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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3fll | ||||||
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タイトル | Crystal structure of E55Q mutant of nitrophorin 4 | ||||||
要素 | Nitrophorin-4 | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / beta barrel (Βバレル) / lipocalin / heme (ヘム) / mutant (ミュータント (人類)) / ammonia (アンモニア) / Iron (鉄) / Metal-binding / Secreted (分泌) / Vasoactive / Vasodilator | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nitrite dismutase / histamine binding / nitric oxide binding / vasodilation / oxidoreductase activity / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rhodnius prolixus (カメムシ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Montfort, W.R. / Weichsel, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2009 タイトル: Effect of mutation of carboxyl side-chain amino acids near the heme on the midpoint potentials and ligand binding constants of nitrophorin 2 and its NO, histamine, and imidazole complexes. 著者: Berry, R.E. / Shokhirev, M.N. / Ho, A.Y. / Yang, F. / Shokhireva, T.K. / Zhang, H. / Weichsel, A. / Montfort, W.R. / Walker, F.A. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001 タイトル: Ligand-induced heme ruffling and bent NO geometry in ultra-high-resolution structures of nitrophorin 4 著者: Roberts, S.A. / Weichsel, A. / Qiu, Y. / Shelnutt, J.A. / Walker, F.A. / Montfort, W.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3fll.cif.gz | 58.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3fll.ent.gz | 41.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3fll.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fl/3fll ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fl/3fll | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1d2uS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20291.678 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 22-205 / 変異: E55Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodnius prolixus (カメムシ) / プラスミド: pET17B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q94734 |
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#3: 化合物 | ChemComp-NH3 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.42 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: ammonium phosphate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.751 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月24日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si(311) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.751 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→30.6 Å / Num. obs: 23089 / % possible obs: 95.58 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.17 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 10.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 3.15 % / Rmerge(I) obs: 0.295 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 2527 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 1D2U 解像度: 1.5→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 1.353 / SU ML: 0.052 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.086 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 10.663 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
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