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万見
- PDB-3fhf: Crystal structure of Methanocaldococcus jannaschii 8-oxoguanine D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fhf
タイトルCrystal structure of Methanocaldococcus jannaschii 8-oxoguanine DNA glycosylase (MjOgg)
要素N-glycosylase/DNA lyase
キーワードDNA repair / HYDROLASE / LYASE / ogg / helix-hairpin-helix / glycosylase / 8-oxoguanine / 8-oxoG / MjOgg / DNA damage / Glycosidase / Multifunctional enzyme / Nuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, hydrolyzing N-glycosyl compounds / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / base-excision repair
類似検索 - 分子機能
8-oxoguanine DNA glycosylase/AP lyase Ogg / 8-oxoguanine DNA glycosylase / Helix-hairpin-Helix base-excision DNA repair enzymes (C-terminal) / Endonuclease Iii, domain 2 / Hypothetical protein; domain 2 / Helix-hairpin-helix, base-excision DNA repair, C-terminal / HhH-GPD domain / endonuclease III / Endonuclease III; domain 1 / DNA glycosylase ...8-oxoguanine DNA glycosylase/AP lyase Ogg / 8-oxoguanine DNA glycosylase / Helix-hairpin-Helix base-excision DNA repair enzymes (C-terminal) / Endonuclease Iii, domain 2 / Hypothetical protein; domain 2 / Helix-hairpin-helix, base-excision DNA repair, C-terminal / HhH-GPD domain / endonuclease III / Endonuclease III; domain 1 / DNA glycosylase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
8-oxoguanine DNA glycosylase/AP lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.995 Å
データ登録者Faucher, F. / Doublie, S.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2009
タイトル: Crystal structures of two archaeal 8-oxoguanine DNA glycosylases provide structural insight into guanine/8-oxoguanine distinction.
著者: Faucher, F. / Duclos, S. / Bandaru, V. / Wallace, S.S. / Doublie, S.
履歴
登録2008年12月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年3月21日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-glycosylase/DNA lyase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8261
ポリマ－25,8261
非ポリマー00
水2,756153
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.440, 37.840, 75.010
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 116.080, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-246-

HOH

21A-333-

HOH

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要素

#1: タンパク質 N-glycosylase/DNA lyase / E.C.3.2.2.-, E.C.4.2.99.18 / MjOgg / 8-oxoguanine DNA glycosylase / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / AP lyase


分子量: 25825.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
遺伝子: 1451601, MJ0724, ogg / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS
参照: UniProt: Q58134, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.27 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.9
詳細: PEG 4000 30%, 0.1M sodium citrate, 1% b-Mercaptoethanol, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.9794, 0.9796, 0.97166
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月19日 / 詳細: Adjustable focus K-B pair Si plus Pt, Rh coatings
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97941
20.97961
30.971661
反射解像度: 1.995→19.56 Å / Num. all: 29750 / Num. obs: 28691 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 14.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 15.43
反射 シェル解像度: 1.995→2.1 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.203 / Mean I/σ(I) obs: 8.23 / Num. unique all: 4041 / Rsym value: 0.279 / % possible all: 92.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAdata processing
CNS1.2精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
Blu-Iceデータ収集
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化解像度: 1.995→19.56 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / Data cutoff high absF: 2736238 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: 1. The Friedel pairs were used in phasing. 2. BULK SOLVENT MODEL USED in refinement.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 759 5 %RANDOM
Rwork0.202 ---
all0.217 15485 --
obs0.222 15220 98.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 56.01 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 56.48 Å2 / Biso mean: 24.682 Å2 / Biso min: 7.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.22 Å20 Å20.39 Å2
2--4.18 Å20 Å2
3----0.96 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.28 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.24 Å0.13 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.995→19.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1815 0 0 153 1968
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.7
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.311.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.892
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.332
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.422.5
LS精密化 シェル解像度: 1.995→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.028 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.307 116 4.8 %
Rwork0.227 2310 -
all-2426 -
obs--95.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ligand.paramligand.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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