PDB-3fh0: Crystal structure of putative universal stress protein KPN_01444 ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3fh0

タイトル

Crystal structure of putative universal stress protein KPN_01444 - ATPase

要素

putative universal stress protein KPN_01444

キーワード

structural genomics / unknown function / Structural genomic / universal stress protein / ATPase / ynaF / Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae MGH 78578 (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Chang, C. / Li, H. / Bearden, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of putative universal stress protein KPN_01444 - ATPase
著者: Chang, C. / Li, H. / Bearden, J. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2008年12月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年12月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3fh0.cif.gz	69.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3fh0.ent.gz	52.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3fh0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fh/3fh0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fh/3fh0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1gud-2 1gud-1 4azr-d 2o6l-d 6k2z-d 1a18-1 3em0-d 1y25-d 4bf3-d 5i9o-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC60640

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: putative universal stress protein KPN_01444

B: putative universal stress protein KPN_01444

ヘテロ分子

33.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.604, 67.604, 162.986
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	putative universal stress protein KPN_01444 分子量: 16062.770 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae MGH 78578 (肺炎桿菌) 株: strain ATCC 700721 / MGH 78578 / 遺伝子: KPN78578_14150, KPN_01444, ynaF / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A6T8F5
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.25 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1 M Sodium citrate pH5.5, 20% PEG3K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97921 Å
検出器	タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月5日
放射	モノクロメーター: Si(III) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→50 Å / Num. all: 24377 / Num. obs: 24323 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.8 % / B_iso Wilson estimate: 32.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 35.15
反射シェル	解像度: 2.15→2.17 Å / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.402 / Mean I/σ(I) obs: 3.91 / Num. unique all: 603 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
SHELXD		位相決定
RESOLVE		モデル構築
Coot		モデル構築
REFMAC	5.5.0054	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
直接法		位相決定
RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.15→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 8.177 / SU ML: 0.099 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.167 / ESU R Free: 0.155
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22695	1239	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19111	-	-	-
all	0.1929	24267	-	-
obs	0.1929	24267	99.73 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.327 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.2 Å²	0.6 Å²	0 Å²
2-	-	1.2 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1903	0	66	168	2137

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	2118
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.536	2.007	2891
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.562	5	269
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.945	24.023	87
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.328	15	362
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.108	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.106	0.2	342
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	1568
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.829	1.5	1326
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.526	2	2160
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.356	3	792
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.921	4.5	731
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.148→2.203 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.209	87	-
R_work	0.191	1663	-
obs	-	1750	99.38 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.6762	2.5843	0.4525	4.6954	-0.6785	7.1757	0.1902	-0.411	0.0661	0.1765	-0.3069	0.2015	0.258	-0.4054	0.1167	0.1995	-0.1595	0.0942	0.1474	-0.0829	0.1062	20.7556	46.6679	15.4591
2	3.9024	2.0168	0.5913	4.9694	1.2288	5.102	0.2076	-0.0997	-0.1509	0.1202	-0.042	-0.209	0.3311	0.0868	-0.1656	0.2472	-0.1378	0.0412	0.0939	-0.0251	0.1294	27.0818	41.7342	6.0612
3	4.2961	0.205	-1.9531	2.9792	-1.4055	6.5538	-0.0681	-0.7856	0.0792	0.27	-0.192	-0.0659	0.0801	0.1934	0.2601	0.2998	-0.1773	0.0204	0.2864	-0.0859	0.1533	28.6869	48.07	23.926
4	6.4435	0.6653	-0.2663	3.1525	-0.2933	6.6164	-0.2398	0.3676	-0.1394	-0.0739	0.1105	0.1502	0.1988	-0.5357	0.1293	0.0216	-0.074	0.0229	0.3728	-0.0952	0.1152	14.2435	51.2979	39.6816
5	7.0991	-0.0016	-0.938	2.5306	0.3604	5.355	-0.0154	0.2127	0.2319	0.0028	0.15	-0.0947	-0.241	-0.4014	-0.1346	0.0125	-0.0004	0.0037	0.4125	-0.0326	0.1278	13.4087	60.1753	48.2568
6	5.6938	0.3147	3.8837	1.1695	1.042	6.4384	-0.0613	0.6878	0.0296	-0.5078	-0.0996	-0.106	0.0065	-0.1578	0.1609	0.2759	-0.0322	0.059	0.6812	-0.0343	0.301	19.532	56.3703	30.4303

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-2 - 10
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	30 - 41
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	82 - 105
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	15 - 29
5	X-RAY DIFFRACTION	2	A	106 - 141
6	X-RAY DIFFRACTION	3	A	57 - 81
7	X-RAY DIFFRACTION	4	B	-1 - 10
8	X-RAY DIFFRACTION	4	B	30 - 41
9	X-RAY DIFFRACTION	4	B	82 - 105
10	X-RAY DIFFRACTION	5	B	15 - 29
11	X-RAY DIFFRACTION	5	B	106 - 141
12	X-RAY DIFFRACTION	6	B	56 - 81

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