PDB-3fla: RifR - Type II thioesterase from Rifamycin NRPS/PKS biosynthetic ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3fla

タイトル

RifR - Type II thioesterase from Rifamycin NRPS/PKS biosynthetic pathway - Form 1

要素

RifR

キーワード

HYDROLASE / alpha-beta hydrolase thioesterase

機能・相同性

機能・相同性情報

biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Amycolatopsis mediterranei (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Smith, J.L. / Akey, D.L.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Structure and Functional Analysis of RifR, the Type II Thioesterase from the Rifamycin Biosynthetic Pathway.
著者: Claxton, H.B. / Akey, D.L. / Silver, M.K. / Admiraal, S.J. / Smith, J.L.

履歴

登録	2008年12月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年1月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3fla.cif.gz	116.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3fla.ent.gz	97 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3fla.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3fla_validation.pdf.gz	429.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3fla_full_validation.pdf.gz	430.8 KB	表示
XML形式データ	3fla_validation.xml.gz	24 KB	表示
CIF形式データ	3fla_validation.cif.gz	36.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fl/3fla ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fl/3fla	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3flbC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2vek-1 3flb-d 2btn-d 3wyn-2 2w35-4 5j3z-2 4lru-d 5nvm-2 5zge-2 3vhn-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: RifR

B: RifR

ヘテロ分子

59.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: RifR

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: RifR

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.507, 94.648, 63.174
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.55, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	B
2	1	A

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	4	B	2 - 247
2	1	1	4	A	2 - 247

#1: タンパク質	RifR 分子量: 29606.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Amycolatopsis mediterranei (バクテリア) 遺伝子: rifR / プラスミド: pET25B,pMS25 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) 参照: UniProt: Q7BUF9, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 481 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.33 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 100 mM HEPES pH 7.0, 12% PEG 8000, 50 mM CaCl2, 2 mM DTT , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97942, 0.97959, 0.95446

検出器

タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年8月13日

放射

モノクロメーター: APS Beamline 23-ID-D / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97942	1
2	0.97959	1
3	0.95446	1

反射

解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 86174 / Num. obs: 39950 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.6 % / R_sym value: 0.115 / Net I/σ(I): 10.5

反射シェル

解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / R_sym value: 0.54 / % possible all: 87.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
SOLVE		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.8→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 5.255 / SU ML: 0.085 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.124
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20241	2126	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17192	-	-	-
obs	0.1735	39950	97.69 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.082 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.5 Å²	-0 Å²	0.13 Å²
2-	-	-0.45 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3810	0	2	481	4293

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	3997
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.199	1.975	5442
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.117	5	510
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	24.964	21.027	185
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.794	15	624
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.235	15	57
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	582
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	3165
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.201	0.2	2066
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.303	0.2	2768
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.131	0.2	473
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.174	0.2	110
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.128	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.385	8	2570
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.917	12	4050
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.784	8	1553
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.819	12	1392
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: B / Ens-ID: 1 / 数: 1916 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
medium positional	0.25	0.5
medium thermal	0.49	2

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.845 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.355	134	-
R_work	0.271	2619	-
obs	-	-	88.27 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0408	-2.8248	-1.7959	6.1734	1.0604	4.6386	-0.1506	-0.3566	-0.0344	0.9752	0.3979	0.0292	0.1151	0.3626	-0.2473	0.0528	0.0912	-0.0098	0.0021	-0.0265	-0.0833	23.235	52.7875	46.6399
2	1.5257	-0.8394	-0.2794	3.7062	2.8583	3.0111	0.0477	-0.0377	0.2065	-0.0884	0.1133	-0.2424	-0.0647	0.2099	-0.161	0.0048	0.016	0.0551	-0.054	0.0023	-0.039	20.6579	62.4751	39.0561
3	0.3158	0.2381	0.2627	0.3424	0.1626	0.6384	-0.0311	-0.0133	-0.059	0.1439	-0.0194	0.0878	-0.009	-0.0278	0.0505	0.0067	0.0166	0.0365	-0.0347	0.0125	-0.0125	11.6802	51.1031	36.5084
4	2.2166	0.8172	0.8121	1.7218	-0.7178	1.1542	0.0524	-0.1362	0.0877	0.0959	-0.052	-0.0549	0.031	0.063	-0.0004	-0.0503	0.017	-0.0036	0.0087	-0.0355	-0.012	25.1264	45.9147	25.2374
5	4.7673	-4.2532	-1.3611	8.8596	1.8159	2.8499	-0.092	-0.1449	-0.211	0.172	0.2243	0.5998	-0.038	-0.1189	-0.1324	-0.1249	0.0069	0.0209	-0.0308	0.0679	-0.0046	1.1134	48.4575	33.961
6	0.5206	-0.1481	0.347	1.4209	-0.254	1.821	-0.0907	0.0318	0.101	0.0233	0.0232	0.0869	-0.4195	-0.0004	0.0675	0.0267	0.0022	0.0082	-0.0688	-0.0024	-0.0265	7.7501	63.486	27.4313
7	6.7726	3.6031	3.4554	13.2904	1.9661	2.3442	-0.4278	0.77	0.1856	-1.6515	0.624	-0.4376	-0.2787	0.5057	-0.1963	0.1266	-0.1038	0.0686	0.0589	-0.0207	-0.0608	3.2949	35.7744	48.103
8	1.5154	1.1194	0.578	5.0034	3.4066	3.2785	0.0672	0.0048	-0.2295	0.175	0.1409	-0.3197	0.1149	0.217	-0.2081	-0.0099	-0.007	-0.0493	-0.0478	-0.0006	-0.0408	0.5897	25.9396	55.8113
9	0.3966	-0.3021	-0.2968	0.2366	0.1638	0.8186	0.0014	0.0229	0.0644	-0.0992	-0.041	0.087	0.0212	-0.0273	0.0396	-0.0069	-0.0076	-0.0338	-0.0359	0.0154	-0.0117	-8.4506	37.2787	58.2169
10	2.0203	-1.1826	-0.6962	1.4894	-0.5204	1.3202	0.0163	0.135	-0.0533	-0.0713	-0.0251	-0.0452	0.0377	0.0832	0.0088	-0.0563	-0.0129	0.0037	-0.0067	-0.0312	-0.0177	4.8863	42.5448	69.4557
11	3.8697	3.9716	1.956	10.2021	1.7878	4.4465	-0.1428	0.1575	0.227	-0.2801	0.3079	0.8016	-0.002	-0.1303	-0.1652	-0.1513	0.0022	-0.0239	-0.0163	0.0696	0.0189	-19.0554	39.8993	60.6807
12	0.6216	-0.0069	-0.332	1.6682	-0.3381	1.6669	-0.068	-0.0159	-0.1163	0.0163	0.0254	0.1032	0.3773	-0.0146	0.0425	0.0214	-0.0074	-0.0018	-0.0676	-0.0057	-0.0268	-12.5199	24.8977	67.3084

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 14
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	15 - 51
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	52 - 142
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	143 - 174
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	175 - 189
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	190 - 247
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	2 - 14
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	15 - 51
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	52 - 142
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	143 - 174
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	175 - 189
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	190 - 247

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関連情報:EMDBヘッダ

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