PDB-3feo: The crystal structure of MBTD1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3feo

タイトル

The crystal structure of MBTD1

要素

MBT domain-containing protein 1

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / MBTL1 / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / Metal-binding / Nucleus / Zinc-finger

機能・相同性

機能・相同性情報

NuA4 histone acetyltransferase complex binding / embryonic skeletal system development / regulation of double-strand break repair / NuA4 histone acetyltransferase complex / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / methylated histone binding / double-strand break repair via homologous recombination / nucleosome / chromatin organization / site of double-strand break ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Amaya, M.F. / Eryilmaz, J. / Kozieradzki, I. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Bochkarev, A. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2009
タイトル: Structural studies of a four-MBT repeat protein MBTD1.
著者: Eryilmaz, J. / Pan, P. / Amaya, M.F. / Allali-Hassani, A. / Dong, A. / Adams-Cioaba, M.A. / Mackenzie, F. / Vedadi, M. / Min, J.

履歴

登録	2008年11月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年1月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3feo.cif.gz	166.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3feo.ent.gz	130.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3feo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3feo_validation.pdf.gz	432.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3feo_full_validation.pdf.gz	439.4 KB	表示
XML形式データ	3feo_validation.xml.gz	28.7 KB	表示
CIF形式データ	3feo_validation.cif.gz	40.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fe/3feo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fe/3feo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3f70S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6xdd-2 5vi0-1 6nfx-d 6xdd-3 7deo-2 6w3e-3 6urc-3 6xdf-3 6xdb-d 6cmq-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: MBT domain-containing protein 1

B: MBT domain-containing protein 1

99.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: MBT domain-containing protein 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: MBT domain-containing protein 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.310, 100.904, 135.303
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	MBT domain-containing protein 1 分子量: 49565.723 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MBTD1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q05BQ5
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.19 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2M CaOAc, 20% PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折

平均測定温度: 200 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.97948 Å

検出器

日付: 2008年11月22日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97948 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.5→100 Å / Num. obs: 34002 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.091 / Χ²: 1.529 / Net I/σ(I): 26.317

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.5-2.59	5.3	0.405	3155	1.32	1	93.1
2.59-2.69	6.1	0.343	3283	1.274	1	97.7
2.69-2.82	6.8	0.292	3394	1.331	1	99.7
2.82-2.96	7.3	0.243	3363	1.398	1	100
2.96-3.15	7.4	0.17	3407	1.452	1	100
3.15-3.39	7.4	0.112	3414	1.513	1	100
3.39-3.73	7.4	0.083	3411	1.608	1	100
3.73-4.27	7.3	0.066	3431	2.02	1	100
4.27-5.39	7.3	0.051	3491	1.842	1	100
5.39-100	6.9	0.034	3653	1.374	1	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3F70

3f70

解像度: 2.5→80.85 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.932 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.888 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 20.504 / SU ML: 0.218 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.497 / ESU R Free: 0.308 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.274	1722	5.1 %	RANDOM
R_work	0.207	-	-	-
obs	0.211	33927	98.84 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 55.15 Å² / B_iso mean: 21.071 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.19 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	3.42 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→80.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6202	0	0	71	6273

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.022	6409
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.85	1.929	8750
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.287	5	795
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.43	22.62	271
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.422	15	898
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.516	15	36
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.119	0.2	941
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	4978
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.228	0.2	2603
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.319	0.2	4349
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.145	0.2	238
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.175	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.145	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.905	1.5	4098
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.473	2	6415
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.471	3	2732
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.505	4.5	2335

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.558 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.436	122	-
R_work	0.309	2137	-
all	-	2259	-
obs	-	-	90.29 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4157	-0.3976	-0.7957	1.1899	0.6208	4.0622	-0.0928	0.0218	-0.1128	-0.1451	0.0056	0.0165	0.2763	0.1645	0.0872	0.0104	0.0061	-0.0086	0.0285	-0.0158	0.0067	3.3691	7.3651	-58.1456
2	2.7361	0.4935	0.7809	2.0318	-0.3027	3.3013	0.0115	0.0678	-0.2103	-0.1033	0.055	0.2246	0.1433	-0.1986	-0.0665	-0.0285	-0.0363	0.0012	0.0174	0.0187	0.0642	-11.7974	2.3319	-22.5047
3	0.7995	0.1291	0.336	0.7014	0.0885	2.7467	0.0038	-0.0296	0.0148	0.078	-0.0444	0.054	-0.0258	-0.0201	0.0406	-0.0485	-0.0026	0.0161	0.0362	-0.0253	0.0037	0.9709	18.3876	-21.3528
4	0.2226	0.1944	0.4654	0.279	1.1906	6.6037	0.0355	0.2068	-0.0335	-0.1273	-0.0981	-0.0592	0.1404	-0.0115	0.0626	-0.0067	0.0551	0.0197	0.2024	-0.0022	-0.012	27.4357	14.7575	-54.8587
5	0.5708	0.5014	1.0272	1.4342	1.5329	2.4646	-0.112	0.2339	0.0961	-0.2009	0.0318	-0.1811	-0.321	0.2426	0.0802	-0.0066	-0.0553	0.0396	0.0746	0.1028	0.0666	36.7459	30.3974	-45.1117
6	1.1136	-0.034	0.3742	0.9544	0.5186	2.664	0.0055	0.1242	0.0964	0.0875	-0.0279	-0.0357	0.0198	0.1712	0.0224	-0.0565	-0.0105	-0.0005	0.0099	0.0354	-0.0065	30.2177	23.3853	-22.7047

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	12 - 151
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	152 - 253
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	254 - 432
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	12 - 92
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	93 - 247
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	254 - 431

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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