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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3fg1 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Delta413-417:GS LOX | ||||||
要素 | Allene oxide synthase-lipoxygenase protein | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / lipoxygenase / arichidonic metabolism / Dioxygenase / Fatty acid biosynthesis / Heme / Iron / Lipid synthesis / Lyase / Membrane / Metal-binding / Multifunctional enzyme / Oxylipin biosynthesis | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 arachidonate 8-lipoxygenase / arachidonate 8(R)-lipoxygenase activity / allene oxide synthase activity / lipoxygenase pathway / 付加脱離酵素(リアーゼ); 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類 / oxylipin biosynthetic process / arachidonic acid metabolic process / lipid oxidation / hepoxilin biosynthetic process / linoleic acid metabolic process ...arachidonate 8-lipoxygenase / arachidonate 8(R)-lipoxygenase activity / allene oxide synthase activity / lipoxygenase pathway / 付加脱離酵素(リアーゼ); 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類 / oxylipin biosynthetic process / arachidonic acid metabolic process / lipid oxidation / hepoxilin biosynthetic process / linoleic acid metabolic process / iron ion binding / heme binding / membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Plexaura homomalla (無脊椎動物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å | ||||||
データ登録者 | Neau, D.B. / Newcomer, M.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009 タイトル: The 1.85 A structure of an 8R-lipoxygenase suggests a general model for lipoxygenase product specificity. 著者: Neau, D.B. / Gilbert, N.C. / Bartlett, S.G. / Boeglin, W. / Brash, A.R. / Newcomer, M.E. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2007 タイトル: Improving protein crystal quality by selective removal of a Ca(2+)-dependent membrane-insertion loop. 著者: Neau, D.B. / Gilbert, N.C. / Bartlett, S.G. / Dassey, A. / Newcomer, M.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3fg1.cif.gz | 621.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3fg1.ent.gz | 504.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3fg1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3fg1_validation.pdf.gz | 512.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3fg1_full_validation.pdf.gz | 552.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3fg1_validation.xml.gz | 126.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3fg1_validation.cif.gz | 188.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fg/3fg1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fg/3fg1 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 79408.992 Da / 分子数: 4 / 断片: Arachidonate 8R-lipoxygenase: UNP residues 374-1066 / 変異: delta 413-417:GS / 由来タイプ: 組換発現 詳細: lipoxygenase portion of an allen-oxide synthase/lipoxygenase fusion protein, expressed with an N-terminal His-Tag. 由来: (組換発現) Plexaura homomalla (無脊椎動物) / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O16025, arachidonate 8-lipoxygenase |
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-非ポリマー , 6種, 2731分子
#2: 化合物 | ChemComp-FE2 / #3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 化合物 | ChemComp-ACY / #5: 化合物 | ChemComp-GOL / #6: 化合物 | ChemComp-CL / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
配列の詳細 | AUTHORS CLEARLY SEE ISOLEUCINES IN ELECTRON DENSITY INSTEAD OF VALINES PROVIDED IN THE DATABASE ...AUTHORS CLEARLY SEE ISOLEUCINE |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.53 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 6-8% PEG 8000, 5% Glycerol, 1% Tween 20, 0.2M CaCl2, 0.1M Imidazole acetate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CAMD / ビームライン: GCPCC / 波長: 1.38 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月23日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.38 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→30 Å / Num. obs: 303426 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Χ2: 1.103 / Net I/σ(I): 21.041 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.677 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 29990 / Χ2: 1.123 / % possible all: 98 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 2FNQ 解像度: 1.85→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / WRfactor Rfree: 0.199 / WRfactor Rwork: 0.167 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.849 / SU B: 2.681 / SU ML: 0.081 / SU R Cruickshank DPI: 0.12 / SU Rfree: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.117 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 68.41 Å2 / Biso mean: 27.309 Å2 / Biso min: 11.13 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.85→1.9 Å / Total num. of bins used: 20
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