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- PDB-3fkc: Crystal Structure of Human Zinc finger and BTB domain containing 33 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fkc
タイトルCrystal Structure of Human Zinc finger and BTB domain containing 33
要素Transcriptional regulator Kaiso
キーワードTRANSCRIPTION / Zinc finger and BTB domain containing 33 / Kaiso transcription factor / ZNF-kaiso / ZNF348 / WUGSC:H_DJ525N14.1 / Structural Genomics COnsortium / SGC / Activator / DNA-binding / Metal-binding / Nucleus / Phosphoprotein / Repressor / Transcription regulation / Wnt signaling pathway / Zinc-finger
機能・相同性
機能・相同性情報


methyl-CpG binding / regulation of immune system process / regulation of cytokine production / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / Wnt signaling pathway / sequence-specific double-stranded DNA binding / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / intracellular signal transduction / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding ...methyl-CpG binding / regulation of immune system process / regulation of cytokine production / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / Wnt signaling pathway / sequence-specific double-stranded DNA binding / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / intracellular signal transduction / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily ...: / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Zinc finger C2H2-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional regulator Kaiso
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Filippakopoulos, P. / Bullock, A. / Keates, T. / Burgess-Brown, N. / Muniz, J. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Bountra, C. ...Filippakopoulos, P. / Bullock, A. / Keates, T. / Burgess-Brown, N. / Muniz, J. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Human Zinc finger and BTB domain containing 33
著者: Filippakopoulos, P. / Bullock, A. / Keates, T. / Burgess-Brown, N. / Muniz, J. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Knapp, S.
履歴
登録2008年12月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.32018年1月31日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator Kaiso


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,0691
ポリマ－13,0691
非ポリマー00
水2,198122
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Transcriptional regulator Kaiso

A: Transcriptional regulator Kaiso


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1382
ポリマ－26,1382
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z+2/31
Buried area3440 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area11690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.358, 118.358, 38.981
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
詳細Gel filtration result shows that ZBTB33 construct is a monomer

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator Kaiso / Zinc finger and BTB domain-containing protein 33


分子量: 13069.045 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-116, BTB domain / 変異: E115A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KAISO, ZBTB33, ZNF348 / プラスミド: pNIC28-BSA4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3 / 参照: UniProt: Q86T24
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.03 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: 0.8M (NH4)2SO4 0.1M citrate pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年3月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→38.984 Å / Num. all: 18197 / Num. obs: 18142 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 10.2 % / Biso Wilson estimate: 23.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 27.1
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 9.9 % / Rmerge(I) obs: 0.664 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 2560 / % possible all: 99

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 60.16 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å36.44 Å
Translation2.5 Å36.44 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.2データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
CrystalClearデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 2VKP,2IF5,2NN2,2IHC,1BUO,1CS3

2vkp

2if5

2nn2

2ihc

1buo

1cs3


解像度: 1.7→38.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / WRfactor Rfree: 0.19 / WRfactor Rwork: 0.171 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / FOM work R set: 0.885 / SU B: 3.815 / SU ML: 0.056 / SU R Cruickshank DPI: 0.091 / SU Rfree: 0.087 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.083 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.195 926 5.1 %RANDOM
Rwork0.176 ---
all0.177 18205 --
obs0.177 18127 99.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 85 Å2 / Biso mean: 23.336 Å2 / Biso min: 2.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.63 Å2-0.32 Å20 Å2
2---0.63 Å20 Å2
3---0.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→38.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数882 0 0 122 1004
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.022944
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02638
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.451.9721281
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.99431569
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2315114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.73923.8142
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.36815180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.956156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2163
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021012
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02194
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.7163574
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9073232
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.1055942
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.5588370
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.38511338
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 69 -
Rwork0.23 1220 -
all-1289 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.43530.52421.38660.79010.45672.7759-0.09330.18350.0524-0.06150.0659-0.0248-0.15580.2990.02740.03620.0070.01230.05760.01340.083528.29937.528413.8802
22.1012-0.36021.21871.63010.41413.50980.0241-0.0213-0.26330.04590.00670.18260.2645-0.1927-0.03080.0261-0.00980.00660.03510.00930.06638.852733.96295.3837
31.62330.13760.97961.4554-0.02571.1766-0.05290.24220.1667-0.16520.0134-0.0723-0.15540.07220.03950.0729-0.00230.01220.08010.0070.070513.090746.6637-1.4472
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 33
2X-RAY DIFFRACTION2A34 - 71
3X-RAY DIFFRACTION3A72 - 117

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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