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万見
- PDB-3fhh: Crystal structure of the heme/hemoglobin outer membrane transport... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fhh
タイトルCrystal structure of the heme/hemoglobin outer membrane transporter ShuA from Shigella dysenteriae
要素Outer membrane heme receptor ShuA
キーワードMEMBRANE PROTEIN / transporter / tonb-dependent transporter / Membrane / Receptor / TonB box
機能・相同性
機能・相同性情報


heme transmembrane transporter activity / siderophore uptake transmembrane transporter activity / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
TonB-dependent haem/haemoglobin receptor / TonB-dependent haemoglobin/transferrin/lactoferrin receptor / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 1. / TonB-dependent receptor, plug domain / TonB box, conserved site / Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1 / TonB-dependent receptor, beta-barrel domain / Maltoporin; Chain A / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel / TonB dependent receptor-like, beta-barrel ...TonB-dependent haem/haemoglobin receptor / TonB-dependent haemoglobin/transferrin/lactoferrin receptor / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 1. / TonB-dependent receptor, plug domain / TonB box, conserved site / Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1 / TonB-dependent receptor, beta-barrel domain / Maltoporin; Chain A / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel / TonB dependent receptor-like, beta-barrel / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins profile. / Vitamin B12 transporter BtuB-like / TonB-dependent receptor, plug domain superfamily / TonB-dependent receptor, plug domain / TonB-dependent Receptor Plug Domain / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel domain superfamily / Beta Complex / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
LEAD (II) ION / Outer membrane heme receptor ShuA
類似検索 - 構成要素
生物種Shigella dysenteriae (志賀赤痢菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Brillet, K. / Cobessi, D.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2010
タイトル: Structure of the heme/hemoglobin outer membrane receptor ShuA from Shigella dysenteriae: heme binding by an induced fit mechanism.
著者: Cobessi, D. / Meksem, A. / Brillet, K.
履歴
登録2008年12月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年6月28日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42021年6月23日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.52024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer membrane heme receptor ShuA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,6946
ポリマ－70,5731
非ポリマー1,1215
水81145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.099, 114.217, 117.085
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Outer membrane heme receptor ShuA


分子量: 70573.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: THE FUSION PROTEIN OF SHUA (UNP RESIDUES 29-352), LINKER (GSHHHHHH), SHUA (UNP RESIDUES 353-660)
由来: (組換発現) Shigella dysenteriae (志賀赤痢菌)
遺伝子: shuA / プラスミド: pET20b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P72412
#2: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 化合物
ChemComp-PB / LEAD (II) ION


分子量: 207.200 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pb
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE FUSION PROTEIN OF SHUA (UNP RESIDUES 29-352), LINKER (GSHHHHHH), SHUA (UNP RESIDUES 353-660)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.75 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 13-15% PEG 1K, 0.1M MES pH 6.5, 0.1M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9788, 0.9791, 0.9793, 0.9752
検出器検出器: FLAT PANEL / 日付: 2008年5月15日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97881
20.97911
30.97931
40.97521
反射解像度: 2.6→19.94 Å / Num. all: 32798 / Num. obs: 32798 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 16.27
反射 シェル解像度: 2.6→2.7 Å / 冗長度: 7.3 % / Mean I/σ(I) obs: 4.68 / Num. unique all: 3433 / Rsym value: 0.448 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHELXS位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.6→19.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.88 / SU B: 26.685 / SU ML: 0.266 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.402 / ESU R Free: 0.298 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28581 1647 5 %RANDOM
Rwork0.23736 ---
obs0.23978 31105 99.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 59.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.7 Å20 Å20 Å2
2---7.95 Å20 Å2
3---7.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→19.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4756 0 24 45 4825
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0214881
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4891.9386637
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8985617
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.99224.249233
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.38115734
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.171531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2722
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023805
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2410.22092
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3130.23274
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.170.2226
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.260.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1550.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5871.53071
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.0624894
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.69232023
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4134.51743
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.666 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.372 119 -
Rwork0.336 2218 -
obs--99.87 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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