PDB-3ffs: The Crystal Structure of Cryptosporidium parvum Inosine-5'-Monoph...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ffs

タイトル

The Crystal Structure of Cryptosporidium parvum Inosine-5'-Monophosphate Dehydrogenase

要素

Inosine-5-monophosphate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / beta-alpha barrel / TIM fold

機能・相同性

機能・相同性情報

IMP dehydrogenase activity / IMP dehydrogenase / GMP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.19 Å

データ登録者

Riera, T.V. / D'Aquino, J.A. / Lu, J. / Petsko, G.A. / Hedstrom, L.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2010
タイトル: The structural basis of Cryptosporidium -specific IMP dehydrogenase inhibitor selectivity
著者: Macpherson, I.S. / Kirubakaran, S. / Gorla, S.K. / Riera, T.V. / D'Aquino, J.A. / Zhang, M. / Cuny, G.D. / Hedstrom, L.

履歴

登録	2008年12月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年12月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ffs.cif.gz	221.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ffs.ent.gz	175.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ffs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ff/3ffs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ff/3ffs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3khjC 1eepS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1eep-2 4avf-d 4fez-2 1eep-1 3khj-2 1vrd-1 4fez-1 1vrd-2 1mei-1 1ak5-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Inosine-5-monophosphate dehydrogenase

B: Inosine-5-monophosphate dehydrogenase

C: Inosine-5-monophosphate dehydrogenase

D: Inosine-5-monophosphate dehydrogenase

173 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	119.068, 153.319, 98.228
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 3 - 378 / Label seq-ID: 3 - 378

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

#1: タンパク質	Inosine-5-monophosphate dehydrogenase 分子量: 43134.262 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム) 遺伝子: IMPDH, 56k.02 / プラスミド: pTacTac / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TX685 / 参照: UniProt: Q8T6T2, IMP dehydrogenase

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.66 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Protein solution: 4 mg/mL IMPDH, 50 mM Tris, pH 7.5, 150 mM KCl, 5 % glycerol and 2 mM dithiothreitol. Well solution: 34 % PEG 4000, 25 mM sodium acetate and 100 mM Tris-Cl, pH 8.5. Combined ...詳細: Protein solution: 4 mg/mL IMPDH, 50 mM Tris, pH 7.5, 150 mM KCl, 5 % glycerol and 2 mM dithiothreitol. Well solution: 34 % PEG 4000, 25 mM sodium acetate and 100 mM Tris-Cl, pH 8.5. Combined in a 1:1 ratio. VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

結晶

マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.66 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Protein solution: 4 mg/mL IMPDH, 50 mM Tris, pH 7.5, 150 mM KCl, 5 % glycerol and 2 mM dithiothreitol. Well solution: 34 % PEG 4000, 25 mM sodium acetate and 100 mM Tris-Cl, pH 8.5. Combined ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 8-BM / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月27日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.19→50 Å / Num. obs: 30575 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.179 / Χ²: 1.171
反射シェル	解像度: 3.19→3.31 Å / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.632 / Num. unique all: 2987 / Χ²: 1.072 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
直接法		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1EEP

1eep

解像度: 3.19→48.34 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.866 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.82 / WR_factor R_free: 0.313 / WR_factor R_work: 0.259 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.953 / SU B: 26.148 / SU ML: 0.45 / SU R_free: 0.58 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.58
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.328	1536	5 %	RANDOM
R_work	0.269	-	-	-
obs	0.272	30483	99.08 %	-
all	-	30575	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 84.19 Å² / B_iso mean: 53.887 Å² / B_iso min: 20 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.03 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.19→48.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8561	0	0	0	8561

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	8634
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.452	1.973	11684
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.239	5	1180
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.389	25.551	263
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.72	15	1471
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.271	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	1468
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	6114
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.235	0.2	3854
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.306	0.2	5849
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.168	0.2	246
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.178	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.409	1.5	5995
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.737	2	9338
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.737	3	2920
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.252	4.5	2346

Refine LS restraints NCS

数: 1614 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	LOOSE POSITIONAL	0.54	5
1	2	B	LOOSE POSITIONAL	0.56	5
1	3	C	LOOSE POSITIONAL	0.58	5
1	4	D	LOOSE POSITIONAL	0.65	5
1	1	A	LOOSE THERMAL	3.75	10
1	2	B	LOOSE THERMAL	1.56	10
1	3	C	LOOSE THERMAL	2	10
1	4	D	LOOSE THERMAL	3.63	10
2	1	B	LOOSE POSITIONAL	0.56	5
2	2	A	LOOSE POSITIONAL	0.54	5
2	3	C	LOOSE POSITIONAL	0.58	5
2	4	D	LOOSE POSITIONAL	0.65	5
2	1	B	LOOSE THERMAL	1.56	10
2	2	A	LOOSE THERMAL	3.75	10
2	3	C	LOOSE THERMAL	2	10
2	4	D	LOOSE THERMAL	3.63	10
3	1	C	LOOSE POSITIONAL	0.58	5
3	2	A	LOOSE POSITIONAL	0.54	5
3	3	B	LOOSE POSITIONAL	0.56	5
3	4	D	LOOSE POSITIONAL	0.65	5
3	1	C	LOOSE THERMAL	2	10
3	2	A	LOOSE THERMAL	3.75	10
3	3	B	LOOSE THERMAL	1.56	10
3	4	D	LOOSE THERMAL	3.63	10
4	1	D	LOOSE POSITIONAL	0.65	5
4	2	A	LOOSE POSITIONAL	0.54	5
4	3	B	LOOSE POSITIONAL	0.56	5
4	4	C	LOOSE POSITIONAL	0.58	5
4	1	D	LOOSE THERMAL	3.63	10
4	2	A	LOOSE THERMAL	3.75	10
4	3	B	LOOSE THERMAL	1.56	10
4	4	C	LOOSE THERMAL	2	10

LS精密化シェル

解像度: 3.19→3.268 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.387	102	-
R_work	0.332	1888	-
all	-	1990	-
obs	-	-	89.88 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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