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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3fcm | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a NUDIX hydrolase from Clostridium perfringens | ||||||
![]() | Hydrolase, NUDIX family | ||||||
![]() | HYDROLASE / NUDIX / Protein Structure Initiative II(PSI II) / NYSGXRC / 11180j / Structural Genomics / New York SGX Research Center for Structural Genomics | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Palani, K. / Burley, S.K. / Swaninathan, S. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of a NUDIX hydrolase from Clostridium perfringens 著者: Palani, K. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 88.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 67.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23364.713 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 13124/NCTC 8237/ Type A / 遺伝子: CPF_0662 / プラスミド: BC-pSGX3 (BC) / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.8 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2M Lithium sulfate monohydrate, 0.1M Bis-Tris 25% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月12日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: Si(III) CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9788 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→39.48 Å / Num. all: 18331 / Num. obs: 18331 / % possible obs: 78.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.1 % / Biso Wilson estimate: 35.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 15.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 0.512 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 1569 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 31.807 Å2 / ksol: 0.365188 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.4 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→39.48 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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