc ion binding / nucleus ...pre-mRNA branch point binding / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / commitment complex / spliceosomal complex assembly / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / mRNA splicing, via spliceosome / mRNA binding / endoplasmic reticulum membrane / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Ash, M.R. / Faelber, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: to be published タイトル: SMY2-type GYF domain recognition in mRNA surveillance complexes 著者: Ash, M.R. / Faelber, K. / Kosslick, D. / Albert, G. / Roske, Y. / Kofler, M. / Schuemann, M. / Krause, E. / Freund, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3fma.cif.gz | 94.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3fma.ent.gz | 79.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3fma.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3fma_validation.pdf.gz | 488.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3fma_full_validation.pdf.gz | 492.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3fma_validation.xml.gz | 15.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3fma_validation.cif.gz | 22.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fm/3fma ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fm/3fma | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine code: 4
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11296.908 Da / 分子数: 5 / 断片: GYF domain / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: SMY2 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: P32909 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 982.090 Da / 分子数: 5 / 断片: Proline-rich peptide / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Fmoc solid phase synthesis / 参照: UniProt: Q12186 #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.01 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 詳細: 1.2M (NH4)2SO4, 0.1M Bicine, pH 9.0, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.978522, 0.97875 | |||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月6日 | |||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.5→48.057 Å / Num. obs: 27942 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 15.1 % / Biso Wilson estimate: 64.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 17.8 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 10.5 % / Rmerge(I) obs: 0.878 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. measured all: 41869 / Num. unique all: 4003 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→48.057 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / WRfactor Rfree: 0.252 / WRfactor Rwork: 0.22 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.805 / SU B: 22.043 / SU ML: 0.205 / SU R Cruickshank DPI: 0.313 / SU Rfree: 0.235 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic with TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.313 / ESU R Free: 0.235 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS, U VALUES: RESIDUAL ONLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 48.84 Å2 / Biso mean: 30.558 Å2 / Biso min: 18.71 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→48.057 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 670 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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