PDB-3fl6: Influence of the incorporation of a cyclohexenyl nucleic acid (Ce...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3fl6

タイトル

Influence of the incorporation of a cyclohexenyl nucleic acid (CeNA) residue onto the sequence d(GCGTGCG)/d(CGCACGC)

要素

5'-D(*CP*GP*CP*AP*CP*GP*C)-3'
5'-D(*GP*CP*GP*(XTR)P*GP*CP*G)-3'

キーワード

DNA / double helix / CeNA / sugar modification / right-handed

機能・相同性

COBALT HEXAMMINE(III) / DNA

機能・相同性情報

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.17 Å

データ登録者

Robeyns, K. / Herdewijn, P. / Van Meervelt, L.

引用

ジャーナル: Artif DNA PNA XNA / 年: 2010
タイトル: Direct observation of two cyclohexenyl (CeNA) ring conformations in duplex DNA.
著者: Robeyns, K. / Herdewijn, P. / Van Meervelt, L.

履歴

登録	2008年12月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年12月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2013年6月19日	Group: Database references
改定 1.3	2018年6月6日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.4	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3fl6.cif.gz	47.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3fl6.ent.gz	33.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3fl6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3fl6_validation.pdf.gz	406.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3fl6_full_validation.pdf.gz	411.2 KB	表示
XML形式データ	3fl6_validation.xml.gz	6.1 KB	表示
CIF形式データ	3fl6_validation.cif.gz	7.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fl/3fl6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fl/3fl6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2h0n 2p8d
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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
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登録構造単位

A: 5'-D(*GP*CP*GP*(XTR)P*GP*CP*G)-3'

B: 5'-D(*CP*GP*CP*AP*CP*GP*C)-3'

C: 5'-D(*GP*CP*GP*(XTR)P*GP*CP*G)-3'

D: 5'-D(*CP*GP*CP*AP*CP*GP*C)-3'

ヘテロ分子

9.62 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 5'-D(*GP*CP*GP*(XTR)P*GP*CP*G)-3'

B: 5'-D(*CP*GP*CP*AP*CP*GP*C)-3'

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
4.73 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: 5'-D(*GP*CP*GP*(XTR)P*GP*CP*G)-3'

D: 5'-D(*CP*GP*CP*AP*CP*GP*C)-3'

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
4.89 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	25.720, 33.570, 81.200
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: DNA鎖	5'-D(GPCPGP(XTR)PGPCPG)-3' 分子量: 2164.460 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ*: 合成
#2: DNA鎖	5'-D(CPGPCPAPCPGPC)-3' 分子量: 2083.388 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ*: 合成
#3: 化合物	ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III) 分子量: 161.116 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: CoH₁₈N₆
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.38 %

結晶化

温度: 289 K / pH: 5.5
詳細: 10%(v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), 20mM cobalt hexamine, 40mM potassium cacodylate buffered at pH=5.5, and 80/12mM KCl/NaCl, vapor diffusion, hanging drop, temperature 289K

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	MPD	1	1
2	cobalt hexamine	1	1
3	potassium cacodylate	1	1
4	KCl/NaCl	1	1
5	MPD	1	2
6	cobalt hexamine	1	2
7	potassium cacodylate	1	2
8	KCl/NaCl	1	2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06SA / 波長: 0.7749

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2008年4月25日

放射

モノクロメーター: UNDULATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.7749 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 8.8 % / Av σ(I) over netI: 2.1 / 数: 71625 / R_merge(I) obs: 0.16 / R_sym value: 0.16 / D res high: 1.7 Å / D res low: 19.858 Å / Num. obs: 8126 / % possible obs: 98.2

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	R_sym value	Redundancy
5.38	19.86	97.9	1	0.099	0.099	7.6
3.8	5.38	99.4	1	0.112	0.112	8.6
3.1	3.8	99	1	0.126	0.126	8.9
2.69	3.1	99.9	1	0.131	0.131	9.4
2.4	2.69	99.5	1	0.158	0.158	9.2
2.19	2.4	99.2	1	0.211	0.211	9.3
2.03	2.19	99.9	1	0.257	0.257	8.9
1.9	2.03	99.2	1	0.313	0.313	8.9
1.79	1.9	99.7	1	0.388	0.388	8.8
1.7	1.79	90.8	1	0.45	0.45	7.9

反射

解像度: 1.17→19.86 Å / Num. obs: 24411 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / B_iso Wilson estimate: 6.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.094 / R_sym value: 0.094 / Net I/σ(I): 3.735

反射シェル

解像度: 1.17→1.23 Å / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / R_sym value: 0.52 / % possible all: 98.8

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing MAD set site

ID	Cartn x (Å)	Cartn y (Å)	Cartn z (Å)	Atom type symbol	B iso	Occupancy
1	25.049	20.788	17.51	S	20	1
2	29.943	28.021	0.886	S	20	0.902
3	16.753	28.101	25.184	S	20	0.718
4	13.928	27.323	36.351	S	20	0.487
5	16.521	34.723	32.23	S	20	0.47
6	20.917	30.007	17.408	S	20	0.304
7	34.241	23.519	18.922	S	20	0.246
8	7.865	22.933	39.072	S	20	0.228
9	14.708	22.927	27.468	S	20	0.212
10	11.628	33.007	32.299	S	20	0.208
11	15.034	17.343	31.396	S	20	0.203
12	23.478	25.941	7.579	S	20	0.202
13	23.086	29.209	27.464	S	20	0.197
14	31.106	24.615	13.289	S	20	0.194
15	16.871	35.517	16.773	S	20	0.191
16	18.514	34.369	37.706	S	20	0.181
17	26.374	20.284	4.129	S	20	0.178
18	31.302	28.773	28.094	S	20	0.164
19	17.13	33.835	23.168	S	20	0.163
20	8.275	26.303	43.335	S	20	0.161
21	26.949	33.425	7.683	S	20	0.16
22	22.651	16.467	15.283	S	20	0.159
23	13.957	26.746	43.186	S	20	0.157
24	33.8	28.339	4.104	S	20	0.143
25	12.194	20.54	36.346	S	20	0.139
26	29.516	22.549	26.362	S	20	0.137
27	15.309	27.563	12.601	S	20	0.128
28	31.589	33.92	0.824	S	20	0.125
29	23.053	32.937	12.777	S	20	0.124
30	29.386	38.384	9.018	S	20	0.123
31	21.059	35.062	6.798	S	20	0.115
32	16.235	26.625	31.519	S	20	0.095
33	37.694	28.211	20.906	S	20	0.081
34	16.266	29.37	3.767	S	20	0.006

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	3.2.19	データスケーリング
SHELX		位相決定
SHELX		モデル構築
SHELX		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
SHELXD		位相決定
SHELXL-97		精密化

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.17→19.86 Å / Num. parameters: 6402 / Num. restraintsaints: 9922 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.22 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 4 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY 4%

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
all	0.159	24372	-	-
obs	0.145	20137	99.5 %	-
R_free	-	1221	-	RANDOM

溶媒の処理

溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-228

原子変位パラメータ

B_iso mean: 10.739 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.17→19.86 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	564	45	130	739

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	s_bond_d	0.009
X-RAY DIFFRACTION	s_angle_d	0.036
X-RAY DIFFRACTION	s_similar_dist	0.002
X-RAY DIFFRACTION	s_from_restr_planes	0.003
X-RAY DIFFRACTION	s_zero_chiral_vol	0
X-RAY DIFFRACTION	s_non_zero_chiral_vol	0
X-RAY DIFFRACTION	s_anti_bump_dis_restr	21
X-RAY DIFFRACTION	s_rigid_bond_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTION	s_similar_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTION	s_approx_iso_adps	0.03

LS精密化シェル

解像度: 1.17→1.22 Å /

	R_factor	%反射
R_work	0.194	-
obs	-	98.71 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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