+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3fg3 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of Delta413-417:GS I805W LOX | ||||||
要素 | Allene oxide synthase-lipoxygenase protein | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / lipoxygenase / arichidonic metabolism / Dioxygenase / Fatty acid biosynthesis / Heme / Iron / Lipid synthesis / Lyase / Membrane / Metal-binding / Multifunctional enzyme / Oxylipin biosynthesis | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 arachidonate 8-lipoxygenase / arachidonate 8(R)-lipoxygenase activity / allene oxide synthase activity / lipoxygenase pathway / 付加脱離酵素(リアーゼ); 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類 / oxylipin biosynthetic process / arachidonic acid metabolic process / lipid oxidation / hepoxilin biosynthetic process / linoleic acid metabolic process ...arachidonate 8-lipoxygenase / arachidonate 8(R)-lipoxygenase activity / allene oxide synthase activity / lipoxygenase pathway / 付加脱離酵素(リアーゼ); 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類 / oxylipin biosynthetic process / arachidonic acid metabolic process / lipid oxidation / hepoxilin biosynthetic process / linoleic acid metabolic process / iron ion binding / heme binding / membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Plexaura homomalla (無脊椎動物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Neau, D.B. / Newcomer, M.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009 タイトル: The 1.85 A structure of an 8R-lipoxygenase suggests a general model for lipoxygenase product specificity. 著者: Neau, D.B. / Gilbert, N.C. / Bartlett, S.G. / Boeglin, W. / Brash, A.R. / Newcomer, M.E. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2007 タイトル: Improving protein crystal quality by selective removal of a Ca(2+)-dependent membrane-insertion loop. 著者: Neau, D.B. / Gilbert, N.C. / Bartlett, S.G. / Dassey, A. / Newcomer, M.E. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3fg3.cif.gz | 619.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb3fg3.ent.gz | 504 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3fg3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3fg3_validation.pdf.gz | 516.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 3fg3_full_validation.pdf.gz | 574.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3fg3_validation.xml.gz | 128.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3fg3_validation.cif.gz | 188.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fg/3fg3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fg/3fg3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
3 |
| ||||||||
4 |
| ||||||||
5 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 79482.039 Da / 分子数: 4 / 断片: Arachidonate 8R-lipoxygenase: UNP residues 374-1066 / 変異: delta 413-417:GS, I805W / 由来タイプ: 組換発現 詳細: lipoxygenase portion of an allen-oxide synthase/lipoxygenase fusion protein, expressed with an N-terminal His-Tag. 由来: (組換発現) Plexaura homomalla (無脊椎動物) / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O16025, arachidonate 8-lipoxygenase |
---|
-非ポリマー , 6種, 2547分子
#2: 化合物 | ChemComp-FE2 / #3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 化合物 | ChemComp-ACY / #5: 化合物 | ChemComp-GOL / #6: 化合物 | ChemComp-CL / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-詳細
配列の詳細 | AUTHORS CLEARLY SEE ISOLEUCINES IN ELECTRON DENSITY INSTEAD OF VALINES PROVIDED IN THE DATABASE ...AUTHORS CLEARLY SEE ISOLEUCINE |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.23 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / pH: 8 詳細: 6-8% PEG 8000, 5% Glycerol, 0.2M CaCl2, 0.1M Imidazole acetate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CAMD / ビームライン: GCPCC / 波長: 1.38 |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月20日 |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.38 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 263905 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 26.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 18.576 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2.13 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / % possible all: 76.3 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: PDB ENTRY 3FG1 解像度: 1.9→34.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 2.834 / SU ML: 0.083 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.123 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.868 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→34.54 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
|