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万見
- PDB-3fha: Structure of endo-beta-N-acetylglucosaminidase A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fha
タイトルStructure of endo-beta-N-acetylglucosaminidase A
要素Endo-beta-N-acetylglucosaminidase
キーワードHYDROLASE / Endo-A / glycoprotein / Man3GlcNAc-thiazoline / GlcNAc-Asn / Glycosidase
機能・相同性
機能・相同性情報


mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase / mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase activity / carbohydrate metabolic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 85 / Cytosolic endo-beta-N-acetylglucosaminidase / Glycosyl hydrolase family 85 / Galactose-binding domain-like / Glycosidases / Jelly Rolls / Immunoglobulins / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold ...Glycoside hydrolase, family 85 / Cytosolic endo-beta-N-acetylglucosaminidase / Glycosyl hydrolase family 85 / Galactose-binding domain-like / Glycosidases / Jelly Rolls / Immunoglobulins / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Endo-beta-N-acetylglucosaminidase
類似検索 - 構成要素
生物種Arthrobacter protophormiae (バクテリア)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Yin, J. / Li, L. / Shaw, N. / Li, Y. / Song, J.K. / Zhang, W. / Xia, C. / Zhang, R. / Joachimiak, A. / Zhang, H.C. ...Yin, J. / Li, L. / Shaw, N. / Li, Y. / Song, J.K. / Zhang, W. / Xia, C. / Zhang, R. / Joachimiak, A. / Zhang, H.C. / Wang, L.X. / Wang, P. / Liu, Z.J.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2009
タイトル: Structural basis and catalytic mechanism for the dual functional endo-beta-N-acetylglucosaminidase A.
著者: Yin, J. / Li, L. / Shaw, N. / Li, Y. / Song, J.K. / Zhang, W. / Xia, C. / Zhang, R. / Joachimiak, A. / Zhang, H.C. / Wang, L.X. / Liu, Z.J. / Wang, P.
履歴
登録2008年12月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endo-beta-N-acetylglucosaminidase
B: Endo-beta-N-acetylglucosaminidase
C: Endo-beta-N-acetylglucosaminidase
D: Endo-beta-N-acetylglucosaminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)279,13912
ポリマ－278,6764
非ポリマー4648
水39,1112171
1
A: Endo-beta-N-acetylglucosaminidase
D: Endo-beta-N-acetylglucosaminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,6056
ポリマ－139,3382
非ポリマー2674
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Endo-beta-N-acetylglucosaminidase
C: Endo-beta-N-acetylglucosaminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,5346
ポリマ－139,3382
非ポリマー1974
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.892, 78.972, 117.267
Angle α, β, γ (deg.)84.23, 80.77, 64.01
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Endo-beta-N-acetylglucosaminidase


分子量: 69668.898 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 1-621 (UNP 25-645) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arthrobacter protophormiae (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9ZB22, mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase

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非ポリマー , 5種, 2179分子

#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.75 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 14% (w/v) PEG 8000, 160mM calcium acetate, 20% (v/v) glycerol, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 273 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. all: 171567 / Num. obs: 116494 / % possible obs: 67.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 21.6 Å2
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / % possible all: 67.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
OASISモデル構築
REFMAC5.4.0066精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
OASIS位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / SU B: 9.896 / SU ML: 0.126 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R Free: 0.251 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25143 5824 5 %RANDOM
Rwork0.20297 ---
all0.20539 ---
obs0.20539 110656 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.042 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.77 Å2-0.38 Å21.38 Å2
2--1.13 Å2-0.01 Å2
3----0.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18703 0 22 2171 20896
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.02118940
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0271.91325820
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.96852311
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.80524.572969
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.668152647
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.021578
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.22648
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.02115096
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9771.511611
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.797218449
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.86537329
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1764.57371
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.94318940
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free1.28132234
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded1.645318394
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 4040 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
Aloose positional0.135
Bloose positional0.145
Cloose positional0.135
Dloose positional0.155
Aloose thermal1.810
Bloose thermal2.0810
Cloose thermal1.7710
Dloose thermal2.1810
LS精密化 シェル解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.33 57 -
Rwork0.264 1128 -
obs--9.41 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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