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万見
- PDB-3fm7: Quaternary Structure of Drosophila melanogaster IC/Tctex-1/LC8; A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fm7
タイトルQuaternary Structure of Drosophila melanogaster IC/Tctex-1/LC8; Allosteric Interactions of Dynein Light Chains with Dynein Intermediate Chain
要素
  • Dynein intermediate chain, cytosolic
  • Dynein light chain 1, cytoplasmic
  • Dynein light chain Tctex-type
キーワードCONTRACTILE PROTEIN / Cytoplasmic Dynein / Light Chain Tctex-1 / Tctex / Light Chain 8 / LC8 / Intermediate Chain / IC / Dynein Cargo Attachment Complex / Dynein Light Chain / Quaternary Structure / Dynein / Microtubule / Motor protein / Lysosome / Membrane / Nucleus / WD repeat
機能・相同性
機能・相同性情報


cellularization / spermatid nucleus elongation / eye photoreceptor cell differentiation / positive regulation of neuron remodeling / chaeta morphogenesis / Macroautophagy / Aggrephagy / wing disc development / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / COPI-mediated anterograde transport ...cellularization / spermatid nucleus elongation / eye photoreceptor cell differentiation / positive regulation of neuron remodeling / chaeta morphogenesis / Macroautophagy / Aggrephagy / wing disc development / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / COPI-mediated anterograde transport / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / chaeta development / sperm individualization / transport along microtubule / imaginal disc-derived wing morphogenesis / microtubule anchoring at centrosome / transposable element silencing by piRNA-mediated heterochromatin formation / RNA polymerase II transcription repressor complex / dynein light chain binding / dynein heavy chain binding / Neutrophil degranulation / protein localization to kinetochore / dynein complex / axo-dendritic transport / retrograde axonal transport / dynein light intermediate chain binding / cytoplasmic dynein complex / centrosome localization / spindle organization / dynein intermediate chain binding / microtubule-based movement / oogenesis / spermatid development / establishment of mitotic spindle orientation / dynactin binding / actin filament bundle assembly / axon cytoplasm / centriole / determination of adult lifespan / microtubule cytoskeleton organization / transcription corepressor activity / disordered domain specific binding / mitotic cell cycle / spermatogenesis / molecular adaptor activity / nuclear membrane / microtubule / neuron projection / lysosomal membrane / protein homodimerization activity / protein-containing complex / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tctex-1 / Protein Inhibitor Of Neuronal Nitric Oxide Synthase / Protein Inhibitor Of Neuronal Nitric Oxide Synthase; / Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 1/2 / Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2 / Dynein light chain Tctex-1 like / Tctex-1-like superfamily / Tctex-1 family / Dynein light chain, type 1/2, conserved site / Dynein light chain type 1 signature. ...Tctex-1 / Protein Inhibitor Of Neuronal Nitric Oxide Synthase / Protein Inhibitor Of Neuronal Nitric Oxide Synthase; / Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 1/2 / Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2 / Dynein light chain Tctex-1 like / Tctex-1-like superfamily / Tctex-1 family / Dynein light chain, type 1/2, conserved site / Dynein light chain type 1 signature. / : / Dynein light chain, type 1/2 / Dynein light chain type 1 / Dynein light chain type 1 / Dynein light chain superfamily / Ribosomal protein S3 C-terminal domain / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Dynein light chain 1, cytoplasmic / Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain / Dynein light chain Tctex-type
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Hall, J.D. / Karplus, P.A. / Barbar, E.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Multivalency in the assembly of intrinsically disordered Dynein intermediate chain.
著者: Hall, J. / Karplus, P.A. / Barbar, E.
履歴
登録2008年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dynein light chain Tctex-type
B: Dynein light chain Tctex-type
C: Dynein intermediate chain, cytosolic
D: Dynein intermediate chain, cytosolic
E: Dynein light chain 1, cytoplasmic
F: Dynein light chain 1, cytoplasmic


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8696
ポリマ－51,8696
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12860 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area19880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.790, 115.790, 90.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number171
Space group name H-MP62

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要素

#1: タンパク質 Dynein light chain Tctex-type / TCTEX-1 protein homolog


分子量: 12491.021 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Dlc90F, Tctex, CG12363 / プラスミド: pET15(Da) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: Q94524
#2: タンパク質・ペプチド Dynein intermediate chain, cytosolic / DH IC / Cytoplasmic dynein intermediate chain / Protein short wing


分子量: 3054.404 Da / 分子数: 2 / Fragment: IC, Residues 109-135 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: sw, Cdic, Dic19B, CG18000 / プラスミド: pET15(Da) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: Q24246
#3: タンパク質 Dynein light chain 1, cytoplasmic / 8 kDa dynein light chain / Cut up protein


分子量: 10388.849 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: ctp, Cdlc1, ddlc1, CG6998 / プラスミド: pET15(Da) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: Q24117

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.44 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 16% PEG 8K, 100 mM sodium cacodylate, 200 mM calcium acetate, pH 6.5, Hanging Drop, temperature 277.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月20日
放射モノクロメーター: KOHZU: Double Crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→100 Å / Num. all: 8756 / Num. obs: 8745 / % possible obs: 98.84 % / Observed criterion σ(F): 8.2 / Observed criterion σ(I): 6.6 / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル解像度: 3.5→3.64 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.358 / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / Rsym value: 0.53 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: chains A and F in pdb structure 2PG1

2pg1


解像度: 3.5→100 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.877 / SU B: 63.772 / SU ML: 0.446 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.659 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2747 870 10 %RANDOM
Rwork0.16975 ---
obs0.18001 7873 99.39 %-
all-7884 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 94.445 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å2-0 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3436 0 0 0 3436
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d00.0223504
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.0471.9284750
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg12.1685425
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg43.53625.652161
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg25.72515612
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.513156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0010.2538
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined00.022612
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2250.21719
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.22355
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1380.2123
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2040.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1580.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it70.8381.52138
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it64.60323472
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it31366
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.51278
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.501→3.592 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.399 76 -
Rwork0.234 569 -
obs--98.93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.7734-0.118-1.27830.73820.26312.5320.0717-0.8954-0.12570.4253-0.14740.70060.22-0.22260.07570.3137-0.13560.36510.3587-0.0830.692-40.0423-30.4297-23.0169
24.36450.6101-0.62424.99111.05422.7671-0.1150.17560.3279-0.1344-0.02920.4617-0.3007-0.30910.14410.18470.0728-0.12380.24830.06980.2915-36.7222-25.85-40.2563
32.12786.88191.056723.99383.2970.68890.2367-0.21250.39410.5521-0.56180.8160.0131-0.01870.32510.2219-0.00640.03940.2148-0.01060.2597-33.7853-49.921-35.1236
41.3261.8021.0062.80791.22490.9245-0.2011-0.06760.93270.1711-0.28381.5426-0.1798-0.16150.48490.2187-0.03380.15620.196-0.11270.8677-53.1914-43.5205-35.0054
53.97520.2708-0.01982.73120.73572.840.0283-0.2797-0.12550.403-0.0871-0.08490.1628-0.06040.05880.3006-0.01590.09240.2203-0.02280.1825-48.7318-73.6662-29.6696
63.3699-0.0177-0.03932.43110.12173.14710.05630.57330.0889-0.41650.03710.1077-0.0951-0.1706-0.09340.2016-0.00010.05070.32-0.03030.1877-52.7204-71.2546-49.7982
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A9 - 111
2X-RAY DIFFRACTION2B8 - 111
3X-RAY DIFFRACTION3C109 - 135
4X-RAY DIFFRACTION4D109 - 135
5X-RAY DIFFRACTION5E5 - 89
6X-RAY DIFFRACTION6F5 - 89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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