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- PDB-3fdx: Putative filament protein / universal stress protein F from Klebs... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fdx
タイトルPutative filament protein / universal stress protein F from Klebsiella pneumoniae.
要素Putative filament protein / universal stress protein F
キーワードstructural genomics / unknown function / APC60640.1 / filament protein / universal stress protein F / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


Universal stress protein A family / UspA / Universal stress protein family / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / FORMIC ACID / Universal stress protein F
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.58 Å
データ登録者Osipiuk, J. / Volkart, L. / Bearden, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: X-ray crystal structure of putative filament protein / universal stress protein F from Klebsiella pneumoniae.
著者: Osipiuk, J. / Volkart, L. / Bearden, J. / Joachimiak, A.
履歴
登録2008年11月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative filament protein / universal stress protein F
B: Putative filament protein / universal stress protein F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9499
ポリマ－31,7692
非ポリマー1,1797
水4,828268
1
A: Putative filament protein / universal stress protein F
ヘテロ分子

A: Putative filament protein / universal stress protein F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9248
ポリマ－31,7692
非ポリマー1,1556
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_765-x+2,-x+y+1,-z+1/31
Buried area4150 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area12000 Å2
手法PISA
2
B: Putative filament protein / universal stress protein F
ヘテロ分子

B: Putative filament protein / universal stress protein F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,97310
ポリマ－31,7692
非ポリマー1,2048
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_765-x+2,-x+y+1,-z+1/31
Buried area4180 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area12300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.684, 67.684, 161.370
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
詳細putative biological unit is a dimer formed by one of monomers and its neighbor generated by crystallographic symmetry (based on PISA)

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要素

#1: タンパク質 Putative filament protein / universal stress protein F


分子量: 15884.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (肺炎桿菌)
株: MGH 78578 / 遺伝子: KPN78578_14150, KPN_01444, ynaF / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A6T8F5
#2: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 268 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.38 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.3 M magnesium formate, 0.1 M Bis-Tris buffer, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月8日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→33.7 Å / Num. all: 58049 / Num. obs: 58049 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.5 % / Biso Wilson estimate: 33.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Χ2: 2.437 / Net I/σ(I): 58.999
反射 シェル解像度: 1.58→1.61 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 1.92 / Num. unique all: 2290 / Χ2: 0.906 / % possible all: 77.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
SHELXD位相決定
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.58→33.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / WRfactor Rfree: 0.263 / WRfactor Rwork: 0.242 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.24 / FOM work R set: 0.878 / SU B: 2.621 / SU ML: 0.046 / SU R Cruickshank DPI: 0.091 / SU Rfree: 0.086 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.071 / ESU R Free: 0.072 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.209 2942 5.1 %RANDOM
Rwork0.187 ---
all0.188 57977 --
obs0.188 57977 97.12 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 58.62 Å2 / Biso mean: 20.275 Å2 / Biso min: 2.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.62 Å20.31 Å20 Å2
2--0.62 Å20 Å2
3----0.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.58→33.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1966 0 71 268 2305
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0222291
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021536
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9452.0153164
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.04333815
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6085309
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.67324.4100
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.04815417
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9861517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2379
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212523
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02424
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1821.51396
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3321.5542
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.03122309
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7173895
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.5014.5829
LS精密化 シェル解像度: 1.579→1.62 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.368 179 -
Rwork0.347 3227 -
all-3406 -
obs-3406 78.44 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.6532.0602-1.52053.01211.3493.26450.031-0.0554-0.13980.052-0.0933-0.07490.0225-0.05130.06240.09330.062-0.02620.0662-0.02720.066655.83512.94115.037
28.1753-3.61011.33211.6031-0.57820.23540.11780.71411.1611-0.1425-0.3069-0.5224-0.06270.1860.18910.8535-0.07720.01930.48650.07860.511863.93223.88.686
34.90720.59561.85121.38241.74482.97620.068-0.1078-0.19880.1090.057-0.14180.2601-0.0029-0.12510.10320.0504-0.02610.0564-0.03720.049962.7029.42618.212
41.34961.1820.86772.50540.10876.6584-0.14940.25510.1431-0.2875-0.06090.2544-0.2309-0.2540.21030.16230.049-0.0360.1597-0.01440.031953.65215.4460.513
50.0830.25640.15981.1894-0.14041.3741-0.024-0.0087-0.0101-0.1365-0.0747-0.0768-0.02240.00260.09880.0990.0822-0.04050.0705-0.03890.048456.27710.66510.129
60.2079-0.4593-0.20981.50.18230.56090.0570.065-0.037-0.0191-0.04220.0283-0.1188-0.115-0.01470.09140.0673-0.01980.0559-0.02540.049153.14220.78519.873
71.5045-0.25690.0422.5198-0.55454.32810.104-0.09470.25210.2972-0.15670.30130.2843-0.15960.05280.12260.01350.0870.1011-0.02560.09941.70645.1513.739
84.789-0.284-3.638312.38052.47383.1827-0.1074-0.0468-0.0602-0.14170.1512-0.24770.06930.0672-0.04370.2050.0199-0.05420.13610.0030.279331.25637.92514.382
91.3551-0.07640.15211.847-0.46791.69050.02050.0860.11580.03880.00440.0986-0.1295-0.0527-0.02490.05610.0420.02910.03710.03130.043138.82650.27416.083
105.76361.2807-4.50520.3793-0.3198.5174-0.17510.3025-0.1175-0.00440.1092-0.03430.33360.02130.0660.06540.0336-0.00740.09030.03080.054141.00445.252-0.301
110.2852-0.43050.47061.83050.23821.59420.0110.09840.0554-0.2189-0.22560.1211-0.19840.03740.21450.09020.08030.0080.11120.05240.076339.39552.4059.271
120.2124-0.32410.10780.5289-0.14620.72920.04290.03190.0267-0.0232-0.0173-0.0090.11610.0901-0.02570.08160.0540.02290.03830.02260.047546.43639.59619.05
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-1 - 8
2X-RAY DIFFRACTION2A9 - 14
3X-RAY DIFFRACTION3A15 - 35
4X-RAY DIFFRACTION4A36 - 73
5X-RAY DIFFRACTION5A74 - 94
6X-RAY DIFFRACTION6A95 - 141
7X-RAY DIFFRACTION7B-1 - 10
8X-RAY DIFFRACTION8B11 - 16
9X-RAY DIFFRACTION9B17 - 40
10X-RAY DIFFRACTION10B57 - 74
11X-RAY DIFFRACTION11B75 - 90
12X-RAY DIFFRACTION12B91 - 141

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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