PDB-3fge: Crystal structure of putative flavin reductase with split barrel ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3fge

タイトル

Crystal structure of putative flavin reductase with split barrel domain (YP_750721.1) from SHEWANELLA FRIGIDIMARINA NCIMB 400 at 1.74 A resolution

要素

putative flavin reductase with split barrel domain

キーワード

OXIDOREDUCTASE / YP_750721.1 / putative flavin reductase with split barrel domain / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2 / Unknown function

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on the CH-NH group of donors, NAD or NADP as acceptor / FMN binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Shewanella frigidimarina NCIMB 400 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.74 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of putative flavin reductase with split barrel domain (YP_750721.1) from SHEWANELLA FRIGIDIMARINA NCIMB 400 at 1.74 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2008年12月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年12月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.3	2019年7月24日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2023年2月1日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年11月6日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3fge.cif.gz	58.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3fge.ent.gz	41.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3fge.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3fge_validation.pdf.gz	431.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3fge_full_validation.pdf.gz	433.2 KB	表示
XML形式データ	3fge_validation.xml.gz	11 KB	表示
CIF形式データ	3fge_validation.cif.gz	15.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fg/3fge ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fg/3fge	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2pwv-d 1ezw-d 2nso-d 1enu-d 4fps-d 2z1v-d 1f3e-d 4ru0-2 2g1r-1 3fxy-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 375055

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: putative flavin reductase with split barrel domain

ヘテロ分子

23.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: putative flavin reductase with split barrel domain

ヘテロ分子

A: putative flavin reductase with split barrel domain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
46.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.351, 65.502, 96.791
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

詳細

ANALYTICAL SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY INDICATES A DIMER IS A BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGIOMERIZATION STATE.

#1: タンパク質	putative flavin reductase with split barrel domain 分子量: 22918.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Shewanella frigidimarina NCIMB 400 (バクテリア) 遺伝子: Sfri_2037, YP_750721.1 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q082D2
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.04 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2000M Ca(OAc)2, 20.0000% PEG-3000, 0.1M TRIS pH 7.0, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.94645,0.97967

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月12日 / 詳細: Adjustable focusing mirrors in K-B geometry

放射

モノクロメーター: Si(111) Double Crystal Monochrometer
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.94645	1
2	0.97967	1

反射

解像度: 1.74→27.929 Å / Num. obs: 19361 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 18.592 Å² / R_merge(I) obs: 0.089 / R_sym value: 0.089 / Net I/σ(I): 11.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.74-1.79	3.2	0.589	1.8	4317	1346	0.589	96.9
1.79-1.83	3.6	0.464	2.6	5006	1397	0.464	100
1.83-1.89	3.7	0.376	3.3	4862	1332	0.376	99.9
1.89-1.95	3.6	0.291	4.3	4743	1308	0.291	100
1.95-2.01	3.7	0.252	5.1	4722	1272	0.252	100
2.01-2.08	3.7	0.191	6.9	4479	1218	0.191	100
2.08-2.16	3.7	0.17	8	4320	1174	0.17	100
2.16-2.25	3.7	0.139	9.7	4193	1144	0.139	100
2.25-2.35	3.7	0.128	10.9	4032	1094	0.128	100
2.35-2.46	3.7	0.117	11.9	3900	1062	0.117	100
2.46-2.59	3.7	0.101	13.9	3676	998	0.101	100
2.59-2.75	3.7	0.085	15.5	3530	960	0.085	100
2.75-2.94	3.7	0.075	18.6	3271	891	0.075	99.9
2.94-3.18	3.6	0.073	21.1	2990	826	0.073	100
3.18-3.48	3.5	0.068	24.6	2750	778	0.068	100
3.48-3.89	3.6	0.053	27.6	2549	712	0.053	100
3.89-4.49	3.6	0.048	29	2232	627	0.048	100
4.49-5.5	3.5	0.045	28.9	1928	546	0.045	100
5.5-7.78	3.5	0.052	25.3	1468	424	0.052	100
7.78-27.93	3.1	0.054	25	790	252	0.054	97.8

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
PHENIX		精密化
SHELX		位相決定
MolProbity	3beta29	モデル構築
SCALA	3.2.5	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
MOSFLM		データ削減
SHELXD		位相決定
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.74→27.929 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / SU B: 4.646 / SU ML: 0.078 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.116
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1.HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2.ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3.A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.214	988	5.1 %	RANDOM
R_work	0.167	-	-	-
obs	0.169	19333	99.74 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 63.57 Å² / B_iso mean: 24.627 Å² / B_iso min: 8.93 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.65 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.45 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.74→27.929 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1498	0	6	147	1651

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.021	1605
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	996
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.68	1.937	2195
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.016	3	2455
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.679	5	212
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.32	25.467	75
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.449	15	245
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.83	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.059	0.2	252
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1868
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	316
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.3	335
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.181	0.3	1049
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.5	813
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.09	0.5	816
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.224	0.5	213
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.104	0.5	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.128	0.5	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.235	0.3	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.217	0.3	61
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.239	0.5	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other	0.139	0.5	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.315	3	1061
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.681	3	417
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.261	5	1662
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.998	8	617
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.561	11	533

LS精密化シェル

解像度: 1.74→1.785 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.27	85	-
R_work	0.23	1254	-
all	-	1339	-
obs	-	-	96.68 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4376	0.2163	-0.9982	0.1021	-0.6462	4.1578	0.0024	-0.0943	0.0403	-0.0608	0.0051	0.2014	0.1804	-0.3269	-0.0074	-0.0154	-0.0037	0.0258	-0.012	-0.0003	-0.0034	19.9566	16.6486	42.0219
2	1.0726	0.1685	0.5559	0.9517	0.2884	1.9868	0.0153	-0.0019	-0.0887	0.0191	-0.0123	-0.0074	0.0304	-0.1658	-0.003	-0.0674	-0.0077	-0.0023	-0.0635	0.015	-0.0374	22.2599	16.5315	13.6479

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 24
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	25 - 195

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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