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- PDB-3fk3: Structure of the Yeats Domain, Yaf9 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fk3
タイトルStructure of the Yeats Domain, Yaf9
要素Protein AF-9 homolog
キーワードTRANSCRIPTION / beta-sandwich / Activator / Chromatin regulator / DNA damage / DNA repair / Nucleus / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


Swr1 complex / NuA4 histone acetyltransferase complex / subtelomeric heterochromatin formation / histone binding / chromosome, telomeric region / chromatin remodeling / DNA repair / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II ...Swr1 complex / NuA4 histone acetyltransferase complex / subtelomeric heterochromatin formation / histone binding / chromosome, telomeric region / chromatin remodeling / DNA repair / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
YEATS domain / YEATS / : / YEATS superfamily / YEATS family / YEATS domain profile. / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein AF-9 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Wang, A.Y. / Schulze, J.M. / Skordalakes, E. / Berger, J.M. / Rine, J. / Kobor, M.S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Asf1-like structure of the conserved Yaf9 YEATS domain and role in H2A.Z deposition and acetylation
著者: Wang, A.Y. / Schulze, J.M. / Skordalakes, E. / Gin, J.W. / Berger, J.M. / Rine, J. / Kobor, M.S.
履歴
登録2008年12月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22021年3月31日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: reflns / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _reflns.pdbx_redundancy / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein AF-9 homolog
B: Protein AF-9 homolog
C: Protein AF-9 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,0543
ポリマ－57,0543
非ポリマー00
水3,729207
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4040 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area23240 Å2
手法PISA
2
A: Protein AF-9 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0181
ポリマ－19,0181
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: Protein AF-9 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0181
ポリマ－19,0181
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
C: Protein AF-9 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0181
ポリマ－19,0181
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.725, 84.725, 288.212
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Protein AF-9 homolog


分子量: 19017.979 Da / 分子数: 3 / 断片: YEATS domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: N1966, YAF9, YNL107W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P53930
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.5
詳細: 10% PEG 3350, 100 mM Na, Tartrate, 20% glycerol, pH 7.5, microbatch, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587, 0.9795, 1.0199
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月15日
放射モノクロメーター: KHOZU Double flat crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.115871
20.97951
31.01991
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 24936 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(F): 3 / 冗長度: 6.3 % / Rsym value: 0.063
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 5 % / Rsym value: 0.368 / % possible all: 92.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SOLVE位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 13.958 / SU ML: 0.175 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.32 / ESU R Free: 0.237 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25746 1323 5 %RANDOM
Rwork0.22217 ---
obs0.22394 24936 93.03 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.672 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.87 Å2-0.93 Å20 Å2
2---1.87 Å20 Å2
3---2.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3471 0 0 207 3678
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0223576
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9891.9474851
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg65414
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.36823.559177
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.94415597
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.7381521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2516
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.022754
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1840.21445
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.22398
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1050.2191
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.9460.259
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0770.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.331.52179
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.55123459
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.52131599
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.7994.51392
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.372 73 -
Rwork0.312 1138 -
obs--59.77 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.1142-0.1658-0.87580.8389-0.06211.0136-0.02790.11860.1644-0.0999-0.0038-0.0351-0.05110.09950.0317-0.0142-0.01570.0607-0.07080.0034-0.107319.695651.453458.1328
21.7532-1.9735-0.15354.16460.27890.92390.03630.07360.011-0.0725-0.09410.1067-0.0802-0.14890.0579-0.06910.0110.0181-0.0680.0222-0.0741-19.960556.086562.7531
31.98222.0929-0.11174.3897-0.18350.8058-0.0720.0883-0.1569-0.2720.0572-0.14750.1207-0.03190.0148-0.02450.00090.0253-0.0753-0.0151-0.1224-3.913619.124760.7895
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 169
2X-RAY DIFFRACTION2B6 - 169
3X-RAY DIFFRACTION3C6 - 169

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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