PDB-3fj1: Crystal structure of putative phosphosugar isomerase (YP_167080.1...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3fj1

タイトル

Crystal structure of putative phosphosugar isomerase (YP_167080.1) from SILICIBACTER POMEROYI DSS-3 at 1.75 A resolution

要素

putative phosphosugar isomerase

キーワード

ISOMERASE / YP_167080.1 / putative phosphosugar isomerase / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2 / Unknown function

機能・相同性

機能・相同性情報

carbohydrate derivative metabolic process / carbohydrate derivative binding / transaminase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Silicibacter pomeroyi DSS-3 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of putative phosphosugar isomerase (YP_167080.1) from SILICIBACTER POMEROYI DSS-3 at 1.75 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2008年12月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年1月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.3	2019年7月24日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2023年2月1日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年10月30日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3fj1.cif.gz	284.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3fj1.ent.gz	227.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3fj1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/3fj1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/3fj1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3fxa-d 5kei-d 6qs1-2 1mos-1 3knz-1 2zj3-1 1mor-1 2rgo-3 7l4g-1 5msr-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 391424

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: putative phosphosugar isomerase

B: putative phosphosugar isomerase

C: putative phosphosugar isomerase

D: putative phosphosugar isomerase

ヘテロ分子

146 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: putative phosphosugar isomerase

B: putative phosphosugar isomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
73.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: putative phosphosugar isomerase

D: putative phosphosugar isomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
73.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.400, 114.141, 197.279
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	5	A	0 - 331
2	1	1	5	B	0 - 331
3	1	1	5	C	0 - 331
4	1	1	5	D	0 - 331

詳細

SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY SUGGESTS THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS A SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.

#1: タンパク質	putative phosphosugar isomerase / SIS domain protein 分子量: 36457.406 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Silicibacter pomeroyi DSS-3 (バクテリア) 遺伝子: SPO1843, YP_167080.1 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q5LSC5
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.19 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: 0.2000M MgCl2, 20.0000% PEG-3350, No Buffer pH 5.8, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.94645,0.97967

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月12日 / 詳細: Adjustable focusing mirrors in K-B geometry

放射

モノクロメーター: Si(111) Double Crystal Monochrometer
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.94645	1
2	0.97967	1

反射

解像度: 1.75→29.386 Å / Num. obs: 117679 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 4.3 % / B_iso Wilson estimate: 16.07 Å² / R_merge(I) obs: 0.115 / R_rim(I) all: 0.128 / R_sym value: 0.115 / Net I/av σ(I): 4.888 / Net I/σ(I): 9.4 / Num. measured all: 506838

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_rim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.75-1.8	2.7	0.596	1.2	19819	7290	0.707	0.596	1.7	83.4
1.8-1.84	3.5	0.508	1.4	28872	8340	0.595	0.508	2.4	97.6
1.84-1.9	3.6	0.416	1.8	29460	8223	0.485	0.416	3	98.9
1.9-1.96	3.6	0.342	2.2	28873	8007	0.399	0.342	3.6	99
1.96-2.02	3.6	0.263	2.8	28536	7830	0.307	0.263	4.6	99.3
2.02-2.09	3.6	0.234	3	27589	7563	0.273	0.234	5.2	99.5
2.09-2.17	3.7	0.185	4	26706	7295	0.215	0.185	6.4	99.6
2.17-2.26	3.6	0.167	3.4	25626	7029	0.195	0.167	7.3	99.7
2.26-2.36	3.6	0.148	4.8	24636	6784	0.172	0.148	8.3	99.8
2.36-2.47	3.6	0.133	5.2	23489	6501	0.155	0.133	9.3	99.8
2.47-2.61	3.6	0.115	6.1	22442	6184	0.134	0.115	10.2	99.8
2.61-2.77	3.7	0.094	7.4	21496	5870	0.109	0.094	11.7	99.8
2.77-2.96	3.7	0.085	8	20437	5493	0.099	0.085	13.4	99.7
2.96-3.2	7	0.149	4.4	35905	5144	0.161	0.149	15.8	99.8
3.2-3.5	7.2	0.12	5.5	34391	4783	0.13	0.12	18.4	99.7
3.5-3.91	7.2	0.094	6.9	30982	4300	0.102	0.094	21.6	99.7
3.91-4.52	7.1	0.08	7.4	26850	3808	0.086	0.08	24.4	99.5
4.52-5.53	7	0.071	8.9	22874	3252	0.077	0.071	25.3	99
5.53-7.83	7.1	0.078	8.1	18054	2551	0.084	0.078	23.4	98.7
7.83-29.39	6.8	0.052	10.3	9801	1432	0.056	0.052	25.3	95.6

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
PHENIX		精密化
SHELX		位相決定
MolProbity	3beta29	モデル構築
SCALA	3.2.5	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
MOSFLM		データ削減
SHELXD		位相決定
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.75→29.386 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / SU B: 4.471 / SU ML: 0.074 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.111
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: (1). HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.(2). ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY (3). CHLORIDE ANIONS FROM THE CRYSTALLIZATION SOLUTION AND AN ETHYLENE GLYCOL USED AS ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.195	5897	5 %	RANDOM
R_work	0.162	111709	-	-
obs	0.164	117606	97.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 52.88 Å² / B_iso mean: 14.586 Å² / B_iso min: 3.48 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.46 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.44 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→29.386 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9647	0	15	1212	10874

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	10222
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	6822
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.528	1.97	13996
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.042	3	16639
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.061	5	1425
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.094	22.336	411
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.398	15	1626
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.2	15	108
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	1672
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	11747
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	2121
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.3	2166
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.192	0.3	7477
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.5	5105
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.088	0.5	5100
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.187	0.5	1626
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.192	0.3	21
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.269	0.3	130
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.238	0.5	72
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.752	2	6899
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.205	2	2728
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.164	3	10803
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.868	2	3646
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.306	3	3137

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	1859	MEDIUM POSITIONAL	0.2	0.5
2	B	1859	MEDIUM POSITIONAL	0.17	0.5
3	C	1859	MEDIUM POSITIONAL	0.16	0.5
4	D	1859	MEDIUM POSITIONAL	0.18	0.5
1	A	1750	LOOSE POSITIONAL	0.52	5
2	B	1750	LOOSE POSITIONAL	0.44	5
3	C	1750	LOOSE POSITIONAL	0.59	5
4	D	1750	LOOSE POSITIONAL	0.63	5
1	A	1859	MEDIUM THERMAL	0.86	2
2	B	1859	MEDIUM THERMAL	1.04	2
3	C	1859	MEDIUM THERMAL	0.9	2
4	D	1859	MEDIUM THERMAL	1.01	2
1	A	1750	LOOSE THERMAL	1.21	10
2	B	1750	LOOSE THERMAL	1.37	10
3	C	1750	LOOSE THERMAL	1.32	10
4	D	1750	LOOSE THERMAL	1.37	10

LS精密化シェル

解像度: 1.75→1.796 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.333	372	-
R_work	0.252	6878	-
all	-	7250	-
obs	-	-	82.6 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1792	0.0589	0.0843	0.3829	0.1476	0.3242	-0.0093	0.0061	-0.0123	-0.0132	-0.0016	-0.0094	0.0894	0.031	0.0108	0.035	0.011	-0.0112	-0.006	-0.0087	0.0071	36.083	42.956	3.996
2	0.3127	0.0391	-0.236	0.2982	0.0761	0.7025	0.017	0.0242	0.0181	-0.0315	0.002	-0.0153	-0.036	0.0058	-0.019	0.0023	0.003	-0.0039	-0.0074	-0.0041	-0.0012	36.845	71.112	1.265
3	0.3743	-0.1843	0.237	0.4548	-0.1693	0.3152	0.0412	0.0283	-0.042	-0.0439	0.0046	0.0608	0.0153	0.0139	-0.0458	0.0172	0.008	-0.0145	0.002	0.0121	-0.0062	11.43	37.075	52.37
4	0.2402	0.1335	-0.1613	0.3628	-0.1984	0.5245	0.0425	-0.0041	0.0348	0.0501	0.0088	0.0705	-0.0861	0.0088	-0.0513	0.0217	0.003	0.0226	-0.0047	0.0008	0.0128	15.505	64.53	53.312

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 331
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	4 - 331
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	5 - 331
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 332

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)