PDB-3fdi: Crystal structure of uncharacterized protein from Eubacterium ven...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3fdi

タイトル

Crystal structure of uncharacterized protein from Eubacterium ventriosum ATCC 27560.

要素

uncharacterized protein

キーワード

structural genomics / unknown function / Cytidylate kinase like protein / PSI / MCSG / PRK04182 class member / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics

機能・相同性

Cytidylate kinase-like family / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Cytidylate kinase-like family protein

機能・相同性情報

生物種

Eubacterium ventriosum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Nocek, B. / Keigher, L. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of uncharacterized protein from Eubacterium ventriosum ATCC 27560.
著者: Nocek, B. / Keigher, L. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2008年11月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年1月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description ...Advisory / Refinement description / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.3	2024年11月27日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3fdi.cif.gz	84.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3fdi.ent.gz	64.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3fdi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/3fdi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/3fdi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5jb2-d 5jbj-d 4rhb-2 5sz8-1 4xlo-2 4y02-d 3n2l-6 6eho-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC21034

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: uncharacterized protein

B: uncharacterized protein

ヘテロ分子

47.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: uncharacterized protein

B: uncharacterized protein

ヘテロ分子

A: uncharacterized protein

B: uncharacterized protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
94.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.613, 114.932, 59.530
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 128.06, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

詳細

authors state that the biological assembly is highly likely dimer.

#1: タンパク質	uncharacterized protein 分子量: 23476.615 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Eubacterium ventriosum (バクテリア) 株: ATCC 27560 / 遺伝子: EUBVEN_02315 / プラスミド: pMCSG9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE(3) / 参照: UniProt: A5Z9C0
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.32 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2 M (NH4)2SO4, Bis-Tris pH5.5, 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年9月21日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→35 Å / Num. all: 22602 / Num. obs: 22354 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 19.73
反射シェル	解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 1030 / % possible all: 89.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		位相決定
SHELX		モデル構築
Coot		モデル構築
MLPHARE		位相決定
CCP4		モデル構築
PHENIX		モデル構築
REFMAC	5.5.0054	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
SHELX		位相決定
CCP4		位相決定
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.2→35 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 13.205 / SU ML: 0.149 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R: 0.238 / ESU R Free: 0.201 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24384	1147	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19751	-	-	-
all	0.202	22352	-	-
obs	0.19969	21205	98.66 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.68 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.82 Å²	0 Å²	2.4 Å²
2-	-	-2.9 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2747	0	22	63	2832

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.022	2802
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1991
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.77	1.971	3744
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.931	3	4853
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.628	5	335
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.74	24.47	132
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.37	15	569
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.144	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	407
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3015
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	550
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.877	1.5	1683
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.208	1.5	690
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.637	2	2716
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.757	3	1119
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.314	4.5	1028
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.203→2.26 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.337	91	-
R_work	0.287	1386	-
obs	-	-	88.71 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -1.5921 Å / Origin y: 99.4929 Å / Origin z: 22.3001 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.066 Å²	0.0095 Å²	-0.0017 Å²	-	0.0756 Å²	-0.018 Å²	-	-	0.0474 Å²
L	1.5845 °²	-0.0195 °²	-0.2556 °²	-	3.2462 °²	0.1231 °²	-	-	0.765 °²
S	-0.0539 Å °	-0.121 Å °	0.1169 Å °	0.1569 Å °	0.1212 Å °	-0.3255 Å °	-0.0278 Å °	-0.041 Å °	-0.0673 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	B	199 - 229
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	199 - 230
3	X-RAY DIFFRACTION	1	B	2005 - 5001
4	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2002 - 5001
5	X-RAY DIFFRACTION	1	B	2 - 196
6	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 196

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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